学术投稿

中国南方四省区流行的HIV-1 CRF01_AE病毒株基因特征研究

程春林;冯毅;何翔;林鹏;梁淑家;易志强;贺健梅;胡园园;邢辉;范雁;吴士良;邵一鸣

关键词:病毒株, HIV-1, CRF01-AE, 流行簇, 进化分析
摘要:目的 分析中周南方四省区HIV-1感染者中流行CRF01 AE病毒株的遗传特征.方法 从广东、广西、江西和湖南省(自治区)2006年新报告HIV-1感染者的血浆样本中提取病毒RNA,用反转录/巢式PCR方法扩增gag和env基因片段,对获得的CRF01 AE病毒株核酸序列进行系统进化分析,并通过计算基因距离和Entropy核苷酸多态性差异方法分析毒株的遗传特征.结果 从210例CRF01_AE病毒株感染者中,发现四省区流行的CRF01 AE病毒株存在2个主要的流行簇.流行簇Ⅰ共有123例样本,未发现与之直接相关的国际参考毒株.流行簇Ⅱ共有57例样本,与越南CRF01 AE病毒株关系密切,且存在不同时间样本的混杂.gag和env基因遗传距离分析结果表明,流行簇Ⅰ内基因遗传多样性均明显小于流行簇Ⅱ;核苷酸多态性分析结果显示,在gag基因片段42个位点核苷酸组成具有显著差异,env基因片段40个位点核苷酸组成存在显著差异;流行簇Ⅰ相对于流行簇Ⅱ多态性减少的位点上有61个,多态性增加的位点有21个.结论 在中国南方四省区流行的CRF01 AE病毒株中首次观察到2个独立的流行簇.流行簇Ⅰ病毒株为该地区主要的CRF01 AE病毒株,其流行时间相对较短,在人群中所占比例较多,可能是病毒在流行过程中形成的具有传播优势的病毒株.流行簇Ⅱ病毒与来自于越南的CRF01 AE病毒株有较高同源性,且存在与越南病毒株间的多次传播.
中华流行病学杂志相关文献
  • 山东省乙型肝炎病毒感染所致相关疾病的疾病负担研究

    目的 应崩伤残调整寿命年(DALYs)对山东省乙型肝炎(乙肝)、肝硬化和肝癌的疾病负担进行评价并计算HBV感染所致的总疾病负担.方法 以2004-2005年山东省第三次死因调查中乙肝、肝硬化和肝癌的死亡资料,2005年乙肝发病资料和2007年恶性肿瘤患病调查中的肝癌患病资料与残疾权重资料为基础,利用全球疾病负担研究方法分别计算三类肝病的寿命损失年(YLLs)、健康寿命损失年(YLDs)和DALYs,并估计由HBV所致的总疾病负担.结果 2005年山东省因乙肝损失211 616个DALYs(其中YLLs为39 377,YLDs为172 239),因肝硬化损失16 783个DALYs(其中YLLs为13 497,YLDs为3286),因HBV感染所致肝癌损失247 795个DALYs(其中YLLs为240 236,YLDs为7559);男性疾病负担分别是女性的2.19、2.36和3.16倍.乙肝疾病负担中以残疾所致的YLDs为主(81.39%),肝硬化和肝癌疾病负担均以早死所致的YLLs为主,分别占80.42%和96.95%.每例乙肝、肝硬化和肝癌所致的DALY损失分别为4.8、13.73和11.11.结论 乙肝、肝硬化和肝癌对山东省人群造成沉重的疾病负担;控制HBV感染具有巨大的社会和经济效益.

