学术投稿

生物素标记的甲基化间区位点扩增技术分辨不同组织DNA甲基化水平方法初探

王小怡;王博;王雪伟;高哲;郭大玮

关键词:
摘要:DNA甲基化是重要的表观遗传修饰之一。在哺乳动物细胞中,DNA 甲基化参与基因表达和染色质结构的调控[1],与多种癌症的发生发展相关[2-3]。DNA 甲基化在胚胎发育早期、个体生长发育及多种疾病的发生发展过程中起着重要的作用,是当前表观遗传研究领域的热点之一[4-5]。分析基因组中甲基化水平能够了解不同组织之间、正常与疾病状态以及不同年龄引起的甲基化水平的差异。Frigola 等[6]通过扩增甲基化间区位点(amplification of intermethylated sites, AMIS)分析了结肠癌组织与癌旁组织基因组中 CCCGGG位点的甲基化水平。该法通过[α-33P]dATP进行放射自显影,对机体有很大的损害。有文献报道可以用生物素标记的引物进行 PCR扩增[7],因此本研究尝试用生物素标记引物进行 PCR扩增代替放射性核素法分析基因组 DNA甲基化水平(图1)。
中国医药生物技术杂志相关文献
  • 国家发改委、科技部印发高级别生物安全实验室体系建设规划(2016-2025年)

    按照国务院《病原微生物实验室生物安全管理条例》等有关要求,国家发展和改革委员会会同有关部委联合编制了《高级别生物安全实验室体系建设规划(2016–2025年)》。

    作者: 刊期: 2017年第01期

  • 本期广告目次

    作者: 刊期: 2017年第01期

  • 《中国医药生物技术》杂志稿约

    作者: 刊期: 2017年第01期

  • 转录激活因子3在化脓性链球菌M1蛋白诱导的急性肺损伤小鼠中的作用

    目的:探讨转录激活因子3(ATF3)在化脓性链球菌 M1蛋白血清型诱导的急性肺损伤小鼠中的作用。方法20只雌性 C57/B6小鼠随机分为对照组(A组)和急性肺损伤组(B组),每组10只。20只雌性 ATF3敲基因小鼠(ATF3-/-)随机分为对照组(C 组)和急性肺损伤组(D组)。应用化脓性链球菌 M1蛋白建立小鼠急性肺损伤模型,观察4组小鼠肺组织病理改变,计算肺组织湿重与干重比值,计数支气管肺泡灌洗液(BALF)中中性粒细胞数量,实时 PCR方法检测小鼠肺泡巨噬细胞 CXC趋化因子(CXCL1和 CXCL2)mRNA的表达,ELISA法测定小鼠肺组织中 CXCL1和 CXCL2的浓度。结果与 A组小鼠比较,B组小鼠肺组织病理改变加重、肺组织湿重与干重比值、BALF 中中性粒细胞数量、肺泡巨噬细胞中 CXCL1和 CXCL2 mRNA表达量、肺组织 CXCL1、CXCL2浓度均增加(P<0.05);与 B组小鼠比较,D 组小鼠肺组织病理改变加重、肺组织湿重与干重比值、BALF中中性粒细胞数量、肺泡巨噬细胞中 CXCL1和 CXCL2 mRNA表达量、肺组织 CXCL1、CXCL2浓度均明显增加(P<0.05)。结论 ATF3对化脓性链球菌 M1蛋白诱导的急性肺损伤小鼠有保护作用,可能与 ATF3减少 CXC趋化因子的产生、减轻中性粒细胞肺内聚集有关。

    作者:赵云峰;赵伟;丁薇;周晓莉;许德凤 刊期: 2017年第01期

  • 铂类抗癌药物纳米递送系统的研究进展

    1965年,美国科学家 Rosenberg偶然发现铂电极在通电状态下的分解产物可以有效抑制细菌的分裂,这些分解产物中有效的是顺铂(cisplatin)。1969年,Rosenberg 等[1]报告顺铂具有抗癌活性;1972年,美国国家癌症研究所正式将顺铂列为抗癌研究课题,从此拉开了铂类抗癌药物研究的序幕。

