目的 基于下一代测序技术,检测和分析结直肠癌KRAS基因的突变情况,以及评估其应用于临床分子诊断中的可行性.方法 应用Ion Proton半导体测序仪,检测108例结直肠癌患者的石蜡包埋组织样本的KRAS基因突变情况,并与作为金标准的一代测序检测结果进行对比.结果 下一代测序检测结果与一代测序检测结果基本一致,符合率为94％,灵敏度高达100％.结论 通过对108例临床样本的检测分析后,该下一代测序检测方法可用于检测结直肠癌KRAS基因突变情况.
作者：李丽娟；罗婉珊；张家彬；王庆；吴英松 刊期： 2016年第06期
目的 通过对200例广东地区正常人进行耳聋基因突变筛查,获得耳聋相关基因突变检测的数据库,初步筛出良性等位基因突变位点,以在对广东地区人群进行耳聋基因突变检测或筛查时,降低数据分析的时间和增加对结果的风险预测能力.方法 提取在广东地区收集到的200例正常男女样本(男女比例为1∶1)的外周全血DNA,运用Ampliseq扩增技术以及Life Technologies耳聋基因检测引物池构建基因文库后进行下一代测序,确保每一个样本的测序结果获得足够的数据量,然后分析耳聋基因突变位点. 结果 建立了使用Life Technologies耳聋基因检测引物池构建基因文库的实验体系;经过数据比对,筛选出200例样本中突变率高达80％ ～ 100％的良性等位基因突变点. 结论 通过对测序结果的分析处理,筛除了针对广东地区人群突变率高但是不致病的良性耳聋基因突变位点,为今后广东地区人群的耳聋基因突变筛查提供参考.
作者：邹俊；杨琳艳；罗俊明；梁志坤；杨旭；张丽红 刊期： 2016年第06期
目的 评估无创高通量测序方法筛查双胎染色体非整倍体的可行性,并对胎儿游离DNA浓度进行分析. 方法 收集双胎妊娠样本120例,包括自然双胎67例,辅助生殖技术植入的双胎47例,双胎消失综合征样本6例,并收集68例单胎样本作为对照,采用无创高通量测序方法进行检测.通过Z值进行阴性和阳性判断,根据Y染色体唯一比对条数进行胎儿游离DNA浓度计算,并对三体阳性样本进行核型分析. 结果 本次实验筛查出2例双胎染色体三体阳性样本,分别为正常/21三体和13三体/18三体,均与核型结果一致.自然双胎妊娠组胎儿游离DNA浓度明显高于辅助生殖技术植入双胎组、双胎消失综合征组和自然妊娠单胎组,P值均小于0.05.其他3组间胎儿游离DNA浓度无显著性差异. 结论 采用无创高通量测序方法进行双胎妊娠染色体非整倍体筛查也是可行的,同时结果分析应该考虑胎儿游离DNA浓度的影响.
作者：许旭平；谢美娟；甘海燕；梁荣良；韩尔康；杨学习；吴英松 刊期： 2016年第06期
目的 探讨不同年龄段及不同高危因素孕妇无创产前检测结果的对比分析. 方法 回顾性分析2014年12月至2015年8月进行无创产前检测的11 339例孕妇资料,分别计算21、18、13号染色体发生变异的概率.将孕妇按年龄段(＜35岁组,35～39岁组和≥40岁组)、孕产史(无不良孕产史组和有不良孕产史组)、受孕情况(自然受孕组和试管婴儿组)分组,分别比较各组间的胎儿患21、18、13-三体综合征的概率. 结果 11 339例样本中共检出82例胎儿染色体异常者,占样本总数7.2‰(82/11 339),其中,21-三体常见,所占比例为67.07％(55/82).≥40岁组阳性发生率2.45％,较＜35岁组(0.59％)和35～39岁组(0.61％)差异有统计学意义(P＜ 0.001).孕产史和受孕情况2组的阳性发生率差异无统计学意义(P＞0.05). 结论 高龄孕妇是胎儿患染色体非整倍体疾病的重要危险因素,应提高无创产前检测在此类人群中的应用.
