学术投稿

抑制性消减杂交技术及其在细菌研究中的应用

夏永祥;汤巧

关键词:抑制性消减杂交, 差异基因, 细菌
摘要:近年来,随着PCR技术的出现.涌现了许多基于PCR的分离有差别表达基因的新方法.较常用的有:差异显示PCR(differential display PCR,DDRT-PCR),代表性差异分析PCR(representational difference analysis PCR,RDA-PCR),抑制性消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH),互补脱氧核酸扩增片段长度多态性技术(DNA amplified fragmentlength polymorphism,cDNA-AFLP),限制性酶切片段差异显示(restriction fragment differential display PCR,RFDD-PCR).
临床检验杂志相关文献
  • 荧光定量PCR法检测烟曲霉DNA

    目的 建立检测烟曲霉DNA的荧光定量PCR方法,评价其在小鼠侵袭性烟曲霉肺部感染诊断中的意义.方法 根据烟曲霉ITSI区域基因组序列,设计合成引物和荧光标记探针,优化荧光定量PCR条件,从特异性、扩增效率、灵敏度及重复性方面进行评价.建立小鼠烟曲霉肺部感染模型,用荧光定量PCR对36只实验小鼠肺组织及支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid,BALF)进行检测.结果 本研究设计的引物和探针特异性扩增烟曲霉DNA,低检出量为每毫升10<'2>个烟曲霉孢子,在10<'3>~10<'7>拷贝数(Cp)内具有良好的线性关系(R<'2>=0.999).在0.5×10<'3>Cp/mL与0.5×10<'5>Cp/mL两个浓度时,批内变异系数为0.39%、0.53%,批间变异系数为2.22%、4.58%.结果 成功建立了荧光定量PCR检测烟曲霉DNA方法,该法特异性强、灵敏度高、重复性好,将有助于烟曲霉感染的早期诊断和针对性治疗.

    作者:毛璞;余志辉;黄红川;杨淳;黎毅敏 刊期: 2011年第03期

  • 兴化地区献血者ALT的初筛分析

    2009年5~10月,我们在献血前对献血者进行了ALT初筛,结果血液报废率明显下降,现报告如下.1材料与方法1.1对象本地区2007年自愿无偿献血者5 399人次,不合格献血者231人次;2008年自愿无偿献血者6 060人次,不合格献血者295人次;2009年自愿无偿献血者6 113人次,不合格献血者169人次.2007、2008年5~10月未在献血前对献血者进行ALT初筛,而2009年同期对献血者进行ALT初筛.

    作者:周松伟;李杰;周亮 刊期: 2011年第03期

  • 脑脊液tau蛋白预测阿尔茨海默病的Meta分析

    目的 评价脑脊液(CSF)总tau蛋白(t-tau)和磷酸化tau蛋白(P-tau)浓度预测阿尔茨海默病(Alzheimer'S disease,AD)的有效性和准确性.方法 全面检索tau蛋白浓度预测轻度认知功能障碍(mild cognitive impairment,MCI)转化为AD的诊断性试验文献,评价纳入文献的质量,用Review Manager 5.1和Meta Disk 1.4软件进行Meta分析,计算合并效应量.结果 共纳入15项研究,MCI进展为AD的t-tau基线浓度(pg/mL)高于对照组[加权均数差(WMD):320.7;95%CI:274.2~367.3],p-tau基线浓度(pg/mL)亦高于时照组(WMD:32.8;95%CI:29.5~36.0).t-tau预测AD的诊断优势比(diagnostic odds ration,DOR)为14.1(95%CI:8.2~24.4);p-tau的DOR为22.4(95%CI:10.4~48.3).结果 CSF中tau蛋白可作为预测AD发生的重要指标.

