学术投稿

人类白细胞抗原新等位基因HLA-C*01:78的序列鉴定

王大明;邹红岩;徐筠娉;甄建新;何柳媚;高素青

关键词:人类白细胞抗原, 新等位基因, 克隆, 测序
摘要:目的 对1例人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因进行序列鉴定.方法 采用QIAGEN快速DNA抽提试剂盒从外周血样本中提取基因组DNA,PCR方法扩增先证者HLA-C基因的第1外显子至第3内含子和第3内含子-3'非翻译区,PCR产物克隆转染到质粒载体中获得等位基因的单链,对所得克隆子进行第2、3和4外显子双向测序分析.结果 先证者样本克隆测序得到两个等位基因,其中一个等位基因为C* 03:04;另一个经BLAST验证为新的等位基因,序列已递交GenBank(KF049216).与接近的C*01:03等位基因序列相比,新等位基因在第2外显子上有1个核苷酸不同,第316位C>A,导致第82位氨基酸由精氨酸变为丝氨酸(R82S).结论 该等位基因为HLA-C新等位基因,被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-C* 01:78.先证者的HLA分型结果为A*02:07,24:02; B* 40:01,46:01; C* 01:78,03:04; DQB1* 05:02,05:02; DRB1* 16:02,16:02.
中华医学遗传学杂志相关文献
  • 染色体平衡易位伴不良孕产两家系四例

    家系1 先证者,男,27岁,结婚6年,妻2次妊娠均于60天左右胚胎停止发育.先证者表型、外生殖器发育无异常,精液常规检查正常.夫妻非近亲结婚,否认有遗传病家族史.妻子办公室工作,月经规律,孕期无患病及服药史,无有毒有害物质及放射线接触史;妇科检查、优生四项检查未见异常.细胞遗传学检查:常规外周血淋巴细胞培养,染色体制备,G显带分析.计数30个分裂相,镜下分析7个,先证者核型为46,XY,t(3;21) (3pter→3q21∷21q21→21qter;21pter→21q21∷3q21→3qter) mat,见图1a;其妻染色体核型正常.

    作者:于凤娜;张丽萍;李琳 刊期: 2014年第04期

  • P63及其信号通路在肢体发育过程中的作用

    人类肢体的发育由多个转录因子及信号通路控制,各调控过程精确且复杂.近期研究较多的是转录因子P63及其信号通路.P63是P53家族成员,同P53和P73具有一段相同的氨基酸序列,主要在外胚层和肢体发育中发挥作用,尤其是其DNA连接区区域和羧基末端与肢体的发育关系密切.P63编码基因的突变将产生异常的P63,导致相关的信号通路发生改变,合成数量或结构异常的蛋白,从而引起干细胞生长和分化的改变,终导致肢体畸形的发生.SHH-ZPA、FGFs-AER以及Lmx1B-Wnt7a-En1信号通路分别控制肢体沿3个轴线的生长.每条通路均包含许多信号分子,各信号分子相互拮抗或协同,共同维护肢体发育过程的稳定.相关研究可为预防和治疗肢体的先天畸形提供思路.

    作者:马炜;田文 刊期: 2014年第04期

  • 胎儿性染色体异常伴先天性心脏病一例

    孕妇 24岁,G1P0,因孕21+6周时产前筛查21三体风险值1/27,特行羊水穿刺做产前诊断,羊水染色体核型分析结果为:46,Y,i(X)(q10)(图1).孕妇于2013年4月15日被召回做进一步检查,B超显示孕28+4周时胎儿实际大小为25周.胎心143次/分,胎动可见,四腔心切面室间隔根部连续中断约0.45,三血管切面上腔静脉宽约0.35,主动脉宽约0.70,肺动脉未显示,主、肺动脉共管开口偏于左心室.胎盘附着左后壁,厚度2.86,胎盘成熟度Ⅰ级减,胎盘下缘达宫颈内口.脐带:动脉1、静脉1、彩色多谱勒血流图:胎儿颈部可见脐带W压迹及脐血流回波,频谱多普勒测胎儿脐动脉血流:PI 0.79、RI 0.53、S/D 2.13.超声提示:胎儿心脏发育异常,脐带绕颈两周,单脐动脉,胎儿大小与孕周不符.引产后发现该胎儿外生殖器为女性,有腭裂.

