学术投稿

基于全基因组关联分析的基因(环境)交互作用统计学方法进展

吴学森

关键词:统计学, 基因型, 流行病学方法, 综述
摘要:一般说来,复杂疾病(complex diseases)的发生与发展并不能完全由遗传变异来解释,而应该理解为遗传变异和环境因素共同作用的结果;每个基因与疾病之间可能只存在弱关联,并不存在主基因效应,这种弱效应更容易受到外部环境的影响
蚌埠医学院学报杂志相关文献
  • 不同微环境下椎间隙内抗生素浓度检测

    目的:观察不同微环境下经静脉注入抗生素在椎间隙内的浓度分布,为椎间隙感染的抗生素治疗提供依据.方法:通过椎间隙内注射金黄色葡萄球菌,建立狗椎间隙感染模型,经下腔静脉缓慢推注头孢唑啉液(40 mg/kg),30 min后,获取少许感染椎间盘,彻底清除病灶.饲养1周后,再次下腔静脉推注头孢唑啉液(40 mg/kg),30 min后,取椎间隙感染病灶清除后的椎间隙内组织及正常椎间盘髓核.高效液相色谱法检测不同微环境下椎间隙内组织药物浓度.结果:正常椎间盘髓核、椎间盘感染、椎间隙感染病灶清除后的椎间隙组织内药物浓度分别为(4.62±1.74) μg/mg、(7.00±2.48) μg/mg和(14.11±2.10) μg/mg,椎间隙感染病灶清除后的椎间隙组织内药物浓度较正常椎间盘髓核和感染椎间盘内药物浓度有显著升高(P<0.01).结论:椎间隙感染病灶清除后,椎间隙内头孢唑啉浓度有明显提高.

    作者:王祥;刘振华;官建中 刊期: 2008年第06期

  • Rolando裂的三维重建与可视化

    目的:为大脑中央沟区立体定向、介入放射及微创外科等提供三维可视化模型.方法:在微型计算机上,5例正常成人颅脑横断位MRI扫描数据以Dicom 3.0格式直接导入3D-Doctor软件,人工分割Rolando裂、侧脑室、正中裂及大脑,分别以不同颜色标识;采用面重建法对Rolando裂及整脑同时行三维重建.结果:成功重建Rolando裂在整脑中的三维可视化模型,再现了Rolando裂的三维形态及在大脑中的空间位置.模型可以任意方位旋转观察.结论:应用MRI数据建立Rolando裂三维模型,可从不同角度观察Rolando裂三维立体及其与周围重要结构毗邻关系,可在模型上进行三维解剖学测量,期望为构建神经外科虚拟训练系统和手术策划系统奠定计算解剖学基础.

    作者:沈龙山;王震寰;张磊;张顺花;张艳;张俊祥;刘志军 刊期: 2008年第06期

  • 预防医学专业实习基地建设对毕业生就业的影响

    目的:探讨预防医学专业实习基地建设与毕业生就业的关系.方法:根据预防医学专业毕业实习生的实习和就业的需要,在省外江苏、浙江和上海(江、浙、沪)发达地区建立专业实习基地,为毕业生就业创造有利的条件.结果:预防医学专业在上海市和江苏省等五省市的市(区)级疾病预防控制中心、卫生监督所和临床实习医院等建立了14个实习基地(涉及40个实习单位).连续三届毕业生就业率均为100%,毕业生在省外的就业率从2005首届28.1%上升到2007届61.1%,而其中在江、浙、沪专业实习基地及其周边地区就业者均高达93%以上.结论:实践证明,专业实习是本科教育的重要环节,加强实习基地建设是专业实现教学目标、教学质量的保证,也是增强专业学生综合能力、提高专业学生就业率的有效途径.

    作者:周纯先;王春华;程先进;江城梅;张月英;孟莉;孔刚 刊期: 2008年第06期

  • 扣带沟与副扣带沟的非对称性研究

    目的:观察副扣带沟在国人人群中的出现率及侧别差异、扣带沟走行的连续性及各类型出现的概率.方法:在微型计算机上eFilm1.5工作站中,选取30例头颅连续MRI矢状断层两侧旁正中矢状面,观察副扣带沟的出现率;扣带沟走行的连续性及各类型出现的概率.结果:左侧大脑半球副扣带沟的出现率为56.67%,右侧为26.67%;左侧扣带沟连续不分段的出现率为63.33%,右侧为50%;左侧出现副扣带沟时,同侧连续型扣带沟出现率为88.24%,右侧出现副扣带沟时,同侧连续型扣带沟出现率为71.43%.结论:副扣带沟的出现呈现明显的左偏趋势;副扣带沟的出现显著影响了扣带沟走行的连续性.