    作者:亓文婷;孙建东;徐爱强;张丽;李仁鹏;马吉祥;郭晓雷;樊庆莹;杨赫 刊期: 2009年第07期

  • 中国2008年克雅氏病监测病例特征分析

    目的 了解中国克雅氏病(CJD)的发病情况及流行病学、临床特征.方法 对2008年中国克雅氏病监测网络获得的可疑CJD病例的临床及流行病学资料进行分析,收集患者脑脊液及血液样品,利用Western blot方法榆测脑脊液中是否含有14-3-3蛋白,提取全血基因组DNA并利用PCR及测序方法对脚基因进行129位多态性及基因突变分析.结果 共发现散发型CJD临床诊断病例31例,疑似诊断病例11例,2例家族性CJD和1例格-斯-斯综合征.病例的地理分布及职业无明显聚集性;临床诊断病例发病平均年龄56.7岁,男女比例8:9;疑似诊断病例发病平均年龄为57.4岁,男女比例5:6.快速进行性痴呆为常见的首发症状,占全部诊断病例的33.3%.临床诊断病例比疑似诊断病例出现更多的典型临床表现.结论 2008年中国监测到的CJD病例以散发型为主,病例的地理分布、职业、性别比例以及平均年龄均符合散发型CJD的分布特点.

    作者:田婵;高晨;石琦;韩俊;周伟;张宝云;高永军;董小平 刊期: 2009年第07期

  • 肠道病毒71型北京分离株全基因组序列分析

    目的 了解2008年北京地区肠道病毒71型(EV71)分离株的全基因序列特点.方法 收集北京地区手足口病患儿的咽拭子样本12份,对其中1份样品08YM-3,经Vero细胞分离培养,提取病毒RNA.利用RT-PCR和5'、3'RACE扩增EV71全长基因.对PCR产物克隆和测序.利用DNAStar软件包的MegAlign进行核苷酸序列分析,构建系统进化树.结果 分离的EV71病毒株经过扩增后克隆得到3个涵盖EV71全基因组的阳性质粒,测序后拼接为EV71全基因组,命名为BJ08株.BJ08的5'非编码区(UTR)、P1、P2、P3、3'非编码区(UTR)和全基因组的核苷酸与C4亚型的参考序列同源性均高,分别为95.6%~96.7%、88.3%~96.1%、78.1%~94.0%、90.8%~94.6%、85.9%~94.1%和90.9%~93.9%.BJ08株与其他亚型各区段的核酸同源性均低于90%.在全基因序列与VP1区构建的系统进化树中,BJ08株均与C4亚型在同一分支.BJ08株与C4亚型参考株VP1区的6个亚型相关氨基酸序列一致,VP1抗原性表位(92~107aa)无变异.结论 北京BJ08 EV71病毒分离株为C4业型.

    作者:姚昕;毛群颖;黄维金;何鹏;周诚;张卫;梁争论;李凤祥;王军志 刊期: 2009年第07期

  • 一起养老院诺瓦克样病毒胃肠炎暴发的调查

    诺瓦克样病毒是急性胃肠炎的主要病原之一,全年均可发病,但冬季较多,一般在学校、家庭、托幼机构、养老院等人群容易出现暴发.2008年1月22日至2月2日广州市一家养老院发生一起诺瓦克样病毒引起的胃肠炎疫情.1.材料与方法:采用《广东省群体性诺瓦克病毒胃肠炎个案调查表》对发病者进行调查,发病后1~3天取粪便标本,冷藏送广州市疾病预防控制中心病毒室进行RT-PCR检测.

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  • 高水碘摄入与血脂异常流行病学关联的探索性研究

    目的 初步探索饮水高碘摄入是否与人群血脂异常存在流行病学关联.方法 2006年国家碘缺乏病国际合作技术指导中心在江苏省徐州市睢宁地区的水碘抽样调查基础上,以各居民户水碘含量为线索,筛选高碘饮水居民81人和适碘饮水居民101人,采集静脉血.比较高碘组和对照组居民血脂(TG、TC、HDL-C、LDL-C、apoA1、apoB)水平,并利用分层分析排除年龄、性别的影响;比较两组居民各血脂指标异常检出率,得到相应高碘组血脂异常的RR值及其95%CI,分析居民饮水碘含量与居民血脂指标的相关关系.结果 高碘组居民血清中apoA1水平显著低于埘照组,其余血脂指标水平两组问的差异无统计学意义;高碘组HDL-C过低异常率(16.88%)显著大于对照组异常率(7.22%),其余血脂指标异常率两组间的差异无统计学意义;高碘组居民血清apoA1、HDL-C与饮水中碘含量呈负相关,对照组居民血清中各血脂指标与饮水水碘含量均无显著相关.结论 饮用高碘水可能使血脂异常的风险增加.