    作者:王晓葳;刘雪;王丹;姬海红;夏桂民 刊期: 2017年第01期

  • 中日两国中药PCT专利申请比较研究

    中药作为中华民族的宝贵财富,具有历史悠久、资源广泛、成本低廉、毒副作用小等特点,并在科研、产品以及市场方面具有明显的产业优势。截至2014年,我国中药产业年规模已达4100亿元以上,但中药类产品出口仅为24.99亿美元,尤其是出口成药比例不足出口中药的30%。国际市场上中药销售额中,日本、韩国等“洋中药”所占份额已高达80%~90%[1]。由此可见,当前我国中药产业的国际市场地位以及国际竞争水平与其行业整体规模之间严重失衡,难以走出国门成为困扰国内企业发展的共同难题。造成这种局面的原因是多方面的,缺乏知识产权保护是重要的因素之一。如果能够有效利用“专利先行”战略则可以实现对市场的提前占有和对竞争对手的挤压。

    作者:张芙婧;谌侃 刊期: 2017年第01期

  • MRTF-A与心血管疾病相关性的研究进展

    心肌素的家族成员包括 myocardin、心肌素相关转录因子(MRTF)-A和 B。Myocardin是一个有效的转录辅助激活因子,特异性表达于机体生长发育阶段的心肌和平滑肌细胞中。它与血清效应因子(serum response factor,SRF)结合共同增强 SRF依赖性基因的转录,是心肌和平滑肌细胞生长发育必不可少的辅助因子[1]。MRTF-A和 MRTF-B同 myocardin具有相似的结构特征和转录激活功能。MRTF-A 广泛表达于胚胎和成年组织中。在胚胎形成时期,它主要存在于间叶细胞、肌细胞和各种器官的上皮细胞。相比 myocardin而言,MRTF-A的功能知之较少[2]。

    作者:孙小慧;李乐 刊期: 2017年第01期

  • 精准医学高端沙龙(第四期)成都站顺利举行

    2016年12月9日,由中国医药生物技术协会主办,成都天府生物科技园、成都医学城协办的“精准医学+大数据应用”精准医学高端沙龙(第四期)成都站顺利举行。本次会议汇聚了四川大学、华汉三创、云和创智、高特佳投资等100余位行业知名企业、投资机构及高校专家。在本次沙龙中,与会企业代表分享和探讨了精准医学和大数据应用的新动态、新景象和新未来,并就前沿技术研发应用、企业发展解决方案等议题展开交流,搭建精准医疗行业的高端交流合作圈,并为投资人提供交流机会。

    作者: 刊期: 2017年第01期

  • 生物素标记的甲基化间区位点扩增技术分辨不同组织DNA甲基化水平方法初探

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    作者:王小怡;王博;王雪伟;高哲;郭大玮 刊期: 2017年第01期

  • 我会上报《2016年度医药生物技术行业国家“十三五”规划进展评估报告》

    根据《国家发展改革委办公厅关于请部分行业协会商会开展2016年度“十三五”规划实施评估工作的通知》(发改办规划〔2016〕2682号)文件要求,我会在会员企业和分支机构进行了广泛调研和深入交流,完成了《2016年度医药生物技术行业国家“十三五”规划进展评估报告》,现已上报国家发展改革委。

    作者: 刊期: 2017年第01期

  • 生物样本库的设施与环境

    生物样本库融合了生物样本实体、生物分子信息以及样本资料数据的综合资源,对于开展人类疾病预测、诊断、治疗等研究具有不可替代的重要作用[1],是众多重要科研成果快速产业化、实现转化医学和精准医学的重要保证[2]。世界范围内已将生物样本库视为发展生物医药核心竞争力的重要战略举措之一[3],纷纷投入大量资金。要建设好生物样本库,设施和环境是根基、是基础,一定要充分重视。下面就生物样本库的设施和环境进行简单介绍。