    作者:魏淑彦;李天洁;杨会欣;封纪珍;狄素兰 刊期: 2014年第04期

  • 63例羊水嵌合体的临床分析

    目的 探讨产前诊断中羊水嵌合体形成的机制,为临床正确解释和处理羊水嵌合体提供依据.方法 对因各种产前诊断指征就诊的6530名孕妇,行羊膜腔穿刺术取羊水做染色体检查.为嵌合体的患者穿刺脐血复查染色体,并结合超声检查结果探讨羊水嵌合体形成机制和处理方案.结果 羊水嵌合体检出63例,其中45例为假嵌合体,18例为真嵌合体.16例真嵌合体羊水结果与脐血结果一致,2例真嵌合体两者结果不一致.结论 正确判断羊水核型分析中的真假嵌合体及其风险,对产前诊断和遗传咨询具有重要的意义.

    作者:吴坚柱;林少宾;张志强;陈宝江;方群;陈健生;谢英俊;纪媛君 刊期: 2014年第04期

  • 染色体异常核型五例

    例1 女,32岁.因婚后多年一直未孕前来就诊.平素体健,妇科检查未见异常.夫妻双方家庭无遗传病史,无药物及毒物接触史.细胞遗传学检查:患者外周血染色体核型为46,XX,t(6;8) (6pter→ 6p10∷ 8q10→ 8qter;8pter→ 8p10∷ 6q10→6qter)(图1a).丈夫染色体核型正常.例2 女,22岁,怀孕2次,均在怀孕50~60天自然流产.孕期无病毒感染及毒物接触史.夫妇双方体健.

    作者:丛学文;涂向东;张晓;郑惠心;林娟;连晓惠;钟福春;张敏 刊期: 2014年第04期

  • 河南地区汉族人群原因不明复发性流产与HLA-DRB1等位基因多态性的相关性

    目的 探讨河南地区汉族人群人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA) DRB1区域基因多态性的分布及与原因不明复发性流产(unexplained recurrent spontaneous abortion,URSA)易感性的关系.方法 应用序列特异性引物聚合酶链反应分析200对URSA夫妇(患者组)和200对无不良妊娠史夫妇(对照组)的DRB1基因型.结果 (1)患者组DRB1* 09及DRB1*13等位基因频率显著高于对照组(14.50%vs.9.50%,7.00% vs.4.38%,均P<0.05),DRB1* 04及DRB1*12等位基因频率较对照组显著降低(7.13% vs.10.75%,8.63% vs.14.38%,均P<0.05).(2)患者组中女性DRB1 *09(14.00%)等位基因频率显著高于对照组女性(9.25%)(P=0.036),DRB1* 12(8.50%)等位基因频率较对照组女性显著降低(14.00%)(P=0.014).(3)患者组中男性DRB1* 09及DRB1*13等位基因频率显著高于对照组男性(15.00% vs.9.75%,9.25% vs.4.00%,均P<0.05),DRB1* 04及DRB1* 12等位基因频率较对照组男性显著降低(5.75% vs.12.25%,8.75% vs.14.75%,均P<0.05).结论 河南地区汉族人群中DRB1*09及DRB1*13可能是URSA的易感基因,而DRB1* 04及DRB1* 12可能对URSA的发生有保护作用;但是在患者组女性中,DRB1*13及DRB1* 04位点与URSA的相关性不明显.