    作者:刘淼;李素梅;李秀维;王培桦;梁萍;李淑华 刊期: 2009年第07期

  • 艾滋病的自然史研究进展

    艾滋病的自然史是指在没有使用抗病毒药物的情况下,从感染艾滋病病毒(HIV)到艾滋病发病(即潜伏期)和死亡(HIV生存时间),以及艾滋病发病到死亡(艾滋病生存时间)的发展规律.自1981年发现HIV以来,世界各国的学者对艾滋病的自然史以及影响因素做了很多研究,为开展治疗、评价治疗效果、预测流行状况等方面提供了重要的基础数据.

    作者:李东民;汪宁 刊期: 2009年第07期

  • 中国成年人高血压患病区域聚集性及危险因素的多水平模型分析

    目的 分析中国成年人高血压的区域聚集性及危险因素,探讨多水平模型在高血压危险因素研究中的应用.方法 采用多阶段随机抽样方法,于2000-2001年从中国10地区共抽得年龄在35~74岁之间的15 540人作为研究对象,采用MLwiN 2.02软件对数据进行二水平logistic回归模型拟合.结果 高血压的患病存在地区聚集现象,方差成分系数为3.1%.在调整了年龄和性别的影响后,全身型肥胖人群(BMI≥28 kg/m2)和超重人群(BMI 24~27.9 kg/m2)分别为BMI正常人群(18.5~23.9 kg/m2)患高血压风险的4.50(95%CI:4.00~5.06)和2.26(95%CI:2.07~2.46)倍;中心型肥胖人群(男性腰围≥85 cm或女性≥80 cm)为正常腰围人群患高血压风险的2.62(95%CI:2.42~2.83)倍;片油三酯、总胆固醇、血糖、低密度脂蛋门胆固醇含量升高或者高密度脂蛋白胆固醇含量降低者患病风险分别为正常者高血压患病风险的2.10(95%CI:1.89~2.33)、2.08(95%CI:1.84~2.35)、1.85(95%CI:1.60~2.14)、1.58(95%CI:1.38~1.81)和1.49(95%CI:1.32~1.69)倍,饮酒人群为不饮酒人群患高血压风险的1.15(95%CI:1.05~1.27)倍.结论 高血压的发生不仪与个体肥胖、血糖升高、血脂异常和饮酒等危险因素有关,还受所居住区域环境因素的影响;在高血压的一级预防中,既要关注高危人群,还要重视以一般人群为基础的群体预防控制工作.

    作者:杨永利;付鹏钰;胡东生;张卫东;张梅喜;王重建;平智广 刊期: 2009年第07期

  • 云南省洱海周边地区社鼠体表寄生虫调查

    调查云南省洱海周边地区社鼠的体表寄生虫,了解社鼠体表寄生虫种群分布状况.1.材料与方法:2003-2004年在洱海周边地带选择4种生境(室内、耕地、灌木丛和森林)诱捕社鼠89只并对其体表寄生虫进行调查.用公式计算构成比(C),侵染率(P)和体表寄生虫的平均丰富度(A):

    作者:董文鸽;郭宪国;门兴元;钱体军;吴滇 刊期: 2009年第07期

  • 早产流行趋势及影响因素研究进展

    早产是围产保健工作面临的一项严重临床问题,根据世界卫生组织的定义,早产是指从孕妇末次月经周期首日算起,孕龄《37周或259天的分娩.