    作者:隋东莉;王震寰;李成;陈刘成;沈龙山 刊期: 2008年第06期

  • 亚胺培南耐药的琼氏不动杆菌的外膜蛋白飞行时间质谱分析

    目的:探讨亚胺培南耐药的琼氏不动杆菌外膜蛋白特征及其在不动杆菌耐药中的作用.方法:从住院的慢性阻塞性肺疾病急性加重期患者痰液中分离一株多重耐药(包括耐亚胺培南)琼氏不动杆菌ZN3858、API 20NE及ARDRA联合RAPD基因指纹技术鉴定到种.琼氏不动杆菌ATCC 17908作为参照,SDS-PAGE方法分离并挑选差异表达的外膜蛋白,基体辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOFMS)分析外膜蛋白特性,体外扩增其部分结构基因.结果:ZN3858的35-和 47- kDa外膜蛋白低表达,质谱分析检索显示35-和47- kDa外膜蛋白分别匹配耐药相关的外膜蛋白oprD和oprF前体;同时一个40 kDa外膜蛋白异常高表达,此蛋白质谱分析及检索显示高度匹配鲍曼不动杆菌中的与碳青霉烯耐药相关的外膜蛋白HMB-AB,其部分结构基因被扩增,并被Genbank收录(序列号:AY626903).结论:外膜蛋白可能参与琼氏不动杆菌对碳青霉烯类抗生素耐药.omp40可能是琼氏不动杆菌中与鲍曼不动杆菌HMP-AB对应的外膜蛋白,其在细菌耐药中的作用有待进一步阐明.

    作者:张永;李峰;胡俊锋;黄礼年;陈余清;唐英春 刊期: 2008年第06期

  • NOD小鼠CD4+CD25+调节性T细胞功能变化研究

    目的:观察NOD小鼠CD4+CD25+调节性T细胞的功能变化.方法:流式细胞仪分析NOD小鼠胰腺引流淋巴结(PLN)CD4+CD25+T细胞频率,CD4+CD25+T细胞中FoxP3+细胞的比例,CD4+CD25+FoxP3+ T细胞的FoxP3平均荧光强度(MFI);检测 CD4+CD25+调节性T细胞的抑制功能.结果:在不同的年龄阶段,CD4+CD25+调节性T细胞数量未发生明显变化,而随时间的推移,CD4+CD25+调节性T细胞中FoxP3表达水平降低,CD4+CD25+调节性T细胞的功能也下降.结论:CD4+CD25+调节性T细胞的抑制功能降低可能是NOD小鼠糖尿病发作的根本原因.

    作者:李卫鹏;申勇;胡永全;史桂英;王福庆 刊期: 2008年第06期

  • Cyclin D1及p16在非小细胞肺癌中的表达及其临床意义

    目的:研究细胞周期蛋白D1(Cyclin D1)及p16基因在人非小细胞肺癌组织中的表达和临床意义.方法:以免疫组化SP法检测62例非小细胞肺癌组织中及20例肺良性病变组织中Cyclin D1及p16的表达.结果:Cyclin D1及p16在肺癌组织中均有较高的表达,其阳性率分别为62.9%和56.5%;在肺良性病变中未发现Cyclin D1的表达,p16阳性率为85.0%.Cyclin D1的表达与肿瘤的大小、淋巴结转移及临床分期无关(P>0.05);p16的表达与肿瘤的大小无关(P>0.05),与淋巴结转移及临床分期有关(P<0.005).结论:Cyclin D1的过表达与肺癌的发生有关,可作为肺癌早期诊断指标之一,而与肺癌发展和预后无关;p16异常与肺癌发生、发展及预后有关.

    作者:王立新;洪永青;高金瑜 刊期: 2008年第06期

  • 基于全基因组关联分析的基因(环境)交互作用统计学方法进展

    一般说来,复杂疾病(complex diseases)的发生与发展并不能完全由遗传变异来解释,而应该理解为遗传变异和环境因素共同作用的结果;每个基因与疾病之间可能只存在弱关联,并不存在主基因效应,这种弱效应更容易受到外部环境的影响

    作者:吴学森 刊期: 2008年第06期

  • 胃癌转移的相关基因研究进展

    转移是恶性肿瘤患者死亡的主要原因,也是肿瘤治疗中的大障碍.癌的转移是一个复杂的生物学过程,与基因密切相关,转移常常伴随着某些基因的改变.