    作者:何淼;康冰;廖世秀;杨科;丁雪冰;吴东;郭谦楠;侯巧芳 刊期: 2014年第04期

  • CytoScanTM HD芯片或FISH技术诊断核型分析漏诊的嵌合型9三体

    目的 对2例常规细胞遗传学漏诊的嵌合型9三体进行诊断.方法 应用CytoScanTM HD基因芯片对1例智力低下患儿的外周血基因组进行分析,采用荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)对2例患者的培养前后间期细胞进行9三体检测.结果 例1经单核苷酸多态性微阵列(single nucleotide polymorphism array,SNP array)分析,显示9号染色体拷贝数嵌合性增加.FISH分析例1培养前9三体细胞占40%,培养后9三体细胞占15%;例2脐血细胞培养前9 三体细胞占35%,培养后9三体细胞占10%.结论 SNP-Array芯片可以检测常规细胞遗传学无法检测到的低水平的嵌合体,FISH结合已知的核型分析或芯片分析可以明确诊断嵌合型三体,产前诊断中经典细胞遗传学结合SNP-array或FISH可以鉴别真假嵌合体,可为产前诊断提供更全面准确的遗传咨询.

    作者:罗玉琴;陈松长;李红阁;潘玲;沈敏;金帆;徐晨明 刊期: 2014年第04期

  • 687例男性不育症患者染色体核型分析

    目的 探讨染色体异常及多态变异在广西地区男性不育患者中的遗传效应.方法 应用细胞培养及G显带的方法,对687例男性不育症患者进行染色体核型分析.结果 在687例男性不育症患者中检出51例异常核型,检出率为7.43%.51例异常核型中,数目异常32例(4.66%),结构异常19例(2.77%).同时检出染色体多态变异32例(4.66%),包括异染色质增减11例,9号倒位5例,随体增加5例,着丝粒异染色质增加1例.结论 染色体异常是导致原发不育症、继发不育症、无精症及少弱畸精症等疾病的重要原因.

    作者:欧珊;唐斌;欧惠;杜娟;蒙达华;陈少科;李东明;王立芳;郑陈光 刊期: 2014年第04期

  • 染色体微阵列分析技术分析22例先天性唇腭裂畸形患者

    目的 应用染色体微阵列分析技术(chromosome microarray analysis,CMA)在全基因组水平分析先天性唇腭裂患者的遗传学病因.方法 选取先天性唇腭裂畸形患者22例(单纯性唇裂患者8例,单纯性腭裂患者4例,单纯性唇腭裂患者7例,唇腭裂合并先天性心脏病患者3例),常规G显带染色体核型分析均未发现异常.按照美国Affymetrix公司CytoScanTM HD芯片的标准操作流程对患者外周血DNA分别进行CMA检测,并通过配套的计算机软件及生物信息学分析结果.结果 全部22例患者均存在基因组DNA拷贝数变异(copy number variation,CNV),每例患者基因组含有2~9个100 kb到1.8 Mb不等的CNVs.在5例患者中检出高度可疑的致病性CNVs,占22.7% (5/22).其中,单纯性腭裂患者可疑致病性CNVs的检出率为50%(2/4),单纯性唇腭裂患者检出率为14.3%(1/7),唇腭裂合并先天性心脏病患者检出率为66.7%(2/3).可疑致病性CNVs涉及的染色体片段分别为:8p23.1;10q22.2-q22.3;18q12.3;20p12.1以及6q26.其中,10q22.2-q22.3区域中的MYST4基因,20p12.1区域中的MACROD2基因以及8p23.1区域中的SOX7基因是新发现的先天性唇腭裂可疑致病基因.结论 CMA技术可以显著提高先天性唇腭裂遗传学病因的检出率,并且具有识别新的可疑致病基因的能力.对于常规G显带染色体核型分析未见异常的先天性唇腭裂患者,建议进一步行CMA技术分析.合并有其他先天性结构异常的唇腭裂患者,其基因组发生不平衡变异的风险显著增高.

