康文玉；毕胜利；丁峥嵘；田炳均；赵智娴；李徽
生物信息学是随着人类基因组计划(Human genome project,HGP)的启动而发展起来的一门新兴学科.1995年,在HGP第一个五年总结报告中,给出了较为完整的定义:生物信息学是一门交叉科学,包含了生物信息的获取、加工、存储、分发、分析、解释等在内的所有方面,它综合运用数学、计算机科学和生物学的各种工具,来阐明和理解大量数据所包含的生物学意义[1].其中,基因组序列分析、蛋白质空间结构模拟与药物设计等是它重要的组成部分.生物信息学的发展日新月异,所提供的理论和方法正推动生命科学研究以前所未有的速度向前迈讲.
作者：顾敏；曹永忠；刘秀梵 刊期： 2011年第03期
登革病毒(Dengue virus,DENV)以伊蚊为主要传播媒介,可感染人,引起登革热(Dengue fever,DF)、登革出血热(Dengue hemorrhagic fever,DHF)及登革休克综合征(Dengue shock syndrome,DSS),其中以登革热常见,广泛流行于热带和亚热带地区,是分布广,发病多,危害较大的一种虫媒病毒病.
作者：张硕；李德新 刊期： 2011年第03期
历史上具杀伤力的1918年西班牙流感大流行由H1N1亚型流感病毒引起[1],随后H1N1亚型流感继续在人群中流行,并且在20世纪20年代到50年代又引起了数次暴发[2-3].1957年,H1N1流感病毒消失,被H2N2亚型流感病毒取代并引起了流感大流行[4].1968年H3N2亚型流感病毒取代了自1957年以来仅流行了11年的H2N2亚型流感病毒,并导致20世纪第三次流感大流行[5],此后,
作者：王大燕；舒跃龙 刊期： 2011年第03期
从陕西某大鲵养殖场患病的大鲵体内分离到一株病毒.患病大鲵以体表溃疡,特别是肢体远端溃烂为主要临床特征.该病毒于10℃～30℃能在BF-2(Caudal trunk cells of blue-gillfry)、CO(Gorad cells of grass carp)、CHSE(Embryo cells of Chinook salmon)、FHM(cells of fathed minnow)等细胞中较好地增殖,适生长温度为25℃～30℃.病毒对氯仿、热、pH3、pH10敏感,DNA抑制剂5-氟-2′-脱氧尿苷(5-fluro-2′-deoxyuridine,FUDR)能抑制病毒在细胞中的增殖,提示该病毒是有囊膜的DNA病毒.经电镜观察,在感染了病毒的细胞切片中可见到大量直径约130～150 nm有囊膜的六角形病毒颗粒成晶格排列在细胞质里,病毒呈典型的虹彩病毒形态.抽提病毒核酸后进行PCR扩增,用已知蛙病毒主要衣壳蛋白(MCP)基因的保守序列设计的引物能扩增出431bp的片段.扩增的片段测序后,和已知的几种蛙病毒属成员的主要衣壳蛋白基因中的相应片段进行比对,相似性在96%以上.血清学试验结果显示该病毒和IPNV(Infectious pancreatic necrosis virus,IPNV)、GCRV(Grass carp reovirus,GCRV)、SVCV(Spring viraemia of carp virus,SVCV)、IHNV(Infectious hematopoietic necrosis virus,IHNV)在血清学上没有相关性.以上结果提示该病毒可能是虹彩病毒科蛙病毒属的成员,暂时命名为大鲵虹彩病毒(Andriasdavidianus iridovirus,ADIV).该病毒与大鲵发病的关系有待进一步研究.
作者：江育林；张旻；景宏丽；高隆英 刊期： 2011年第03期
利用GenomeLab(tm)GeXP遗传分析系统建立一种同时检测A组轮状病毒、诺如病毒GI、GⅡ型、札如病毒、肠道腺病毒、星状病毒、人博卡病毒Ⅱ型7种常见腹泻相关病毒的方法.对反应条件进行优化后,非同日三次重复实验表明至少在104拷贝/μL水平可同时特异地检测出7种病毒,对Enterovirus71、Human Parechovirus、PicobirnayirusⅡ阳性标本无交叉反应.本研究初步建立了一种高通量、快速的常见腹泻相关病毒的检测方法,为腹泻病原的分子诊断提供了新的方法.