    作者:张庆;顾琴龙 刊期: 2008年第06期

  • 吸入依洛前列环素对先天性心脏病继发肺动脉高压患者血液动力学的影响

    目的:探讨吸入依洛前列环素对先天性心脏病(CHD)继发肺动脉高压(PAH)患者的血液动力学影响.方法:对20例CHD继发PAH患者吸入依洛前列环素,分别测量吸入药物前后各血液动力学参数,比较用药前后的差异.结果:吸入依洛前列环素后PAH患者的肺动脉收缩压(PAP)、肺动脉舒张压、肺动脉平均压、肺血管阻力(PVR)下降,外周动脉血血氧饱和度、周围动脉氧分压、体循环血流量、肺循环血流量、心脏指数(CI)增加;混合静脉血氧含量、体循环收缩压、混合静脉血血氧饱和度、体循环舒张压、体循环平均压、肺小动脉嵌顿压、心率无明显变化.结论:吸入依洛前列环素可安全有效地降低PAH患者的PAP、PVR,增加CI.

    作者:罗显元;周学中;张维君 刊期: 2008年第06期

  • 霍奇金淋巴瘤研究进展

    霍奇金淋巴瘤(Hodgkin's lymphoma,HL)是相对少见的恶性肿瘤,同时也是一个化疗敏感性肿瘤,多数病例经过系统的化放疗联合治疗,能够获得很好的疾病控制和预后

    作者:闵大六 刊期: 2008年第06期

  • 核糖核酸酶抑制因子与人乳腺癌细胞恶性增殖的相关性研究

    目的:探讨核糖核酸酶抑制因子(ribonuclesae inhibitor,RI)的表达与人乳腺癌细胞MCF-7、MDA-MB-231、SKBR-3恶性增殖之间的关系.方法:四甲基偶氮唑蓝(MTT)法检测细胞增殖情况,流式细胞术检测细胞周期分布,RT-PCR检测RI基因表达水平,细胞免疫化学技术检测RI蛋白表达情况.结果:人乳腺癌细胞MCF-7细胞增殖速度、S期所占比例均小于人乳腺癌细胞MDA-MB-231、SKBR-3(P<0.05~P<0.01),且MCF-7细胞中RI基因表达水平、蛋白表达水平明显高于MDA-MB-231、SKBR-3细胞(P<0.01).结论:RI与人乳腺癌细胞恶性增殖生长有一定的相关性.

    作者:唐晓燕;章菊;夏俊;陈俊霞;崔秀云 刊期: 2008年第06期

  • 囊性肾细胞癌的CT诊断(附11例报道)

    目的:探讨囊性肾癌的CT影像学表现及鉴别诊断,旨在提高术前诊断率.方法:回顾性分析11例囊性肾癌的CT影像学表现.结果:7例表现为多房样改变,囊内壁不光整,分隔厚薄不一,增强后呈中重度强化;4例表现为单房样改变,囊内见不均匀絮状影,增强后囊壁呈结节样异常强化,絮状物强化不明显.结论:囊性肾癌的CT影像学表现有一定的特征性,了解其特点有助于给临床术前提供一些重要信息.

    作者:许新堂;颜广林;曹刚;周胜利;张永刚;周新萍 刊期: 2008年第06期

  • 靶向TrKA基因的SiRNA干扰对乳腺癌细胞生长的影响

    目的:观察TrKA对乳腺癌细胞生长的影响,并初步探讨其分子机制,为乳腺癌治疗提供新的药物靶点.方法:荧光定量PCR和Western-blot检测干扰前后乳腺癌细胞株中TrKA的表达水平;MTT法检测干扰后对神经生长因子的促细胞生长作用的影响;Western-blot检测干扰后caspase-3的蛋白活性变化.结果:干扰后TrKA mRNA和蛋白表达分别下降73.8%和80.5%(P<0.05);NGF能促进乳腺癌细胞株MCF-7增殖(P<0.01);MCF-7+NGF组在OD490 nm值,各时间点高于MCF-7组(P<0.01);干扰后抑制了NGF的促细胞增殖作用,TrKA-SiRNA和TrKA-SiRNA+NGF组在490 nm处,各时间点均低于MCF-7 (P<0.01);Western-blot结果显示,与MCF-7组相比TrKA-SiRNA和TrKA-SiRNA+NGF组caspase-3蛋白明显活化,cleaved caspase-3增加(P<0.05).结论:TrKA的SiRNA干扰有效抑制乳腺癌细胞的生长,并有助于细胞趋向凋亡,提示NGF-TrKA生物学轴对乳腺癌的生长起重要作用,阻断此生物学轴可能是乳腺癌治疗新的靶点.

