学术投稿

伤寒沙门菌基因组DNA芯片基因表达谱分析技术的建立与优化

生秀梅;黄新祥;徐顺高;张海方;许化溪

关键词:伤寒沙门菌, 基因组, DNA芯片, 基因表达谱
摘要:目的: 建立和优化基于伤寒沙门菌全基因组DNA芯片的基因表达谱分析技术.方法: 提取伤寒沙门菌野生z66阳性菌株总RNA,以6,9核苷酸随机引物(N6、N9)和(或)基因组特异引物(GDP)反转录合成cDNA,用荧光素Cy5或Cy3直接掺入标记后,与包括伤寒沙门菌4201个蛋白编码基因的伤寒沙门菌全基因组芯片杂交,用芯片扫描仪扫描后获得表达谱分析结果,经过数据标准化处理后进行分析.结果: 采用N9+GDP混合引物,直接掺入法标记时,既能获得较好标记效果,又能节约试剂成本,同时可减少繁琐步骤所引起的不必要失误.结论: 建立的基于伤寒沙门菌基因组DNA芯片的基因表达谱分析技术,为细菌的基因表达调控及功能基因组学研究提供了平台.
江苏大学学报(医学版)杂志相关文献
  • 切割穹隆海马伞后大鼠海马中83 ku差异蛋白的质谱分析

    目的: 探讨切割穹隆海马伞海马中具有诱导神经干细胞向神经元分化生物活性的83 ku差异蛋白的组成成分及其功能. 方法: 切割SD大鼠穹隆海马伞后14 d海马进行非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(Native PAGE),应用电喷雾质谱分析、蛋白质数据库和文献分析等方法对83 ku差异蛋白进行检测和功能分析. 结果: 质谱分析找到了17组肽段,这些蛋白按照其功能可以分为:细胞骨架蛋白、参与代谢的酶、信号传递、蛋白降解、氧化应激、神经递质运输、突触形成、功能未知蛋白.结论: 切割穹隆海马伞海马83 ku差异蛋白可以通过参与Rho信号通路,调控神经干细胞向神经元分化.

    作者:朱蕙霞;秦建兵;金国华;田美玲;张新化;黄镇 刊期: 2009年第04期

  • 丙戊酸钠个体化治疗小儿癫痫的临床研究

    癫痫是小儿时期较为常见的中枢神经系统疾病,其个体化治疗问题一直是困扰临床医师的难题.在开展血药浓度检测之前,临床用药常是经验性、程序化的,无法正确评价药物作用,剂量过高则引起毒性反应.丙戊酸钠(sodium valproate,VAP)是广谱抗癫痫药,对各型癫痫均有疗效.本研究通过对126例癫痫患儿治疗过程中丙戊酸钠血药浓度的检测,探讨不同体质量的癫痫患儿个体化治疗问题.

    作者:姚炳华;张春红;戴爱所;陈杰斌;许万宏 刊期: 2009年第04期

  • 伤寒沙门菌基因组DNA芯片基因表达谱分析技术的建立与优化

    目的: 建立和优化基于伤寒沙门菌全基因组DNA芯片的基因表达谱分析技术.方法: 提取伤寒沙门菌野生z66阳性菌株总RNA,以6,9核苷酸随机引物(N6、N9)和(或)基因组特异引物(GDP)反转录合成cDNA,用荧光素Cy5或Cy3直接掺入标记后,与包括伤寒沙门菌4201个蛋白编码基因的伤寒沙门菌全基因组芯片杂交,用芯片扫描仪扫描后获得表达谱分析结果,经过数据标准化处理后进行分析.结果: 采用N9+GDP混合引物,直接掺入法标记时,既能获得较好标记效果,又能节约试剂成本,同时可减少繁琐步骤所引起的不必要失误.结论: 建立的基于伤寒沙门菌基因组DNA芯片的基因表达谱分析技术,为细菌的基因表达调控及功能基因组学研究提供了平台.

    作者:生秀梅;黄新祥;徐顺高;张海方;许化溪 刊期: 2009年第04期

  • 一种新的2型糖尿病易感基因:TCF7L2

    20世纪90年代,采用定位克隆策略发现了一些符合孟德尔遗传模式的糖尿病:如MODY(年轻人中的成人发病型糖尿病).但2型糖尿病属于复杂的多基因遗传病,基因突变、环境因素、个体易感性这三者共同作用终导致了疾病的发生,其中单个基因的突变只对疾病的发生起很小的作用.