作者：刘艳；徐子乾；李金松；靳淼；程卫霞；巩勋；李慧莹；杨晚竹；杨梦婕；胡秀梅；马学军；段招军 刊期： 2011年第03期
HCoV-NL63是新近发现的人冠状病毒,对其外膜糖蛋白-棘突蛋白的表达及功能的研究仍有待深入.本研究利用天坛株痘苗病毒载体,克隆构建可表达HCoV-NL63棘突蛋白四个片段(N端棘突蛋白:S1;C端棘突蛋白:S2;受体结合区大片段:RL;受体结合区小片段:RS)的重组痘苗病毒(vJSC1175-S1;vJSC1175-S2;vJSC1175-RL;vJSC1175-RS),酶切测序证实表达载体构建正确,免疫荧光分析(IFA)各重组痘苗病毒中棘突蛋白不同片段的表达与定位,western-Blot分析表明各种重组蛋白表达正确.分析结果显示:4种重组蛋白均能有效表达,S1、RL及RS蛋白的荧光主要分布在细胞膜上,而S2蛋白的荧光则主要分布于细胞浆,各个片段的分子量大小与文献报道相同,并可进行正确的翻译修饰(糖基化).本研究首次采用痘苗病毒天坛株载体构建制备了表达HCoV-NL63棘突蛋白不同片段的重组痘苗病毒,为进一步分析人冠状病毒HCoVNL63棘突蛋白的结构功能及探索其抗原性和免疫原性奠定了基础.
作者：赵国霞；周为民；陆柔剑；王惠娟；赵敏；张庭瑛；邓瑶；高基民；谭文杰 刊期： 2011年第03期
对云南省参加健康体检人员中一份乙肝表面抗原阳性标本S区基因序列测定,以了解其分子生物学特点.利用巢式PCR扩增HBV S基因片段,并对扩增产物进行序列测定,将基因序列提交到GenBank上进行BLAST搜索,同时运用Mega软件进行同源性分析,并构建基因树,并将其核苷酸和氨基酸与已报道的A～I基因型参考株的同源性进行比较.核苷酸和氨基酸比较结果证明,此标本病毒基因型为HBV I基因型.本文所发现的I基因型标本为国内首次报道.
作者：康文玉；毕胜利；丁峥嵘；田炳均；赵智娴；李徽 刊期： 2011年第03期
为了研究季节性流感裂解疫苗在小鼠中针对甲型流感病毒同型同株、同型异株、异型异株攻击的免疫保护效力及其与诱发的血凝抑制(HI)抗体滴度的关系,本研究使用我国2008～2009年度季节性流感裂解疫苗中不同剂量的甲1型流感病毒H1N1(疫苗株病毒A/Brisbane/59/2007(H1N1)-like)和甲3型流感病毒的H3N2(疫苗株病毒A/Brisbane/10/2007(H3N2)-like)疫苗组分免疫BALB/c小鼠,首先确定了能在小鼠中诱发血HI抗体滴度达到40的疫苗免疫剂量;然后以此剂量免疫小鼠,分别使用同型同株流感病毒(鼠肺适应株A/Brisbane/59/2007(H1N1)-like virus(MA))(简称A1)和同型异株流感病毒(鼠肺适应株A/Purto Rico/8/34(H1N1))(简称PR8)攻击H1N1疫苗免疫小鼠,使用异型异株流感病毒A1攻击H3N2疫苗免疫小鼠,通过体重变化和存活率情况,探讨季节性流感疫苗在小鼠中针对甲型流感病毒同型同株、同型异株、异型异株攻击的保护效力.结果显示,季节性流感裂解疫苗H1N1和H3N2组分按照HA不同剂量0.15μg、0.5μg、1.5μg、5μg和15μg免疫小鼠后,所诱发的HI抗体滴度随免疫剂量的增加而增强,1.5μgHA即可以诱发免疫小鼠HI抗体滴度达到40;以此剂量免疫小鼠,分别使用3LD50、10LD50、30LD50、100LD50、300LD50、1 000LD50和3 000LD50的同型同株流感病毒A1进行攻击,1.5μgH1N1疫苗可以100%保护小鼠抵御高至1 000LD50同型同株流感病毒A1的攻击,15μg甚至可以100%保护3 000LD50同型同株流感病毒A1的攻击,但是这两个剂量免疫的小鼠在低至3LD50同型异株流感病毒PR8的攻击后都全部死亡;使用可以诱发HI抗体滴度达到140的15μg H3N2疫苗免疫小鼠,在低至3LD50异型异株流感病毒A1的攻击后亦全部死亡.以上结果表明,季节性流感疫苗可使小鼠HI抗体滴度达到40的疫苗免疫剂量为1.5μg,该免疫剂量可以有效保护小鼠抵御同型同株流感病毒的攻击,但是难以保护小鼠抵御同型异株与异型异株流感病毒的攻击,这一结果为建立以季节性流感疫苗为参考的免疫保护评价体系提供了实验依据.