    作者:陈昌杰;章菊;杨清玲 刊期: 2008年第06期

  • TGF-β1诱导的新生儿脐带血CD4+CD25+调节性T细胞增殖动力学研究

    目的:探讨转化生长因子-β1(transforming growth factor-β1,TGF-β1)诱导的新生儿脐带血CD4+CD25+调节性T细胞增殖活性.方法:新生儿脐带血单个核细胞经羧基荧光素乙酰乙酸琥珀酰亚胺酯(carboxyfluorescein diacetate,succinimidyl ester,CFSE)标记后,加入TGF-β1,同时用CD3mAb激活和IL-2培养扩增.培养第4、6、8天收集细胞,用流式细胞术检测活化增殖后的CD4+CD25+、CD8+T细胞增殖动力学变化.结果:培养后第6、8天,实验组CD4+CD25+T细胞增殖指数分别为11.52、23.04,高于对照组CD4+CD25+T细胞(6.68,10.46)及实验组 CD8+ T细胞(4.23,5.43).培养后第8天,实验组CD4+CD25+T细胞第8代到第10代所占的比例为52.74%,在各代中以第8代所占比例高,而对照组CD4+CD25+T细胞第8代到第10代所占的比例为36.26%;实验组CD8+ T细胞第8代到第10代所占的比例为13.54%,在各代中所占比例高的为第2代,而对照组CD8+ T细胞第8代到第10代所占的比例为29.44%. 结论:TGF-β1诱导的新生儿脐带血CD4+CD25+调节性T细胞增殖活性明显强于CD8+ T细胞.

    作者:唐洁;李柏青 刊期: 2008年第06期

  • Tat47-57-HBcAg融合基因表达载体的构建及融合蛋白的表达鉴定

    目的:探讨融合蛋白Tat47-57-HBcAg原核表达的可行性,并分析其表达形式,为研究其功能提供理论基础.方法:合成Tat47-57编码序列,PCR技术扩增HBcAg基因,通过重叠延伸PCR片段拼接法,将Tat47-57编码序列和HBcAg基因拼接,将融合基因克隆到pET28原核表达载体中.挑选测序正确的构建质粒转化大肠埃希菌Rosetta-gamiTM2(DE3),异丙基-β-D-硫代半乳糖苷诱导融合蛋白表达,表达产物超声破壁,十二烷基磺酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)分析融合蛋白的表达形式,Western印迹鉴定.结果:Tat47-57-HBcAg融合蛋白在大肠埃希菌中主要以可溶性形式过度表达,Western印迹分析表明Tat47-57-HBcAg融合蛋白可与HBcAg单克隆抗体反应.结论:融合蛋白Tat47-57-HBcAg以可溶性形式在原核表达系统中高效表达,并能特异性的被HBcAg单克隆抗体所识别.

    作者:潘庆春;余永胜;汤正好;张韡;韩进超;臧国庆 刊期: 2008年第06期

  • 下呼吸道产超广谱β-内酰胺酶肺炎克雷伯菌及大肠埃希菌的耐药性基因型分析

    目的:观察下呼吸道产超广谱β-内酰胺酶(extended spectrum β-lactamases,ESBLs)肺炎克雷伯菌及大肠埃希菌耐药菌株耐药基因分型,并探讨耐药菌株的流行状况及发生耐药的机制.方法:按常规方法进行细菌分离、培养和菌种鉴定.采用微量液体稀释与K-B法,分别对常用抗生素和头孢哌酮/舒巴坦的耐药性进行检测.采用纸片法确证产超广谱β-内酰胺酶菌株,并应用PCR技术进一步扩增TEM型、SHV型β-内酰胺酶的基因型.结果:产ESBLs肺炎克雷伯菌和大肠埃希菌对AMP、AMP/SB、PIP、CF、CFZ、CRM、CPD、CAX、CAZ、CTX、CPE和AZT的耐药率高达90%以上.产ESBLs肺炎克雷伯菌中产TEM型、SHV型、TEM和SHV型β-内酰胺酶基因的百分率分别为26.92%、30.76%、7.69%,大肠埃希菌百分率分别为46.15%、5.12%、10.25%.结论:产ESBLs肺炎克雷伯菌和大肠埃希菌对多种不同种类抗生素耐药,且具有多重耐药的特点.产ESBLs肺炎克雷伯菌和大肠埃希菌携带TEM或SHV型β-内酰胺酶基因,其中肺炎克雷伯菌以产SHV型β-内酰胺酶为主,大肠埃希菌则以产TEM型β-内酰胺酶为主.