作者：王元丽；唐明珠；杨学习 刊期： 2016年第06期
目的 对比分析微阵列比较基因组杂交技术(array-based comparative genomic hybridization,aCGH)和第二代基因测序技术(next generation sequencing,NGS)在基因组拷贝数变异(copy number variation,CNV)上的一致性,为临床检测CNV提供新的检测方法. 方法 提取15例流产组织临床样本的基因组DNA,然后分别使用aCGH和NGS 2种方法对上述DNA进行检测,分析对比每个样本的CNV的数目. 结果 aCGH共检测到CNV数有109个,小的片段有16 kb,大的片段有34Mb,其中小于200 kb的有20个,大于200 kb小于1 Mb的有34个,大于1 Mb小于5 Mb的有26个,大于5 Mb小于34Mb的有29个.NGS共检出68个CNV,其中小于200 kb的有3个,检出率为15.0％;大于200 kb小于1 Mb的有22个,检出率为64.7％;大于1 Mb小于5 Mb的有20个,检出率为76.9％;大于5 Mb小于34 Mb的有29个,检出率为100.0％. 结论 对于目前的数据量来说,NGS在检测大于5Mb的大片段CNV上检出率较高,与aCGH具有一定的一致性,可以应用于流产组织中CNV的检测.对于小片段的CNV的检测,需要增加相应的读取的数据量进行检测.
作者：陈新周；王明珠；何丹；周慧；林方欣；李粉霞 刊期： 2016年第06期
目的 探讨下一代测序(next generation sequencing,NGS)技术在α地中海贫血胚胎植入前遗传学检测中的应用. 方法 选取2对α地中海贫血--SEA缺失型携带者夫妇体外受精胚胎活检后的6个胚胎样本应用全基因组扩增(whole genome amplification,WGA)技术、下一代测序技术进行胚胎植入前遗传学检测,同时采用跨越断裂点荧光PCR(gap-PCR)进行平行对照检测. 结果 2个家系6个胚胎样本的胚胎植入前遗传学诊断(preimplantation genetic diagnosis,PGD)结果分别为--SEA/αα母源携带、--SEA/--SEA、--SEA/αα母源携带、--SEA/--SEA、--SEA/αα母源携带和--SEA/--SEA;胚胎植入前遗传学筛查(preimplantation genetic screening,PGS)结果分别为45,XX,-5、46,XX、46,XY、47,XY,+1、46,XX和46,XY,+1,-2;Family 1 gap-PCR检测结果为父母均为SEA杂合子;E1为正常、E2为SEA纯合子、E3为正常;Family 2检测结果分别为:父母均为SEA杂合子;E4为SEA纯合子、E5为正常、E6为SEA纯合子. 结论 结果显示利用NGS不仅可以检测出23对染色体的核型,同时解决了单细胞扩增等位基因脱扣(allele drop-out,ADO)造成的假阳性和假阴性的风险,更具有市场潜力及应用前景.
作者：谢美娟；邓权衡；邓红辉；卢绍月；杨学习；马强 刊期： 2016年第06期
目的 运用基于半导体芯片技术的下一代测序方法对苯丙酮尿症相关基因进行基因测序,筛查出常见的致病突变位,探讨半导体测序技术在遗传病检测方面的应用价值. 方法 采用AmpliSeq方法通过多重PCR捕获目的片段,然后构建文库,用Ion Torrent PGMTM测序仪进行测序反应,与Sanger一代测序法进行结果比较验证. 结果 75个临床检测为苯丙酮尿症样本中有57例含致病突变位点,包括有杂合突变、纯合突变以及复合杂合突变.下一代测序结果与Sanger一代测序结果完全一致. 结论 半导体测序能准确检测苯丙酮尿症常见致病突变,对遗传病发病机制的研究及筛查具有一定的应用价值.
作者：王辉芳；叶倩平；杨旭；梁志坤；胡妮娅 刊期： 2016年第06期
目的 进一步完善现有地中海贫血的检测方法并且建立一种新的基于高通量测序的基因诊断方法,研究α/β地中海贫血基因的突变类型及分布情况.方法 采用Amplicon文库构建法,基于高通量测序平台,对219例地中海贫血患者全血样本进行上机测序与数据分析. 结果 在219例地中海贫血患者中,共计检测出14种突变类型,包括CD122、CD125、CD142 3种非缺失型α-地贫突变及IVS-Ⅱ-654、CD41-42、CD17等11种常见β-地贫突变型别.此外,通过生物信息学软件作图分析,筛查出--SEA、-α37、-α42 3种缺失型α-地贫. 结论 本研究进一步完善了基于高通量测序的基因诊断方法,建立了一套Amplicon文库构建法,能准确、有效地用于诊断α/β地中海贫血基因的缺失与突变类型,对人群筛查,优生优育的遗传咨询,防止该病重症患儿的出生等具有重要意义.