作者：黄保英；王秀平；王文玲；胡伟；高强；谭文杰；阮力 刊期： 2011年第03期
为了探讨戊型肝炎病毒多聚蛋白ORF1的多个功能域在宿主细胞中的表达和定位情况,我们首先将psk-HEV重组载体上的ORF1各功能域的编码序列克隆到绿色荧光蛋白载体pcDNA3.1-GFP上,构建成融合表达的重组质粒,并测序和酶切鉴定其构建成功.再通过Western-Blot验证各融合蛋白在细胞中正确表达,并用激光扫描共聚焦显微镜观察融合蛋白在细胞内的分布和定位.在Huh7细胞中,RdRp蛋白主要分布于细胞核内,HEL蛋白以囊泡状分布于细胞核周,MET蛋白以颗粒状存在于细胞核和细胞质中,PLP蛋白呈极性分布于细胞核周,X蛋白在细胞核和细胞质中均存在.各融合蛋白在细胞中的不同定位印证了对这些蛋白质的功能预测和体外研究结果,这为进一步研究HEV不同蛋白功能提供了支持.
作者：黄慧；郑子峥；赵敏；李婧娴；赖旺生；苗季；张军；夏宁邵 刊期： 2011年第03期
为探讨肠道病毒71型(EV71)VP4基因序列与手足口病(HFMD)不同临床类型之间的关系,分析重组蛋白EV71 VP4的抗原性,并初步探讨其与柯萨奇病毒A16(CA16)重组蛋白VP4是否存在交叉反应性,对2007～2009年从北京息HFMD儿童标本分离到的10株EV71的VP4基因进行克隆测序,运用生物学软件对测序结果进行比较分析,并选择其中1株与1株同期分离的CA16的VP4分别进行原核表达;用表达产物对189份正常体检的成人及来首都儿科研究所就医的非HFMD患儿血清中的IgG进行Western Blot检测,并分析14份确诊为EV71感染和12份CA16感染患者急性期血清中的IgM抗体.分析表明这10株EV71 VP4基因核苷酸同源性为94.20%～100.00%,所推导的氨基酸序列则完全相同,从重症与轻症患儿分离的毒株之间VP4的核苷酸序列未见一致性的差异,基于EV71 VP4基因核苷酸序列的进化树分析表明2007～2009年北京地区所流行的毒株均属于C4亚型;本研究中EV71和CA16的VP4核苷酸序列的同源性为69.6O%,所推导的氨基酸序列的同源性为78.60%,在运用Western Blot检测189份血清中的VP4特异性IgG时,EV71 VP4的血清阳性率为38.10%,说明其具有良好的抗原性,CA16 VP4的血清阳性率为58.20%,两者差别具有显著统计学意义(x2=15.30,P＜0.01,提示EV71 VP4与CA16 VP4没有交叉反应性;在用表达的VP4检测已确诊为相应病毒的特异性IgM时,两者皆为阴性,提示感染后机体对VP1和VP4产生不同的反应.