    作者:何源沁;徐元宏;王中新;沈继龙;费广鹤 刊期: 2008年第06期

  • 猪白细胞介素12 p35、p40亚基基因的克隆和序列分析

    目的:克隆猪白细胞介素(IL)-12 p35、p40亚基基因,为制备猪囊尾蚴的复合基因疫苗奠定基础.方法:分别分离成年猪的外周血单个核细胞和脾细胞,培养10 h后用IFN-γ(100 ng/ml)刺激增殖12 h,随后加入细菌脂多糖 (1 μg/ml)刺激培养3 h,分别收集细胞并提取细胞总RNA,用RT-PCR方法扩增猪IL-12 p35、p40 cDNA 编码基因,克隆至pMD18-T载体,经PCR和双酶切鉴定后进行序列测定.结果:猪IL-12 p35、p40 cDNA PCR 产物电泳结果证明所克隆的基因分别为616 bp和1 011 bp,基因测序结果与GenBank 报道的基因序列各有一个碱基差异,但编码氨基酸无差异,证实分别为猪IL -12 p35、p40 cDNA 编码基因.结论:成功克隆了猪IL-12 p35、p40 cDNA 编码基因.

    作者:袁远英;方强;孙新;王雪梅;李柏青;夏惠 刊期: 2008年第06期

  • 我国首例人体司氏伯特绦虫病——节片形态及流行病学意义

    目的:探讨司氏伯特绦虫人体感染在进行病原诊断时对节片的识别及我国发现该绦虫感染的流行病学和公共卫生意义.方法:收集的节片进行活体观察和甲醛固定后观察,测量记录其形态以分析大体标本的形态特点.结果:患者送检节片为数节至10余节甚至数十节相连,呈典型的宽远大于长的特点,在活体时由于虫体遇冷收缩可在一端呈双角状;固定标本每节片平均长0.1 cm,宽0.68~1.10 cm,外观即显著区别于其它绦虫.结论:司氏伯特绦虫感染者排出的节片因收缩而显著变形,固定后其形态在长宽比例上迥异于其它绦虫,掌握该特征并追溯流行病学线索对诊断具有关键意义.

    作者:孙新;陈兴智;杨小迪;方强;胡守锋;夏惠;张美华;王雪梅;王媛媛 刊期: 2008年第06期

  • FABP2多态性与2型糖尿病胰岛素抵抗、糖、脂代谢的关系

    目的:探讨小肠脂肪酸结合蛋白基因(FABP2)多态性与2型糖尿病(T2DM)胰岛素抵抗、糖、脂代谢的关系.方法:应用聚合酶链反应,对140例蚌埠地区汉族人80例2型糖尿病(T2DM)组及60例正常对照(NC)组的小肠脂肪酸结合蛋白基因54密码子的HhaⅠ酶切位点进行限性片段长度多态性分析.结果:蚌埠地区汉族人存在FABP2 HhaⅠ多态性位点,有FABP2 Ala54Ala、Ala54Thr和Thr54Thr多态片段 (等位基因频率Ala为0.67, Thr为0.33).与NC组比较,T2DM组的胰岛素抵抗指数(HOMA-IR指数)、胰岛素均明显增高(P<0.01),胰岛素敏感指数显著降低(P<0.01);甘油三酯、总胆固醇、低密度脂蛋白均明显增高(P< 0.01),高密度脂蛋白明显降低(P<0.01).T2DM组中,FABP2 Ala54Ala与Ala54Thr及Thr54Thr基因型患者比较,后两者的空腹胰岛素、HOMA-IR指数、空腹血糖、甘油三酯水平、低密度脂蛋白明显增高(P<0.01),而胰岛素敏感指数显著降低(P<0.01).结论:蚌埠地区汉族人存在FABP2多态性.2型糖尿病患者存在胰岛素抵抗及脂代谢异常,且FABP2 Ala54Thr、Thr54Thr基因型与胰岛素抵抗相关,是脂代谢异常的影响因素之一.

    作者:周海艳;石建华;黄(讠永)齐 刊期: 2008年第06期

蚌埠医学院学报杂志

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主管:安徽省教育厅

主办:蚌埠医学院