作者：孙玉婷；范冬梅；叶倩平；杨琳艳；梁志坤；杨学习 刊期： 2016年第06期
目的 运用基于半导体芯片技术的下一代测序方法对地中海贫血、遗传性耳聋、苯丙酮尿症和肝豆状核变性病相关的38个常见致病突变位点进行基因测序,探讨半导体测序技术在遗传病检测方面的应用价值. 方法 采用AmpliSeq方法通过多重PCR捕获目的片段,然后构建文库,用Ion Torrent ProtonTM测序仪进行测序反应,进而通过Sanger一代测序法进行结果比较验证. 结果 33个样本中共检测出15例样本存在功能性遗传变异,其中HBB:52A＞T 5例、HBB:84_85insC 3例、HBB:45_46insG 2例、HBB:2T＞G 1例、GJB3:538C＞T 1例、ATP7B:2333G＞T 1例、GJB2:235delC 1例、SLC26A4:IVS7-2A＞G 1例,Sanger一代测序结果与下一代测序结果完全一致. 结论 半导体测序能准确检测该4种遗传病常见突变,对遗传病发病机制的研究及筛查具有一定的应用价值.
作者：王辉芳；梁志坤；叶倩平；杨旭 刊期： 2016年第06期
非小细胞肺癌在恶性肿瘤中的发病率和死亡率中高居榜首,是中国首要的一个公共卫生问题.近年出现的分子靶向药能显著改善非小细胞肺癌患者的生存质量,因此对患者突变基因的准确检测显得尤为重要.目前临床上检测非小细胞肺癌患者ALK、ROS1、RET融合基因的主要方法有荧光原位杂交、免疫组织化学、逆转录聚合酶链反应以及新兴起的下一代测序,但这4种方法优缺点各异.本文通过比较这几种常见的检测方法,为融合基因检测方法的选择提供参考.
作者：郭文靖；朱安娜；吴英松 刊期： 2016年第06期
循环肿瘤DNA (circulating tumor DNA,ctDNA)是由肿瘤细胞释放到血液循环系统中的DNA,它可作为多种癌症的生物学标志物.ctDNA的检测具有操作简便快速、无创、特异性和高敏感性等特征,以下一代测序(next-generation sequencing,NGS)技术为基础的ctDNA分析方法可通过突变状态反映肿瘤基因组信息,在肿瘤的研究领域和临床应用发挥重要的作用,可决策一个全新的癌症治疗方案.ctDNA作为新兴的“液体活检”靶标,其具有广阔的应用前景和推进精准医疗的实施.本文概括了ctDNA在多种癌症(乳腺癌、肺癌和结直肠癌)中的高频率突变基因、ctDNA的新检测技术和ctDNA在临床诊断、疗效监控及预后判断中的良好效果,以推动NGS技术为基础的ctDNA检测方法在临床医学中的应用.
作者：吴龙；王穗海；梁志坤 刊期： 2016年第06期
p53基因是肿瘤蛋白P53 (tumor protein p53)的编码基因,在维持基因组稳定、调控细胞周期和凋亡及抑制肿瘤血管生成中发挥着重要的作用.p53基因突变信息在肿瘤分子筛查诊断、预防、药物疗法选择等方面具有重要的参考价值.本文分析了p53基因与P53蛋白突变检测的重要性、突变检测方法的发展概况,如传统的DNA测序、限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)、单链构像多态性(single-stranded conformation polymorphism,SSCP)等8类实验室常规基因突变检测策略及酵母中分离的等位基因功能分析技术(separation of gene function analysis in yeast,FASAY),近年来新兴的技术包括生物传感器、芯片、高分辨率溶解曲线(high resolution melting,HRM),及下一代测序技术,以期较为全面地展示现今p53及P53突变检测的整体情况,为p53或其他基因突变研究者选择突变检测方法提供参考.
作者：张艳霞；杨学习 刊期： 2016年第06期
DNA测序技术已广泛应用于生物学研究,很多生物学问题也都可以借助测序技术予以解决.过去10年(2005-2015年),下一代测序技术(next generation sequencing,NGS)逐步从新技术成长为主流的测序技术,并逐渐走进临床诊断领域.NGS以其简单、快速、高分辨率、高通量的特点,在传染性疾病防控、肿瘤的早诊早治、遗传病的早期筛查和诊断、无创产前筛查、胚胎植入前诊断和筛查等领域发挥越来愈大的作用,已成为目前临床领域具有应用前景的技术之一.同时下一代测序技术领域仍在快速发展,新的测序技术及数据分析技术还在不断涌现,序列数据库和测序数据快速增加.下一代测序技术也有助于以更低廉的价格,更全面、更深入地来分析基因组、转录组及蛋白质相互作用组的各项数据.可以预见,各种测序将成为一项广泛使用的常规实验手段,有望给生物医学研究领域和医学临床诊断带来革命性的变革.本文主要针对下一代测序技术在无创产前诊断、遗传病检测、胚胎植人前诊断和筛查中的临床应用进行介绍和评述.
作者：杨学习 刊期： 2016年第06期