    作者:耿劲松;董建成;倪衡建;施李丽;吴辉群;蒋葵 刊期: 2011年第03期

  • 新生儿血培养阳性的耐甲氧西林葡萄球菌快速鉴定

    新生儿败血症主要病原菌为葡萄球菌,其中耐甲氧西林葡萄球菌(MRS)对临床常用青霉素类和头孢类抗生素耐药,对其快速鉴定有助于合理选择治疗药物.本文介绍直接用新生儿血培养阳性培养瓶中的上层液体做头孢西丁纸片扩散法鉴定MRS的方法.

    作者:黄金伟;陈丽珠;丁文杰;李永昕;吴日荷;黄建胜;李国雄 刊期: 2011年第03期

  • 自乳腺脓液中分离出伴放线凝聚杆菌1例

    伴放线凝聚杆菌旧称伴放线放线杆菌(Actinobacillus ac-tinomycetemcomitans),现已划分到凝聚杆菌属.本菌为人类口腔正常菌群,主要引起心内膜炎、心瓣膜损害,引起乳腺感染少见.

    作者:刘晓富;朱亚宝 刊期: 2011年第03期

  • 急性肺损伤患者凝血及纤溶相关指标的临床意义

    目的 了解急性肺损伤(acute lung injury,ALI)患者早期的凝血、纤溶相关指标的变化规律,评价并筛选具有临床指导价值的指标.方法 测定ALI组与健康人对照组、ALI存活亚组和病死亚组患者血浆中凝血酶原时间(PT)、活化部分凝血活酶时间(APTT)、凝血酶时间(TT)、抗凝血酶活性(AT:A)、纤维蛋白原(Fib)、D-二聚体(D-D)、组织型纤溶酶原激活物(t-PA)、纤溶酶原激活物抑制剂(PAI-1)等凝血、纤溶相关指标,比较组间各指标的差异.分析凝血、纤溶相关指标与急性生理和慢性健康评分Ⅱ(APACHEⅡ)的相关性.结果 ALI组血浆PT、APTT、TT及AT:A分别为(10.6±3.8)s、(25.2±5.3)s、(10.2±3.3)s、(45±13.1)%,低于健康对照组(13.3±2.6)s、(34.5±6.2)s、(14.3±4.1)s、(95±19.2)%(P分别<0.05、0.01、0.05、0.01).AU组PAI-1、t-PA分别为(93.56±36.82)、(20.63±5.21)ng/mL高于健康人对照组(36.49±8.79)、(2.32±3.33)ng/mL(P均<0.01).存活亚组与死亡亚组D-D、PAI-1、t-PA、AT:A均有显著性差异.PAI-1、t-PA与APACHEⅡ评分呈正相关(r分别为0.672、0.653;P均<0.01);AT:A与APACHEⅡ评分呈负相关(r=-0.717,P<0.01).结果 PT、APTT、TT、AT:A、PAI-1、t-PA在ALI的发病过程中起重要作用,可作为早期诊断及指导治疗的辅助指标;AT:A、PAI-1、t-PA是评估病情严重程度的监测指标;在ALI发病早期D-D、PAI-1及t-PA升高,AT:A降低,是预后不良的预测指标.

    作者:邰文琳;杨红英;秦燕春;瞿晓媛;徐益恒;王殿华 刊期: 2011年第03期

  • 人血清apo M的ELISA检测方法评价

    目的 建立并评价检测人血清载脂蛋白M(apo M)浓度的双抗体夹心ELISA法.方法 用抗apo M单克隆抗体作包被抗体,辣根过氧化物酶(HRP)标记的抗apo M单克隆抗体作酶标记抗体,建立检测apo M的双抗体夹心ELISA法.检测483例体检健康者的血清apo M浓度,建立本实验室的参考值.结果 线性范围为31.3~500 ng/mL,低检测限为23.9 ng/mL;脂蛋白(a)、apo A1和apo B对apo M检测结果 干扰作用小;批内、批间变异系数(CV)均<10%;参考值为(22.1±12.1)μg/mL.结果 建立检测人血清apo M浓度的双抗体夹心ELISA法,为研究apo M的生理功能及其在脂质代谢中的作用提供了一种新的研究工具.