作者：李玉运；朱汝南；钱渊；邓洁；孙宇；王芳；赵林清；刘立颖 刊期： 2011年第03期
将HCoV-NL63核衣壳蛋白N端(Np 1～154aa)、C端(Cp 141～306aa)基因片段克隆到原核表达载体pET30a(+)上进行原核表达,制备相应的纯化蛋白Np、Cp蛋白,利用Np、Cp蛋白建立基于Western-Blot条带印迹的HCoV-NL63抗体检测法,并与基于全长N蛋白(Nf)的HCoV-NL63抗体检测法相平行筛查了50份成年体检血清.结果显示:50份成年体检血清中,采用Nf、Np、Cp分别检出25、27、36份HCoV-NL63抗体阳性血清,检出率分别为50%、54%、72%.不同N蛋白与血清反应抗体阳性谱存在差异,其中Np与Nf检出一致率为64%,Cp与Nf检出一致率为54%,而Np与Cp检出一致率为54%.本研究表明人冠状病毒NL63在我国人群中感染常见,N蛋白C端(Cp)检出率比全长N(Nf)及N端(Np)要高,Nf、Np、Cp在抗体检测上存在不一致性.这为HCoV-NL63血清学试剂研发及免疫学研究提供了依据与实验基础.
作者：赵敏；张庭瑛；周为民；赵国霞；张陵林；高基民；谭文杰 刊期： 2011年第03期
本研究对1931～2009年间分离于中国20个省区的167株狂犬病病毒的N基因序列进行进化分析,以探讨中国狂犬病病毒株的基因分型和分组情况、时间和空间的动态进化.结果显示:从中国分离的毒株都属于基因1型狂犬病病毒,可以分为2个进化分支共计8个组,分支I包括1～4组,分支Ⅱ包括5～8组;选择压力分析表明中国狂犬病病毒处于较强的净化选择约束下,狂犬病病毒N基因中的核苷酸突变主要是同义突变;运用贝叶斯中的马尔科夫链的蒙特卡洛方法估计中国狂犬病病毒N基因核苷酸的平均碱基替代率为4×10-4替代/位点/年,共同祖先出现的时间不超过2000年前;迁移分析表明中国狂犬病病毒株存在跨地域传播.
作者：孟胜利；徐葛林；雷永良；吴杰；严家新；杨晓明 刊期： 2011年第03期
在本实验室研制出的多株针对H5N1亚型禽流感血凝素单抗中,13D4单抗对所有H5亚型病毒均有血凝抑制和中和活性,具有特异性高、反应性强和识别广的特点,且在小鼠实验中显示了对各种代表株禽流感的感染和发病均具有良好的治疗效果.在此研究基础上,本实验通过基因工程构建含有13D4单链抗体(scFv)基因的毕赤酵母表达载体,实现目的蛋白的分泌性表达和纯化.经过竞争法和血凝抑制检测其活性,表明获得的单链抗体具有与原始鼠源抗体相近的反应活性和相同的识别表位.H5N1广谱中和单抗13D4的单链抗体的成功构建,为进一步研制针对H5N1禽流感病毒的治疗性抗体奠定了基础.
作者：何芳萍；林庆山；李少伟；魏旻希；陈振钦；罗文新；陈毅歆；张军；夏宁邵 刊期： 2011年第03期
本调查旨在了解2010年云南省昭通市1株脊髓灰质炎Ⅱ型疫苗衍生毒株(Vaccine-derived poliovirus,VDPV)引起的病例的流行病学特征、该病例的排毒情况及其周围健康儿童的肠道病毒(EV)携带情况和病毒型别特征.在该病例的发生地进行现场流行病学调查,连续采集病例粪便标本,采集密切接触者及病例居住地健康儿童粪便标本进行病毒分离和型别鉴定.经省级专家组终分类诊断为VDPV病例;实验室结果显示病例标本中未再检出VDPV密切接触者及周围健康儿童标本中均未检测到脊灰疫苗株病毒及VDPV,AFP病例人户主动搜索未发现类似病例,表明该病毒未在当地造成循环;在健康儿童中检测到NPEV 21株,病毒携带率为20.0%;经VPl区核苷酸序列测定,21株NPEV分别属于HEV-A组(11株,3个血清型,占52.4%)和HEV-B组(10株,4个血清型,47.6%).