    作者:杜莉利;郜恒骏 刊期: 2017年第01期

  • 国家卫生计生委印发预防接种工作规范和国家免疫规划儿童免疫程序及说明(2016年版)

    为配合《疫苗流通和预防接种管理条例》的贯彻实施,国家卫生计生委组织编写了《预防接种工作规范(2016年版)》和《国家免疫规划儿童免疫程序及说明(2016年版)》,现印发给各省、自治区、直辖市卫生计生委,新疆生产建设兵团卫生局,中国疾病预防控制中心遵照执行。

    作者: 刊期: 2017年第01期

  • 线粒体与癌细胞的代谢

    线粒体可以为细胞提供能量,除此之外,它还可以产生活性氧(ROS)、代谢产物和还原性小分子来调控合成代谢、细胞信号、细胞死亡以及抗逆性,这使得线粒体成为重要的应激性感受器,因此线粒体在肿瘤发生过程中发挥重要作用。但是,线粒体在癌细胞中的作用不尽相同,这取决于肿瘤的基因、所处的环境以及不同的组织起源;同样的,不同种类癌细胞中线粒体的作用也不尽相同,取决于其遗传特性、生存环境以及组织起源。因此,没有一个简单而又标准的模式来描述线粒体在癌细胞形成过程中的作用,本文试图总结线粒体与癌细胞代谢和信号通路之间的关系,以期为癌症的治疗提供可行的方案。

    作者:王戡;张亚军 刊期: 2017年第01期

  • 抗VEGF单克隆抗体生物学活性分析方法的建立及其应用

    目的:建立抗 VEGF单克隆抗体生物学活性分析方法,并对实验条件进行优化及方法学验证。方法从新生儿脐带分离获取人脐静脉内皮细胞(HUVEC),使用第4~6代细胞进行活性检测。HUVEC接种96孔板于 CO2培养箱培养4 h后加入不同浓度的抗 VEGF单克隆抗体——VEGF165混合物孵育48 h,加入 CCK8显色4 h,酶标仪读取各孔OD450吸光值,采用四参数拟合绘制标准曲线,计算参比品和样品的 IC50值,获取样品的相对活性。结果该方法专属性强,仅在抗 VEGF单克隆抗体上呈现相应的剂量关系曲线,标准曲线拟合度r2>0.99,精密度样品相对活性RSD <20%,方法在50%~200%活性范围内具有良好的准确性。用该方法对两个候选药分别进行6次重复性检测,候选药相对活性值分别为(95.80±3.29)%,(101.10±3.81)%。结论本研究建立的 HUVEC增殖抑制法特异性高、重复性好,并具有良好的准确性及精密度,可用于抗 VEGF单克隆抗体生物学活性的评估。

    作者:莫琳;周冬梅;徐军;孙文正;杨彬 刊期: 2017年第01期

  • 细胞自噬作用及其在相关疾病中的重要生理意义--2016年诺贝尔生理学或医学奖解读

    “自噬”的概念早在1963年首先被提出,但受限于当时的研究条件,人们对自噬的具体机制一直所知甚少。直至20世纪90年代早期,随着大隅良典(Yoshinori Ohsumi)利用面包酵母定位了细胞自噬的关键基因并阐释了酵母细胞自噬发生的机制,细胞自噬这一现象逐渐进入科学家们的视野并成为当前生命科学热的研究领域。2016年的诺贝尔生理学或医学奖颁发给了这位日本科学家,以表彰他在阐明细胞自噬的分子机制和生理功能上的开拓性研究。

    作者:牛超;金利泰 刊期: 2017年第01期

  • 生物样本库中血液RNA提取方法的介绍

    RNA在人类的多种生理和病理过程中发挥着举足轻重的作用[1-2]。随着第二代测序技术的发展[3],针对人类不同疾病的 RNA样本测序研究广泛开展,并得到了大量有价值的发现。高质量的 RNA可以满足 RT-PCR、qRT-PCR、Northern blot、基因表达谱、转录组测序、核酸酶保护实验和阵列分析等生物学下游实验的研究需求[4-5]。