    作者:黎照环;胡敏 刊期: 2011年第03期

  • 红细胞嵌合体定量检测及在异基因造血干细胞移植中的应用

    目的 建立流式细胞术(FCM)定量检测不同ABO抗原红细胞嵌合体方法,探讨其在异基因造血干细胞移植(allo-HSCT)中的应用.方法 选取标准 A、B和O型RBC在体外按不同的比例两两混合(嵌合体),采用FCM对5例allo-HSCT患者于术前及术后7、15、30、45、60和90 d体内RBC的嵌合体进行相对计数,计算其供体细胞的嵌合率.结果 体外混合的RBC嵌合体FCM测定值与理论值无显著性差异(P>0.05).5例患者移植后7 d均能检测到供体细胞,其中3例患者移植后90 d达到完全嵌合状态(FDC),1例患者移植后30 d,供体细胞的嵌合率为8.9%,移植后40 d疾病复发而死亡,另1例患者供体细胞的嵌合率由移植后60 d的86.5%下降至90 d的23.7%,死于严重感染.结果 FCM能定量检测不同ABO抗原的RBC嵌合体,可应用于临床allo-HSCT后RBC嵌合体的动态监测.

    作者:翟菊萍;顾国浩;王雪明;蒋敏;周毓菁;彭群新;虞秀兰 刊期: 2011年第03期

  • 1例1q25.1-q31.3缺失智力低下患儿的分子细胞遗传学诊断

    目的 检测1例不明原因智力低下(mental retardation,MR)患儿的基因组不平衡,寻找其致病原因.方法 经常规G显带核型分析,发现患儿核型为46,XX,del(1)(q25-q31)后运用微阵列比较基因组杂交(array-based comparative genomic hy-bridyzation,array-CGH)技术对患儿进行全基因组高分辨率扫描,对缺失区域的位置和大小作精确分析.结果 array-CGH结果 证实了患儿基因组存在一个病理性的拷贝数变异:del(1)(q25.1-q31.3)(172 832 580-193 394 460,~20.561Mb).结果 del(1)(q25.1-q31.3)是此患儿真正的致病原因;array-cGH技术具有高分辨率、高准确性等优点,有利于基因组异常的检测和临床遗传咨询.

    作者:王艳;胡平;季修庆;林颖;李璃;张菁菁;周小燕;成建;马定远;曾荔;许争峰 刊期: 2011年第03期

  • 人Nanog基因重组腺病毒载体的构建及其在人脐带间充质干细胞中的表达

    目的 构建重组人Nanog基因腺病毒栽体(Ad-Nanog),转染人脐带间充质干细胞(hucMSCs),用于后续研究.方法 设计含有Kpn Ⅰ及Xho Ⅰ酶切位点的引物,PCR扩增Nanog基因,将扩增产物亚克隆到pAdTrack-CMV穿梭质粒上,经双酶切和基因测序鉴定,重组穿梭质粒经Pine Ⅰ线性化后,在含有腺病毒骨架质粒pAdEasy-1的BJ5183中同源重组,筛选获得Ad-Nanog重组腺病毒质粒.经Pac Ⅰ酶切线性化,脂质体转染293A细胞,包装和扩增病毒,并感染hucMSCs.结果 重组腺病毒质粒经PCR和双酶切鉴定正确,测序结果 和设计片段的序列一致.荧光显微镜下观察在感染的hucMSCs中绿色荧光蛋白高效表达.结果 成功构建了Nanog腺病毒表达栽体,能高效转染hucMSCs,可用于后续转基因的研究.

    作者:孙靖;徐哲;钱茜;严家来;陈圆;张徐;高硕;钱晖;许文荣 刊期: 2011年第03期

  • 抑制性消减杂交技术及其在细菌研究中的应用

    近年来,随着PCR技术的出现.涌现了许多基于PCR的分离有差别表达基因的新方法.较常用的有:差异显示PCR(differential display PCR,DDRT-PCR),代表性差异分析PCR(representational difference analysis PCR,RDA-PCR),抑制性消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH),互补脱氧核酸扩增片段长度多态性技术(DNA amplified fragmentlength polymorphism,cDNA-AFLP),限制性酶切片段差异显示(restriction fragment differential display PCR,RFDD-PCR).