作者：汤晶晶；田炳均；罗梅；张杰；康文玉；余文；丁峥嵘 刊期： 2011年第03期
本研究用λ-Red重组酶介导的PCR打靶方法缺失腺病毒基因组上Ⅳa2基因的大部分编码序列(1 104 bp),并获得一种Ⅳa2基因缺失的重组腺病毒.首先构建PcR打靶的含有卡那霉素抗性表达盒的模板质粒pAK,再以pAK为模板扩增出两端含39 bp同源臂的线性DNA片段;将pFG140质粒及线性DNA片段依次转化到宿主菌BW25113/pIJ790中,通过λ-Red重组酶介导的同源重组获得了缺失Ⅳa2基因的腺病毒基因组质粒pFG140-△Ⅳa2(1104).酶切及DNA测序结果显示,用λ-Red重组酶介导的PCR打靶方法在pFG140上精确地缺失了预计的Ⅳa2基因3端的1 104bp片段.用PCR方法扩增获得Ⅳa2基因全长ORF,插入表达载体pAAV2neo中,构建成Ⅳa2基因表达质粒pAAV2neo-Ⅳa2.将pFG140-△Ⅳa2(1104)与pAAV2neo-Ⅳa2共转染HEK293细胞,成功地获得了重组腺病毒Ad5△Ⅳa2(1104).Western Blot的结果表明,Ad5△Ⅳa2(1104)病毒感染的HEK293细胞检测不到Ⅳa2蛋白的表达.本研究建立了一种对腺病毒基因组直接进行缺失操作的λ-Red重组酶介导的PCR打靶方法,并获得了一种IVa2基因大部分缺失的重组腺病毒.
作者：柳云帆；尉迟捷；王刚；田文洪；陆月；刘雪荣；董小岩；郑刚；沈炜；吴小兵；阮力 刊期： 2011年第03期
以水提法分离制备板蓝根水提物S-03分析其基本化学成分,并在狗肾细胞(MDCK)上分别接种人甲1、3型和乙型流感病毒标准株、临床分离株以及禽流感病毒,采用空斑减少和免疫荧光及血凝抑制实验方法,在预防、治疗和直接作用三种试验模式下探讨S-03体外对流感病毒的抑制作用.研究结果表明S-03的主要化学成分为糖类,多糖所占总重的比例高.S-03体外抗病毒药效显示:①预防模式:对各型流感病毒均无抑制作用;②治疗和直接作用模式:对不同亚型流感病毒均有一定程度的抑制作用,且直接作用(SI=2.5～16)效果优于治疗模式(SI=2.2～5.8);③血凝抑制试验:对不同亚型的人流感病毒血凝素有不同程度抑制作用(低抑制浓度为3.12～25 mg/mL),并且对禽流感病毒(H6N2、H7N3、H9N2)的血凝素也有一定的抑制作用(低抑制浓度25～50 mg/mL),其作用机制可能为抑制流感病毒表面的血凝素(HA),从而阻止病毒感染.
作者：杨子峰；王玉涛；秦笙；招穗珊；赵韵诗；林青；关文达；黄群娣；莫自耀；李楚源；钟南山 刊期： 2011年第03期
1概述肠道病毒71型(Human enterovirus 71,EV71)于1969年首次从美国加利福尼亚患有中枢神经系统疾病的婴儿粪便标本中分离出来[1],之后多次引起的世界性的暴发流行,尤其在欧洲和亚洲国家或地区发病率极高(例如1975年在保加利亚、1978年在匈牙利、1997年在马来西亚、1998年和2008年在中国台湾都引起暴发与流行).该病毒可在恒河猴肾脏细胞(Rhesus monkey kidney cell;RhMK)及人胚二倍体细胞(Human fetal diploid cell)中分离培养.在电子显微镜下观察,这些毒株的形态与已知的其他肠道病毒极为相似,但进行中和抗体试验(Neutralization test)或免疫扩散试验(Immuno diffusion test),发现其彼此间并没有交互作用的现象,
作者：李晶华；方小楠 刊期： 2011年第03期
急、慢性呼吸道感染是常见的人类疾病.据统计,平均每人每年发生呼吸道感染的几率大于30%,在儿童中的发病率和病死率更高.除细菌外,病毒是引起呼吸道感染的重要的病原微生物之一.近年来随着病毒实验室检测技术和分子生物学技术的不断进步,包括人鼻病毒在内的越来越多的致呼吸道感染的病毒被人们所认知.