    作者:马聪;盛宏光 刊期: 2009年第04期

  • 原核表达的含PTD-eGFP不同分子质量融合蛋白穿膜能力的比较

    目的: 评价HIV-1 TAT蛋白转导结构域(PTD)携带的不同分子质量融合蛋白的穿细胞膜能力.方法: 诱导表达、纯化含PTD-eGFP的不同分子质量的融合蛋白,与细胞共育后,通过流式细胞术、激光共聚焦评价融合蛋白穿膜能力.结果: 诱导表达、纯化获得3种含PTD-eGFP的不同分子质量的融合蛋白.流式细胞术和激光共聚焦方法分析发现3种融合蛋白均具有高效穿膜能力.结论: PTD介导融合蛋白的穿膜能力与分子质量无直接关系.

    作者:田雨香;许逊;蔺昕;陈勋;宗扬勇;招倩倩;季宝菊;王胜军;许化溪;邵启祥 刊期: 2009年第04期

  • 霍乱弧菌致病因子诱导人肠上皮细胞炎症反应的实验研究

    目的: 鉴定诱导人肠上皮细胞炎性反应的霍乱弧菌分泌产物.方法: 野生型霍乱弧菌O1株C6706及其变异株培养上清刺激极化的人单层肠上皮T84细胞体外模型上层腔面,分析细胞受刺激后通透性和细胞活性以及白细胞介素-8(IL-8)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)基因表达改变;分析上清中霍乱弧菌蛋白酶(Vibrio cholerae protease,PrtV)和霍乱弧菌溶细胞素(Vibrio cholera cytolysin,VCC)含量以及溶血能力.结果: PrtV缺失株培养上清可引起T84细胞层的炎性反应,表现为通透性增加和IL-8,TNF-α基因表达增加.肠上皮细胞炎性反应及红细胞溶血反应与VCC活性有关.结论: VCC是霍乱弧菌引起人肠上皮细胞炎性反应的主要因素,PrtV通过降解VCC而降低对肠上皮细胞的炎性反应.

    作者:欧刚卫 刊期: 2009年第04期

  • 人肝细胞生长因子基因修饰的大鼠骨髓间充质干细胞的实验研究

    目的: 构建含人肝细胞生长因子(hHGF)基因的骨髓间充质干细胞(MSCs),获得高表达hHGF的MSCs.方法: 构建含hHGF基因的腺病毒表达载体pDC316-HGF-IRES-EGFP.同源重组法获得含hHGF的重组腺病毒Ad-HGF.以仅表达GFP基因的重组腺病毒Ad-GFP为对照,体外分别以Ad-GFP, Ad-HGF感染MSCs.荧光激活细胞分选术检测受染细胞的基因表达效率.酶联免疫吸附测定法检测转导细胞培养上清中hHGF表达的浓度和持续时间.结果: 腺病毒表达载体经限制性内切酶切后有2.2 kb的hHGF目的基因片段和5.2 kb的线性化载体片段;目的片段测序结果与基因库中hHGF cDNA序列一致.病毒液Ad-HGF纯化后滴度可以达到8.02×1010 pfu/ml.FACS检测HGF/MSCs的GFP阳性率达95.19%.HGF/MSCs细胞培养上清中hHGF能持续表达至少14 d;高浓度达到99 ng/ml.结论: 本实验中腺病毒表达载体构建正确;重组腺病毒液Ad-HGF滴度高;转导后在MSCs中获得高效、稳定和持续表达的hHGF.该载体达到实验设计要求,为进一步的体内外研究提供了实验依据.