    作者:夏永祥;汤巧 刊期: 2011年第03期

  • 术前Cyfra21-1水平用于早期非小细胞肺癌患者预后评估

    目的 探讨术前血清细胞角蛋白片段19(Cyfra21-1)水平对临床I期非小细胞肺癌(NSCLC)患者预后评估的价值.方法 253例临床I期的NSCLC患者,肺癌完全切除后将切除标本的病理检查和术后临床观察与术前的血清Cyfra21-1水平进行相关分析.结果 69例(27.3%)NSCLC患者Cyfra21-1水平异常增高(≥3.3 ng/mL).Cyfra21-1正常组和增高组的5年生存率分别为91.3%和17.4%.Cyfra21-1增高组患者的预后明显不良(P<0.01).在单因素分析中,术前Cyfra21-1水平、肿瘤的T、N分期和病理分期等与预后均有明显的相关性.而多因素分析显示,Cyfra21-1水平可作为一个独立的预后判断因素[相对危险度(RR)=15.04,P<0.01].结果 Cyfra21-1水平是临床I期NSCLC患者预后不良的一个独立判断指标.早期NSCLC患者术前Cyfra21-1水平增高可能预示早期死亡的风险增高.

    作者:王火强;郑金旭;李梅 刊期: 2011年第03期

  • CLSI新、旧判读标准对产ESBLs菌株药敏结果的影响

    CLSI M100-S20(2010年)[1]将产ESBLs菌株对头孢噻肟、头孢曲松、头孢他啶、头孢唑肟和氨曲南的药敏折点和报告规则作了重大修订.本文回顾性分析了新、旧两种判读标准对我院分离的862株产ESBLs大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌和奇异变形杆菌药敏结果的影响,现报告如下.

    作者:公衍文;李继霞;王燕;薛炼;胡成进 刊期: 2011年第03期

  • 新生儿科分离的产ESBL肺炎克雷伯菌基因分型研究

    肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)是新生儿科重症监护室(NICU)院内感染的主要菌株之一.我们对南昌大学第一附属医院新生儿科重症监护室2009年11月至2010年2月分离的47株产超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)肺炎克雷伯菌进行ESBL基因分型研究,现报道如下.

    作者:王健;陈开森;胡意;廖晚珍;余阳;傅颖媛 刊期: 2011年第03期

  • 有Duchenne肌营养不良家族史孕妇的产前基因诊断

    目的 对有Duchenne肌营养不良(Duchenne muscular dystrophy,DMD)家族史的孕妇进行产前诊断研究.方法 PCR检测胎儿的性别决定基因(SRY)和DMD基因常见缺失的18个外显子,同时用DMD基因的6个(CA)n重复序列STR位点进行连锁分析,对31例有DMD家族史的孕妇进行产前诊断;随访健康胎儿出生后的发育情况,评估产前诊断方法 的可靠性.结果 32例胎儿(1例双胎)中,18例女性胎儿中有6例为DMD基因携带者;14例男性胎儿中4例为DMD患儿.结果 对DMD高风险胎儿进行SRY基因检测,联合应用DMD基因的18个外显子检测和连锁分析能够准确、有效地产前诊断DMD.

    作者:贺静;朱宝生;苏洁;唐新华;梁锐;章印红;朱姝;章锦曼;余蕊;李秀玲 刊期: 2011年第03期

  • 河南省结核分枝杆菌基因分型与耐药性分析

    目的 研究河南省结核分枝杆菌基因型别与耐药性和地区分布关系.方法 用间隔区寡核苷酸序列(spoligotyping)基因分型技术对344株结核分枝杆菌进行分型.结果 344株结核分枝杆菌分为4个基因群[Beijing和Beijing近似群(简称北京群)、T群、MRnu2群、S和LAM3群],共24个基因型,北京基因型有299株,占87.7%,但北京型与非北京型之间耐多药(MDR)株所占比例差异无统计学意义(X<'2>=1.46,P>0.05);北京基因型在≤60岁感染者中分离率占83.6%;除个别地区外,不同地区间的分布无显著性差异.结果 河南省结核分枝杆菌以北京基因型为主要流行型,与MDR和任意耐药无相关性,以≤60岁感染者居多,嵩县分离率略低.