    作者:雷婷缨;张颖;王洪涛;黎凡;崔颖秋;符芳;李茹;谢闺娥;张永玲 刊期: 2014年第04期

  • 外周血非动员干细胞体外培养分析红系特异性表达血型基因

    目的 通过外周血非动员干细胞液培养获得红系有核细胞,以分析红系特异性表达的血型基因.方法 外周血经离心分离和免疫磁珠分选获得CD34+造血干细胞,体外液体定向培养生成红系有核细胞.分别取不同培养期的细胞进行免疫荧光和染色分析,并取培养+12 d的细胞进行Rh和ABO血型基因RNA转录分析.结果 从约50 mL外周血中分离到CD34+细胞(3.19±0.13)×104个(总回收率为67.3%±2.7%).经红系定向培养,大约+9d时细胞数爆增至平台期(7.57±0.78)×106个,扩增约237.1±15.5倍.在培养过程中,标志细胞干性的CD34抗原逐渐下降,红系特异性标志CD235a和CD240D逐渐上升.培养+12 d细胞提取的RNA,均能扩增出RHD/CE和ABO基因,DNA序列分析表明其基因型符合血清学表型.结论 建立了一种源于外周血非动员干细胞体外培养分析红系血型基因表达情况的方法,该技术可用于各种红系特异性表达基因的研究.

    作者:许先国;刘瑛;应燕玲;洪小珍;马开荣;蓝小飞;陈舒;何吉;朱发明 刊期: 2014年第04期

  • 46,XY,t(11;12)伴自然流产一例

    患者 男,31岁,婚后妻子怀孕2次,第1次于孕50余天阴道流血,B超示胚胎停止发育,手术流产.间隔1年余,第2次怀孕40余天自然流产.夫妇体健,非近亲结婚.细胞遗传学检查:抽取患者夫妇静脉血2 mL,肝素抗凝,37℃行细胞培养72 h,常规制片,G显带,显微镜下计数20个分裂相,分析5个分裂相,患者核型为46,XY,t(11;12)(q13;q22)(1 1pter→1 1q13∷ 12q22→12qter;12pter→12q22∷11q13→11qter),见图1;其妻染色体核型为46,XX,未见染色体异常.

    作者:于丽霞;蓝信强 刊期: 2014年第04期

  • 染色体复杂平衡易位一例

    患者 女,34岁,已婚,表型及智力正常.结婚7年间胚胎停育流产7次,平均每次妊娠2月左右胚胎即停止发育.本次妊娠至38+4周,超声检查提示胎儿心脏发育异常,单心房,单心室、二尖瓣闭锁,大动脉转位,肺动脉压力增高.非近亲结婚,孕期否认有害物质及放射线接触史.遂进行脐静脉穿刺行胎儿染色体检查.考虑患者有多次不良妊娠史,同时对夫妇双方进行外周血染色体检查.

    作者:李付广;郭晓燕;谭卫荷;汤素环;唐江;汤巧敏;张丹 刊期: 2014年第04期

  • 46,XX,t(15;20)两例

    孕妇 女,33岁,孕4产1,2次不明原因流产,已生育一名表型及智力正常女孩.此次妊娠18周时进行产前筛查,提示21三体高风险(1/55),在我院行羊水穿刺术抽取羊水20 mL进行产前诊断的羊水细胞培养.细胞遗传学检查:胎儿染色体核型为46,XX,t(15;20)(15pter→15q21.2∷ 20q13.3→20qter;20pter→20q13.3∷15q21.2→15qter),见图1,孕妇核型与胎儿相同.孕妇既往体健,表型及智力均正常.丈夫及女儿核型正常.