    作者:杨晓亮;叶荣伟 刊期: 2009年第07期

  • 新注射吸毒者及长期注射吸毒者共用针具的影响因素分析

    目的 了解新注射吸毒者和长期注射吸毒者共用针具的影响因素.方法 对四川省注射吸毒者进行社区横断面调查.结果 3852名被调查者中,注射吸毒史<1年、1~3年和>3年者近6个月共用针具比例依次为19.9%、29.1%和36.3%.注射吸毒<1年的被调查者共用针具的独市影响因素包括女性、少数民族、注射吸毒频率高、共用注射器/针头以外其他吸毒用具、有非同定性伴、固定性伴注射吸毒、未自愿做过艾滋病检测、招募年、招募地区;注射吸毒1~3年的被凋查者共用针具的独立影响因素包括文化程度低、注射频率高、共用注射器/针头以外其他吸毒用具、有非固定性伴、固定性伴注射吸毒、未使用安全套、未参与技能培训、招募年、招募地区;注射吸毒>3年的被调奋者共用针具的独立影响因素包括文化程度低、注射频牢高、共用注射器/针头以外其他吸毒用具、有非同定性伴、有商业性伴、固定性伴注射吸毒、未使用安全套、未参与针具交换、招募年、招募地区.结论 新注射吸毒者和长期注射吸毒者共用针具及无保护性行为比例均较高,长期注射吸毒者较新注射吸毒者有更多共用针具行为和无保护性行为,针对两类人群的干预应有不同侧重.

    作者:刘建波;张灵麟;赖文红;冯燎;曾亚莉;刘莉;胡莹;李婕;张晓琳;萧燕;Sten H.Vermund;贾玉江 刊期: 2009年第07期

  • 北京市大学生避孕知识、态度、行为现况调查

    目的 了解北京市在校大学生避孕知识、态度、行为及影响因素.方法 采用定量研究方法,根据知情同意原则选择12 450名未婚大学生进行匿名问卷调查.结果 共回收12 129份有效问卷,其中女生的避孕相关知识知晓率高于男生,差异有统计学意义(P=0.000).赞成未婚同居及性解放的比率男生分别为81.9%和60.2%,女生分别为74.8%和54.3%;74.3%的男生和24.9%的女生有性自慰史,18.4%的男生和10.5%女生承认发生过婚前性行为;在有性行为的学生中,29.4%的男生曾导致性伴意外妊娠,23.1%的女生发生过意外妊娠;在对以上知识的态度和行为中男女生间的差异均有统计学意义(意外妊娠P=0.004,其余P=0.000).在首次性行为中使用避孕措施的男生和女生均为51.3%;没有使用避孕药具的主要原因是性行为没有计划而未备避孕药具,认为使用麻烦、影响情趣及认为偶尔性行为不会导致怀孕.结论 大学生未婚性行为发生率呈日益上升趋势,未婚性行为中避孕药具使用率低,意外妊娠发生率高,亟需在大学生中加强避孕知识的宣传.

    作者:周远忠;张枚枚;魏晟;官黄涛;尹平;任宁;庞雪冰;熊承良 刊期: 2009年第07期

  • 国内首起本地感染甲型H1N1流感疫情的流行病学分析

    目的 分析周内首起甲型H1N1流感输入性传染源引发本地二代病例疫情,探讨发病规律和流行特征.方法 设计统一调查表,采用面对面病例个案调查和现场调查,以指示病例为起点进行追踪,描述传播过程及各因素与发病之间的关系,分析疫情的流行病学特征.结果 发现指示病例后,密切接触者中有2人出现发热和上呼吸道症状且咽拭子甲型H1N1流感病毒核酸检测阳性,被确诊为国内首起本地感染甲型H1N1流感病例.2名密切接触者未采取任何防护措施与指爪病例多次近距离接触,且现场通风不良;发病潜伏期37~57 h,临床表现均较指示病例轻.经采取严格防疫措施,未见新发病例.结论 此次事件为由输人性传染源引起的本地感染疫情,无防护近距离空气及飞沫传播为主要传播方式,空气流通不良的密闭空间是高危场所.