    作者:赵玉玲;赵东阳;李辉;杨洪毅;马晓光;赵国强 刊期: 2011年第03期

  • 激活素A检测在慢性肝病诊断中的意义

    激活素(activin)是参与肝纤维化形成的细胞因子,其中以激活素A(activin A)为重要….我们通过检测105例慢性乙肝患者血清activin A水平,并与肝组织病理改变相对照,进一步探讨activin A在慢性肝病肝纤维化诊断中的作用.

    作者:杨清;张晓娜;王胜;韩树海 刊期: 2011年第03期

  • 精子形态分析室内质控品的制备及评估

    我们参照第4版[1](以下简称WHO手册)的标准和室内质控管理的相关要求,制备精子质控品并进行为期7个月(4~10月)的精子形态学观察,现报告如下.

    作者:徐威香;朱卫中;吴小妹;叶明建 刊期: 2011年第03期

  • 鲍曼不动杆菌临床分离株对喹诺酮类耐药表型和质粒耐药基因研究

    目的 调查临床分离的鲍曼不动杆菌的分布和耐药性,了解鲍曼不动杆菌质粒对喹诺酮类抗菌药物的常见耐药基因和分子机制,为临床抗感染治疗提供依据.方法 用Vitek系统鉴定细菌,用M-H琼脂稀释法药物敏感试验测定菌株对左氧氟沙星、环丙沙星和加替沙星3种喹诺酮类药物的MIC,PCR扩增质粒上的qnrA、B、C、D、S,氨基糖苷类修饰酶基因aac(6')-Ib及外排泵qepA基因,选取部分PCR扩增产物进行测序分析.结果 鲍曼不动杆菌对环丙沙星、左氧氟沙星和加替沙星的耐药率分别为78.3%、58.3%和40.0%.PCR扩增结果 显示,aac(6')-Ib阳性率达29.2%(35/120),测序发现aac(6')-Ib基因编码的氨基酸密码子不存在点突变,未检出新氨基糖苷类修饰酶aac(6')-Ib-Cr基因;未检测出质粒上的qnrA、B、C、D、S及外排泵qepA基因产物.结果 鲍曼不动杆菌对喹诺酮类药物耐药情况严重,耐药机制与aac(6')-Ib-Cr亚型无关,也没有质粒上的qnrA、B、C、D、S和外排泵qepA基因的因素.

    作者:袁星;沈继录;徐元宏;熊自忠 刊期: 2011年第03期

  • 临床分离棒状杆菌对常用抗菌药物的敏感性分析

    目的 研究棒状杆菌的药敏试验方法,了解临床标本中分离的棒状杆菌对常用抗菌药物的敏感性.方法 以微量肉汤稀释法测定12种抗生素的低抑菌浓度(MIC),用SENSITITRE<'R> CMP2IHM微量肉汤药敏板进行质控对照.结果 184株棒状杆菌对青霉素、头孢噻肟、红霉素、环丙沙星、四环素、多西环素、克林霉素的耐药率超过50%.超过50%的菌株对亚胺培南、庆大霉素和利福平敏感,未发现对万古霉素和利奈唑胺耐药.结果 用微量肉汤稀释法检测临床分离棒状杆菌的MIC值,用CLSI M45-A判断标准判读结果,可为临床提供准确的敏感或耐药结果.棒状杆菌对多种抗菌药物的敏感性降低,多重耐药株在增加.

    作者:陈东科;许宏涛;艾晓曼;胡云建 刊期: 2011年第03期

临床检验杂志

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主办:江苏省医学会