    作者:周艳彬;张健 刊期: 2014年第04期

  • 一例肢带型肌营养不良2G亚型患者的临床、病理及基因分析

    目的 探讨1例肢带型肌营养不良2G亚型(limb-girdle muscular dystrophy type 2G,LGMD 2G)患者的临床、病理特点及基因突变情况.方法 对1例LGMD 2G患者进行临床资料收集及骨骼肌病理检查,PCR扩增患者TCAP基因的全部外显子,通过直接测序检测突变情况,并结合文献进行总结.结果 该患者临床表现符合肢带型肌营养不良,骨骼肌病理可见镶边空泡肌纤维,基因检测发现LGMD 2G致病基因TCAP基因存在复合杂合突变(c.100delC,c.166insG).结论 LGMD 2G的诊断需综合患者临床、病理分析,但终确诊需结合基因诊断.

    作者:汪伟;郝莹;汪仁斌;金淼;焦劲松 刊期: 2014年第04期

  • CMA1基因标签单核苷酸多态与云南彝族原发性高血压的关联研究

    目的 探讨糜蛋白酶(chymase,CMA1)基因标签单核苷酸多态(tag single nucleotide polymorphism,tag SNPs)与云南彝族原发性高血压的关系.方法 采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性方法,对303例高血压患者和312名对照个体进行4个tag SNPs(rs1956921、rs1800876、rs5244和rs1885108)位点的多态性检测.结果 (1) CMA1基因4个tag SNPs位点等位基因和基因型在高血压组和对照组间的频率分布差异无统计学意义(P>0.05).(2)高血压组男性rs1956921C等位基因的频率显著高于对照组男性(P=0.009).(3)由rs1956921和rs5244构建的单倍型C-T在高血压组男性中的频率显著高于对照组男性(P=0.009).结论 云南彝族人群中,rs1956921C等位基因以及由rs1956921和rs5244两个位点构建的单倍型C-T可能是男性原发性高血压发生的危险因子.

    作者:吴艳瑞;李茜;杨科;肖春杰 刊期: 2014年第04期

  • 眼皮肤白化病Ⅱ型产前基因诊断二例

    目的 对生育过眼皮肤白化病(oculocutaneous albinism,OCA)患儿的2个家系进行基因诊断分型,并在此基础上提供产前基因诊断.方法 采用PCR扩增先证者OCA1型疾病相关TYR基因的所有5个编码外显子和OCA2型疾病相关P基因的所有23个编码外显子,PCR产物直接测序,在确定致病突变的基础上对家系成员进行综合分析.结果 两例OCA先证者均未检测到TYR基因的致病突变,但均携带P基因的复合杂合突变,因此确定2例均为OCA2型患者.P基因共检测到4种突变:c.406C>T、c.535A>G、c.808-2A>G和c.2180T>C,其中c.535A>G和c.808-2A>G为新突变.2个家系的第1次产前诊断均提示胎儿基因型与先证者一致,家属选择终止妊娠.第2次产前基因诊断,2个家系中1例胎儿为P基因c.808-2A>G携带者,另1例为P基因野生型携带者.两名孕妇均继续妊娠至足月分娩,新生儿随访均正常.结论 应用基因检测可为眼皮肤白化病患者提供确切的临床分型,并在此基础上提供有效的产前基因诊断.

    作者:胡浩;王华;贾政军;谢琼 刊期: 2014年第04期

  • 新等位基因HLA-B*37:04:02的序列分析

    目的 确定1名中国人的HLA新等位基因.方法 应用聚合酶链反应序列特异性寡核苷酸探针(polymerase chain reaction sequence specific oligonucleotide probes,PCR-SSOP)基因分型技术和基于测序的分型方法(sequencing-based typing,SBT)对1名中华骨髓库辽宁分库志愿捐献者的HLA基因进行分型,通过软件分析该基因序列及与相近等位基因序列的差异.结果 PCR-SSOP结果显示,该个体HLA-B基因座反应格局出现异常;测序结果表明其B基因座第3外显子序列与所有已知HLA-B等位基因序列均不一致,与序列相近的等位基因B*37:04:01在所检测的第2和3外显子中的差异只是在第3外显子发生了nt 618 G>A 1个核苷酸替代,导致相应的第206位密码子由GCG>GCA,但第206位编码的丙氨酸并未改变.结论 该基因为HLA-B新等位基因,被世界卫生组织HLA因子专用术语命名委员会正式命名为HLA-B* 37:04:02 (GU391034).