    作者:朱月蓉;邢继成;韩萍;邱红 刊期: 2009年第04期

  • 西地那非对在体兔肺缺血再灌注损伤的影响

    目的: 利用兔在体肺移植模型,探讨磷酸二酯酶抑制剂西地那非对兔肺缺血再灌注损伤的影响及其可能机制.方法: 健康家兔20只,随机分为LPD组与西地那非组,每组10只,分别以LPD液和加入0.7 mg/L的西地那非的LPD液进行肺动脉灌洗和保存,每组分别于缺血前、再灌注后1,2 h取左下肺静脉血行血气分析,检测静脉血氧分压(PvO2);于缺血前、再灌注0.5,1,1.5,2 h取左下肺静脉血,测超氧化物歧化酶(SOD)活性、诱导型氧化亚氮合酶(iNOS)活性;于再灌注2 h时取肺组织,测丙二醛(MDA)含量、髓过氧化物酶(MPO)活性;检测肺组织湿/干比(W/D);在光镜、透射电镜下观察肺组织形态结构变化.结果: 两组动物再灌注后各时点PvO2均较缺血前下降,但西地那非组明显好于LPD组;再灌注后西地那非组SOD表达高于LPD组;再灌注后西地那非组MDA、iNOS、MPO表达明显低于LPD 液组;肺组织湿/干比西地那非组明显低于LPD 液组;西地那非组组织结构损伤变化较LPD组轻.结论: 西地那非有较强的抗氧化能力,能够提高机体清除氧自由基能力;有一定的抗炎能力,能减弱炎症反应.西地那非作为肺保护液添加剂对肺缺血再灌注损伤有一定的保护作用.

    作者:董长青;刘建 刊期: 2009年第04期

  • 金雀异黄素对血管平滑肌细胞中活性氧生成的影响

    目的: 探讨金雀异黄素对氧化型低密度脂蛋白(oxidized low density lipoprotein, ox-LDL)诱导的血管平滑肌细胞中活性氧(reactive oxygen species, ROS)生成的影响. 方法: 以体外培养的人脐静脉平滑肌细胞(human umbilical vein smooth muscle cell, hUVSMC)为对象,用50 mg/L的ox-LDL作用细胞2 h,并加入不同浓度金雀异黄素(10, 30, 90 μmol/L)对其进行干预,应用流式细胞技术和荧光分光光度法分别检测细胞内总ROS水平.结果: hUVSMC经ox-LDL刺激2 h后,细胞内ROS水平明显升高(P<0.01);金雀异黄素(10 μmol/L)降低ox-LDL诱导的细胞内ROS的增加;金雀异黄素(30, 90 μmol/L)则进一步提高细胞内ROS水平.结论: 金雀异黄素(10 μmol/L)可清除细胞内ROS,而金雀异黄素(30, 90 μmol/L)则增加细胞内ROS的生成.

    作者:冯赞杰;李琴山;刘洋;陆红玲;余晓 刊期: 2009年第04期

  • 银杏叶片联合布地奈德吸入治疗对哮喘儿童辅助性T细胞亚群的调节作用

    目的: 观察银杏叶片联合布地奈德对哮喘儿童外周血辅助性T细胞(Th)亚群的影响.方法: 65例中、重度哮喘儿童随机分为两组:激素治疗组34例,单纯吸入布地奈德气雾剂治疗6个月;联合治疗组31例,吸入布地奈德气雾剂且同时口服银杏叶片6个月.测定治疗前后血浆中IL-4,IFN-γ水平,同时以20例健康儿童为正常对照组.结果: 两哮喘组治疗前、后血浆IFN-γ水平均低于正常对照组(P<0.01),治疗后IFN-γ水平均高于治疗前(P<0.01),两哮喘组治疗后IFN-γ水平无明显差异(P>0.05);两哮喘组治疗前、后血浆IL-4和IL-4/IFN-γ均显著高于正常对照组(P<0.01或P<0.05);治疗后两组IL-4和IL-4/IFN-γ均下降(P<0.01),且联合治疗组低于激素治疗组(P<0.01).结论: 银杏叶片与布地奈德具有协同作用,联合应用更有利于纠正失衡的Th亚群.

    作者:忻悦;吕进泉;吕剑平;唐燕;张晓鸣 刊期: 2009年第04期

  • 糖基转移酶基因β3GalT7/GnT8和β3GnT2在白血病细胞株及人骨髓有核细胞中的表达

    目的: 从mRNA水平观察不同白血病细胞和人骨髓标本中糖基转移酶β3GalT7/GnT8和β3GnT2的表达情况. 方法: 采用RT-PCR技术,在8种白血病细胞株及24例白血病患者骨髓有核细胞中检测β3GalT7/GnT8,β3GnT2 mRNA水平的表达,以10例正常成人骨髓有核细胞作相对正常对照.结果: β3GalT7/GnT8在SHI-1,THP-1,HL-60,K562,NB4,U937细胞和18例初诊白血病患者骨髓标本中有不同程度的表达,在KG1,Raji细胞和相对正常对照中没有表达;β3GnT2在SHI-1,THP-1,HL-60,K562,NB4,U937,Raji细胞,4例相对正常对照和16例初诊白血病患者骨髓标本中有不同程度的表达,在KG1细胞中和6例相对正常对照中没有表达. 结论: β3GalT7/GnT8和β3GnT2与白血病的发生发展存在一定的关系,其mRNA的表达水平可以作为白血病早期诊断的一个标志.