    作者:杨智聪;李铁钢;刘于飞;吴新伟;袁俊;谢朝军;李魁彪;蒋丽云;陈艺韵;毛新武;李海麟;湛柳华;肖晓玲;刘建平;沈纪川;蔡文峰;王鸣 刊期: 2009年第07期

  • 活动性肺结核密切接触者发病判别模型研究

    目的 建立肺结核发病判别模型,为肺结核密切接触者早期的诊断和发现提供科学依据.方法 使用logistic逐步回归分析筛选关键影响因素,采用逐步Bayes判别法对肺结核密切接触者发病的关键因素进行筛选并建立判别模型.结果 密切接触者未发病判别函数为:Y1=-39.831(常数)+1.927X1(患者痰涂片阳性次数)+3.528X2(接触者文化程度)+0.309X3(接触时间)+5.893X4(咳嗽时回避)+2.140X5(居室通风)+8.706X6(接触者咳嗽)+30.970X7(接触者发热);密切接触者发病判别函数:Y2=-57.875(常数)+2.343X1(患者痰涂片阳性次数)+3.965X2(接触者文化程度)+0.361X3(接触时间)+6.296X4(咳嗽时回避)+1.348 X5(居室通风)+12.984X6(接触者咳嗽)+36.555 X7(接触者发热).结论 模型的建立有助于肺结核密切接触的早期诊断分析,并进行早期的干预和治疗.

    作者:陶红兵;叶建君;苗卫军;侯双翼;熊光练;余瑶;郭石林;陈璞 刊期: 2009年第07期

  • 血管内皮生长因子基因多态性与子宫内膜异位症和子宫腺肌病发病风险的关联研究

    子宫内膜异位症(内异症)和子宫腺肌病(腺肌病)为妇科常见疾病,但其病因及发病机制尚不明确.虽为良性疾病,但具有周围浸润、远处转移和种植的恶性行为,其中血管生成在子宫内膜异位种植的过程中起重要作用.

    作者:赵健;李琰;刘青;贾静辉;周荣秒;王娜;孙东兰;段亚男;赵宁;康山 刊期: 2009年第07期

  • 宁夏地区2008年肠道病毒71型分离株基因特征分析

    目的 研究宁夏地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征.方法 采集手足口病患者标本进行病毒分离培养,阳性标本进行RT-PCR鉴定后,选取29株EV71分离毒株,对其VP1区进行核苷酸序列测定,并参考A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析并构建系统发生树.结果 从439份标本中分离肠道病毒215株,经RT-PCR鉴定,93株为EV71.选取其中29株进行VP1基因全序列测定,根据VP1全基因序列构建系统发生树,29株毒株均在C基因型中,与C4亚型属同一分支,与C4亚型代表株核苷酸同源性为91.7%~99.4%,氩基酸同源性为96.6%~100.0%.结论 宁夏地区手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型.

    作者:马江涛;陈慧;马学曼;郝琼;詹军;夏清;严冬梅;王东艳;许文波 刊期: 2009年第07期

  • 中国如何更好地应对甲型H1N1流感大流行

    一、我国疫情形势的特点与发展趋势1.疫情形势的特点:自2009年5月10日发现首例甲型H1N1流感输入性病例以来,我国疫情已经历了3个明显不同的发展阶段.第一阶段:只有输入性病例,无二代病例及本土发生的散在病例;第二阶段:出现输入性病例造成的二代病例,以及国内本土发生的散在病例,但仍以输入性病例为主,至6月12日,我国输入性病例仍占总病例的78%;第三阶段:出现社区水平的H1N1流感暴发.

    作者:曾光;张丽杰 刊期: 2009年第07期

  • 儿童青少年肥胖与神经肽Y第二受体基因多态性

    目的 探讨儿童青少年肥胖与神经肽Y第二受体(NPY2R)基因rs1047214多态性的相关性,及其与代谢综合征的关系.方法 选择北京市2030名7~18岁的中小学生进行身体测量、血液生化指标测定和rs1047214多态性检测.结果 NPY2R基因rs1047214多态性的等位基因突变率(T>C)为18.6%;非肥胖组的纯合突变CC基因型频率为3.7%.明显高于肥胖组(1.7%,P<0.05);不同基因型BMI、腰围、腰臀比和腰围身高比水平的差异有统计学意义(P<0.05),CC基因型低于非纯合突变型,性别分析显示男性差异有统计学意义;但是,采用多元线性回归分析方法,用BMI调整后,不同基因型腰围、腰臀比和腰围身高比水平的差异无统计学意义(P>0.05);不同基因型的血脂、血压、血糖指标水平的差异无统计学意义.结论 儿童青少年NPY2R基因rs1047214多态性的突变率与男性肥胖有关,但与血脂、血压、血糖异常可能没有显著关联.