    作者:李晓丰;章旭;张坤莲;林凤秋;李剑平 刊期: 2014年第04期

  • 我国产前染色体核型分析的室间质评调查结果分析

    目的 分析2013年全国产前染色体核型分析的室间质评调查的结果,为提高胎儿细胞染色体核型分析水平提供有价值的参考.方法 向全国500家产前筛查实验室发放5个批号的质控细胞图片.自愿参加此次调查的实验室根据图片判断染色体是否异常、是何种类型的异常核型,并按照规定格式上报结果.组织者将参评实验室回报的核型结果直接与标准核型结果进行对照,作出对实验室检测水平的评价.结果 有143家实验室回报了核型结果,组织者将各参评实验室回报的结果与标准核型结果47,XX,+18、46,X,i(X) (q10)、46,XY,i(21)(q10)或46,XY,+21,der(21;21)(q10;q10)、46,XY和47,XY,+21进行对照及综合判断.每个批号的正确率分别为97.9%、97.2%、95.8%、100.0%和97.9%,总体正确率为97.7%;错误率分别为2.1%、2.8%、4.2%、0和2.1%,总体错误率为2.3%.结论 本次调查的染色体核型分析中,部分批号存在着一定的误诊率,需要定期开展室间质量评价,以提高实验室染色体病产前诊断的水平.

    作者:王薇;陈园园;陈希;钟堃;何法霖;张妍;包黎明;邹琳;王治国 刊期: 2014年第04期

  • 染色体平衡易位五例

    例1 男,28岁.因其妻顺产一女后连续4次自然流产而就诊.夫妻双方表型、智力均正常,非近亲婚配.细胞遗传学检查:患者染色体核型为46,XY,t(8;18)(8qter→ 8p21∷18q11→18qter;18pter→8q11∷18p21→8pter)(图1).家系调查:例1祖父母表型及智力均正常.共生育4胎,例1父母婚后共妊娠6次,其中流产1次,死胎分娩1次,现有两儿两女.例1大姐婚后生育一女,表型及智力正常.例1妹妹已婚,足月分娩一死胎.另有一弟未婚,该家系3代中共发生自然流产5次,死胎2次,3例新生儿死亡、死因不详.家系中祖母及大姐拒绝染色体检查,例1父亲、妹妹、弟弟及女儿有与例1相同的异常染色体(图2).其妻染色体核型正常.

    作者:张万兴;李玲;王欢;肖婕;罗文华 刊期: 2014年第04期

  • 单体核型急性髓细胞白血病的临床和细胞遗传学特征

    目的 探讨单体核型急性髓细胞白血病(monosomal karyotype acute myeloid leukemia,MK-AML)患者的临床和细胞遗传学特征.方法 对3743例初发AML患者的染色体核型进行分析,将发现的153例MK-AML患者的年龄、性别、FAB分型、外周血象、白血病免疫分型和核型进行归纳分析.结果 3743例确诊的初发AML患者中存在染色体核型异常的病例总计2056例,其中153例为MK-AML,占该组AML的4.1%(153/3743).男性病例多见(93例),中位年龄54岁.中位白细胞计数为4.4×109/L.其中同时符合复杂染色体核型诊断标准的病例为145例,占94.8%(145/153).1~22号染色单体都被检测到,所有单体中-7多,共59例,占38.56%(59/153).结论 MK-AML是AML患者中一类独特的细胞遗传学亚型,以7号染色体单体为多见,在中老年AML患者中多见.

    作者:程枫;马晓霖;潘金兰;吴亚芳;张俊;薛永权;王琴荣;姚红;文丽君 刊期: 2014年第04期

中华医学遗传学杂志

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主管:中国科学技术协会

主办:中华医学会