    作者:孙斌;仇灏;胡从莉;沈宏杰;岑建农;吴士良 刊期: 2009年第04期

  • 鼻咽癌放射性脑损伤18例MRI分析

    对于鼻咽癌(NPC)患者来说,放射治疗是一种重要的治疗手段.随着放疗技术的日益增多和完善,患者临床疗效不断提高,且长期存活率随之上升,生存期延长.

    作者:丁勇俊;何玉洁;蒋甜怀 刊期: 2009年第04期

  • 盐酸伊立替康脂质体冻干粉针的制备及其质量评价

    目的: 研究盐酸伊立替康脂质体冻干粉针的制备方法,并对其进行初步的质量评价.方法: 以包封率为评价指标,比较四种不同的脂质体制备方法,对硫酸铵梯度法的制备工艺和处方进行单因素考察,筛选出冻干保护剂,并对冻干粉针进行稳定性影响因素试验.结果: 两种主动载药法制得的脂质体包封率更高;硫酸铵梯度法制备过程中,盐酸伊立替康脂质体的包封率受药脂比、硫酸铵浓度、孵育温度、孵育时间影响较大,受胆固醇磷脂比、空白脂质体外水相除盐方法影响较小;采用5%蔗糖与5%乳糖作为冻干保护剂冻干效果更好;所得冻干粉针对温度、光照较为敏感,也易受湿度影响.结论: 采用硫酸铵梯度法,经处方工艺条件的优化,可以获得较高包封率的盐酸伊立替康脂质体,5%蔗糖与5%乳糖是本脂质体较合适的冻干保护剂,初步的稳定性考察结果表明,本脂质体冻干粉针宜低温、避光、密封保存.

    作者:邱永宏;戈延茹;王成润;金一 刊期: 2009年第04期

  • 舌状提上睑肌瓣悬吊术矫治中重度先天性上睑下垂

    先天性上睑下垂是整形外科的常见病,可见于单侧,也可发生于双侧.轻者影响容貌,重者可致弱视或继发两侧脸面发育不对称等,需要手术治疗.自2003年1月至2008年12月,我科在传统的提上睑肌缩短术及额肌(筋膜)瓣悬吊术矫治上睑下垂的基础上,对23例中重度先天性上睑下垂患者,开展了舌状提上睑肌瓣悬吊术,取得了良好的疗效,现报告如下.

    作者:郝超;刘雄飞;邹忠桃;韩光晔 刊期: 2009年第04期

  • 丹参提取液对HMGB1胞外释放的抑制作用

    目的: 研究丹参对内毒素脂多糖(lipopolysaccharide, LPS)激活后巨噬细胞高迁移率族蛋白B1(high mobility group box 1, HMGB1)释放和内毒素血症小鼠血清HMGB1水平的影响.方法: 使用不同浓度的丹参提取液处理100 ng/ml LPS激活的培养巨噬细胞株RAW 264.7,观察培养上清液中HMGB1水平和细胞HMGB1 mRNA表达的变化,并通过腹腔内注射LPS建立的内毒素血症小鼠模型,观察丹参提取液对内毒素血症小鼠血清HMGB1水平和存活率的影响.细胞培养上清液和血清HMGB1含量采用酶联免疫分析方法检测,细胞HMGB1 mRNA表达采用RT-PCR方法检测.结果: 丹参提取液明显抑制LPS激活后的巨噬细胞HMGB1释放和HMGB1 mRNA表达,降低内毒素血症小鼠血清HMGB1水平并提高存活率.结论: 丹参有抑制巨噬细胞HMGB1释放和保护内毒素血症小鼠的作用.

    作者:王婷婷;徐明;陈国千;王春新;倪芳颖;帅朝霞 刊期: 2009年第04期

  • 益生菌制剂联合美沙拉嗪治疗溃疡性结肠炎的疗效观察

    溃疡性结肠炎(ulceration colitis,UC)是指病因未明的一组非特异性肠道炎症,以慢性过程、自动复发为其特征.患者多为青壮年,在西方国家相当常见.近年来随着人民生活水平的提高, UC的发病人数在我国逐年增多,基于多家医院病例统计推测,患病率为11.6/10万.