    作者:张伋;王海俊;马军 刊期: 2009年第07期

  • DNA修复基因XPD单核苷酸多态性和环境因素的交互作用与肝细胞癌的关联研究

    目的 探讨XPD基因751、312位点单核苷酸多态性和环境因素的交互作用与肝细胞癌的关系.方法 采用以医院为基础的病例对照研究方法,运用TaqMan MGB荧光定昔实时PCR分析方法对病例组300例肝细胞癌患者和对照组312例非肿瘤患者进行XPD基因751和312位点的基因型分析.以非条件logistic回归模型分析比较各基因型在两组中分布频率的差异,以及基因多态性和环境因素的交互作用.结果 XPD基因751位点3种基因型AA、AC、CC在病例组和对照组中的分布差异无统计学意义(P>0.05),与携带XPD751野生纯合子AA基因型者比较,携带XPD751AC或CC基因型者患肝细胞癌风险无显著增加(P>0.05).XPD基因312位点3种基因型GG、GA、AA在病例组和对照组中的分布差异有统计学意义(P<0.01).与携带XPD312野生纯合子GG基因型者比较,携带XPD312 AA基因型个体罹患HCC的风险是携带XPD312 GG基因型的2.67倍(OR=2.67,95%CI:0.431~16.537),但差异无统计学意义;携带至少一个XPD312A等位基因的个体罹患肝细胞癌的风险是GG基因型的2.62倍(95%CI:1.626~4.222),且差异有统计学意义.交互作用分析结果表明XPD基因751位点多态性与吸烟、XPD基因312位点多态性与吸烟、XPD基因312位点多态性与HBsAg阳性之间在肝细胞癌发生中存在交瓦作用,交互作用的OR值分别为4.291、5.341、7.348.结论 DNA修复基因XPD312A等位基因可能是广西南部地区人群肝细胞癌的危险等位基因,XPD基因多态性与吸烟、HBsAg阳性之间在肝细胞癌发生中存在交互作用,能增加罹患肝细胞癌的风险.

    作者:曾小云;仇小强;纪龙;余红平 刊期: 2009年第07期

  • 新疆维吾尔族和汉族50岁以上人群中心性肥胖调查

    目的 了解新疆维吾尔(维)族和汉族人群中心性肥胖现患状况、分布特点及几种慢性非传染性疾病(慢性病)在中心性肥胖和非中心性肥胖者之间患病率的比较.方法 2005年7月至2007年6月采用随机分层多级整群抽样方法,随机抽取南疆、东疆、北疆、乌鲁木齐市区50岁以上的汉族及维族中老年人进行调查.结果 共调查新疆维、汉两民族8284人,中心性肥胖的粗患病率为55.40%.按2000年全国人口年龄构成标化,维、汉两民族中心性肥胖的标化患病率为50.11%.其中男性中心性肥胖的患病率高于女性(P<0.05);维族中心性肥胖的患病率均高于汉族(P<0.05).中心性肥胖者高血压、糖尿病、血脂异常的患病率高于腹围正常者(P<0.05).结论 新疆维、汉两民族中心性肥胖的标化患病率明显高于全国平均水平,且存在性别、年龄及民族间差异,中心性肥胖者的高血压、糖尿病、血脂异常患病率均高于非肥胖者.

    作者:周晓辉;张钿;古丽扎尔·买买提明;李莉;郝晨光 刊期: 2009年第07期

  • 时间序列模型在流感症状监测信息分析中的应用

    通过对石家庄市流感流行规律分析[1,2],以实际效果和统计学原理论证了以药房药物销售量为代表的流感症状监测信息能够有效的服务于流感监测,症状监测与传统监测相结合是流感监测体系建设发展的目标[3,4].为了进一步了解流感症状监测信息,对2004年11月至2008年11月的门诊就诊量、药物销售量和学校缺勤率分别构建时间序列模型.

    作者:郭建花;何义芳;周吉坤;庞志钊;马志辉;刘立;庞有 刊期: 2009年第07期

中华流行病学杂志

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主办:中华医学会