作者：王焕焕；毛乃颖；王善振；王增贤 刊期： 2011年第03期
在2009～2010年监测年度开展甲型H1N1流感病毒学监测并进行病原学分离鉴定,以及对血凝素基因(HA)和神经氨酸酶基因(NA)特性分析,研究其基因变异情况.采集了17126份发热患者的鼻、咽拭子标本,采用逆转录实时荧光定量RT-PCR(Real-Time RT-PCR)进行核酸检测,其中甲型H1N1流感病毒核酸检测阳性4004份,总阳性率为23.38%.对阳性标本开展病毒分离,并对分离的甲型H1N1流感病毒的HA、NA基因序列进行测序.利用DNAStar软件对序列进行同源性分析发现与WHO推荐的疫苗株相比,山东省甲型H1N1流感流行株HA、NA基因同源性分别为96.9%～99.3%和99.1%～99.6%;利用Mega 4.0软件进行基因进化分析和氨基酸进化分析发现,与WHO推荐的疫苗株相比,山东省甲型H1N1流感流行株有21个血凝素基因的氨基酸发生替换,其中11个氨基酸位点位于抗原决定簇区,一个糖基化位点发生改变;有16个神经氨酸酶基因的氨基酸发生了替换,一个糖基化位点发生改变;未发生神经氨酸酶蛋白275位H→Y的替换.结果显示山东省甲型H1N1流感暴发流行株HA基因和NA基因均具有高度同源性,HA蛋白和NA蛋白均存在不同程度的氨基酸替换,部分流行株抗原决定簇和糖基化位点发生改变,所有病毒均对达菲类药物敏感.
作者：刘倜；林艺；张圣洋；王爽；尹玉岩；李忠；王显军；徐爱强；毕振强 刊期： 2011年第03期
本研究旨在构建由细菌人工染色体(Bacteria artificial chromosome,BAC)携带的单纯疱疹I型病毒质粒及携带绿色荧光蛋白(Green fluorescent protein,GFP)的重组型BAC-HSV-1感染性子代病毒.构建了携带HSV-1同源臂的质粒C223-UL43左臂-UL47右臂.将该质粒线性化后与HSV-1基因组共转染至Vero细胞,通过真核细胞内同源重组产生了含有GFP报告基因的BAC-HSV-1重组病毒,噬斑纯化筛选出阳性重组病毒,并再次感染Vero细胞,Hirt法提取BAC-HSV-1环形基因组并将其电穿孔入DH10B感受态细胞,由PCR和酶切法鉴定BAC-HSV-1质粒.为研究BAC-HSV-1子代病毒的生物学特性,将实验组和对照组细胞分别给予BAC-HSV-1质粒和HSV-1基因组DNA,收取病变细胞的上清液,以MOI=0.1再次感染Vero细胞,半数组织培养感染剂量(50%tis-sue culture infective dose,TCID50)法测定两组的病毒滴度.PCR和酶切法分别鉴定BAC-HSV-1,结果示BAC-HSV-1构建成功.TCID50法测定实验组和对照组病毒滴度,经统计学分析两组病毒滴度间差异无统计学意义(P＞0.05).本研究成功地构建了真核细胞和原核细胞间穿梭的HSV-1-BAC重组病毒/质粒.
作者：刘新静；宋波；卢甲盟；王青志；韩志强；许予明 刊期： 2011年第03期
病毒学报杂志
主管:中国科学技术协会
主办：中国微生物学会