    作者:周祥军 刊期: 2009年第04期

  • 核干细胞因子基因在胃癌、结肠癌和直肠癌组织中的表达

    目的: 建立并采用实时定量PCR法检测核干细胞因子(nucleostamin,NS)基因在胃癌、结肠癌和直肠癌组织中的表达,研究该基因在胃肠道癌症诊断中的意义.方法: 构建NS基因和内参基因GAPDH标准品,并采用RT-PCR和实时定量 PCR 检测43例胃癌、结肠癌和直肠癌患者肿瘤组织NS基因的表达.结果: RT-PCR结果显示NS基因在胃癌组织中的阳性率为90%(27/30),在直肠癌组织中的阳性率为83.3%(5/6),在结肠癌组织中的阳性率为100%(7/7).NS基因在胃肠道肿瘤组织中表达上调,表达水平与病理分期未见显著相关性,但表达量与癌组织分化程度显著相关,分化程度较低的癌组织NS表达较高,分化程度较高的癌组织NS表达较低(P<0.05).结论: NS基因过表达可能在胃肠道肿瘤的发生中起着一定的作用,该基因可能会成为胃肠道肿瘤治疗的靶基因之一,检测该基因的表达有助于胃肠道肿瘤的诊断.

    作者:王胜;袁志诚;马珪;许文荣 刊期: 2009年第04期

  • 双歧杆菌脂磷壁酸对2型糖尿病大鼠C-反应蛋白的影响

    C-反应蛋白(C-reactive protein,CRP)是肝细胞在IL-6等细胞因子作用下合成的一种急性时相反应蛋白,当机体发生炎症、损伤等应激反应时其血清水平急剧升高.研究证实CRP在2型糖尿病患者体内含量较高,且与该病及其并发症的发生、发展关系密切[1].双歧杆菌脂磷壁酸(lipoteichoicacid,LAT)是一种重要的免疫调节剂,具有抗感染、抗肿瘤、降血脂和延缓糖尿病发生等生物学作用[2].本实验通过研究青春双歧杆菌脂磷壁酸对2型糖尿病大鼠血清CRP含量和肝细胞CRP mRNA表达水平的影响,探讨其应用在糖尿病预防及临床治疗中的可行性.

    作者:段长恩;黄青松;孙爱平;宋向凤 刊期: 2009年第04期

  • 不同粒径磁性纳米FeOx在外加磁场作用下对肝癌细胞生物学特性的影响

    目的: 研究不同粒径磁性纳米FeOx在外加磁场作用下对肝癌细胞增殖、凋亡的影响.方法: 采用共沉淀法制备得到不同粒径FeOx,将不同粒径FeOx吸附于细胞表面,并加载静磁场(SMF)及100 Hz交变磁场(EMF)照射.运用CCK-8检测纳米粒子吸附后在外加磁场作用下Bel-7402细胞增殖情况,运用流式细胞仪检测细胞凋亡、死亡率及细胞周期变化.结果: 不同粒径磁性纳米FeOx在SMF照射时间低于72 h时能使Bel-7402细胞增殖速度增快,当照射时间大于72 h时,细胞增殖速度未发生明显变化但部分细胞发生凋亡,凋亡率为(3.1±0.78)%.而经EMF照射后37 nm FeOx吸附细胞增殖被抑制,细胞周期实验结果表明大部分细胞被阻滞在G0/G1期,细胞出现大量死亡与凋亡,凋亡率达到(23.34±3.6)%、死亡率达到(57.24±2.7)%.结论: 纳米粒子未有外加磁场照射时不能对细胞产生明显的影响,外加SMF照射时,细胞的增殖及DNA代谢未发生明显的变化,但细胞发生凋亡;外加EMF照射时,细胞增殖被抑制并发生明显的凋亡及死亡,细胞DNA代谢明显紊乱,且具有较小粒径的磁性纳米FeOx在EMF作用下对肝癌细胞影响为显著.

    作者:居会祥;戴真煜;孙明忠;吕晶晶 刊期: 2009年第04期

  • 老年早期梅毒28例临床分析

    随着我国梅毒的发病数目上升,老年早期梅毒患者也逐渐增多.我们收集2001年3月至2005年3月诊断为老年早期梅毒患者28例资料,现报告如下:

    作者:顾文涛;许辉;李遇梅 刊期: 2009年第04期

江苏大学学报(医学版)杂志

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主管:江苏省教育厅

主办:江苏大学