    作者:章佳英;嵇承栋;万悦竹;付强强;朱琳懿 刊期: 2017年第01期

  • 长链非编码RNA CCAT1对人宫颈癌 XB1702细胞裸鼠移植瘤放射敏感性的影响

    目的:探讨长链非编码 RNA(lncRNA)结肠癌相关转录因子1(CCAT1)对宫颈癌 XB1702细胞裸鼠移植瘤放射敏感性的影响。方法通过电穿孔法分别将 CCAT1 siRNA和重组表达载体 pcDNA3.1-CCAT1转染人宫颈癌 XB1702细胞后, G418筛选得到稳定转染细胞系,实验分为3组:CCAT1 siRNA 转染组、pcDNA3.1-CCAT1转染组和空白对照组。转染48 h后,RT-PCR检测细胞中 CCAT1 lncRNA表达水平;CCK8检测细胞增殖,TUNEL 法检测细胞凋亡影响;裸鼠移植瘤实验检测上调和下调 RNA CCAT1表达联合 X射线照射对宫颈癌的生长抑制作用。结果干扰 XB1702细胞中 CCAT1 lncRNA表达后, XB1702细胞增殖被抑制,细胞凋亡率增加;裸鼠移植瘤平均体积明显小于对照组(正常 XB1702细胞种植组)差异有统计学意义(P <0.05);上调 XB1702细胞中 CCAT1 lncRNA表达后,XB1702细胞增殖能力明显增强,细胞凋亡率降低,差异有统计学意义(P <0.05),而上调组裸鼠皮下种植瘤平均体积较照射前无明显变化。结论下调 CCAT1 mRNA表达能抑制人宫颈癌 XB1702细胞裸鼠移植瘤的生长,增强瘤体的放射敏感性。

    作者:高金苹;张绍菊;罗志红;李津 刊期: 2017年第01期

  • 2016年中国医药生物技术十大进展评选结果揭晓

    2016年12月24日,由中国医药生物技术协会和《中国医药生物技术》杂志共同主办,杭州经济技术开发区管委会承办的“2016年中国医药生物技术十大进展评选”结果揭晓活动在杭州经济开发区召开。出席本次活动的嘉宾有评选专家团代表陈志南院士、钟世镇院士,主办和承办单位的领导,中央及地方近十家媒体记者。

    作者:田春英 刊期: 2017年第01期

  • 具创新分子结构的更优长效性重组人血清白蛋白/促红素融合蛋白的表达、制备和特性研究

    目的:研究作为药物级别重组人血清白蛋白/促红素融合蛋白的生产制备工艺;开展详尽的融合蛋白理化特性研究;提出作为长效创新药物的质量基础和技术指标。方法利用基因工程技术构建1个能稳定表达全新分子结构和更优长效性的重组人血清白蛋白/促红素融合蛋白(rHSA/EPO)的基因工程 CHO细胞株;研究建立悬浮、无血清培养基,批次化、可线性放大的规模化生产工艺,并就分离纯化的融合蛋白进行详尽的理化特性分析。结果获得的 rHSA/EPO蛋白质单体纯度达到97%以上;经不同作用位点蛋白酶水解的 rHSA/EPO产物通过 MALDI-TOF/TOF质谱肽质量指纹谱和 Nano LC-MS/MS液质联用串联质谱检测得到总序列覆盖率100%;N-端氨基酸序列前15个氨基酸与理论序列相符;rHSA/EPO为糖基化蛋白,定位了糖基化位点;原液中融合蛋白的质谱分子量测定值为93 kD;酶深度脱糖后的质谱分子量测定结果为84205 D,与理论分子量84849.52 D值相近;融合蛋白含有1个自由巯基,表明仅有1个游离半胱氨酸存在;经圆二色光谱分析比对表明,HSA和 EPO各自的空间二级构象未变;毛细管电泳测定有多个电荷异构体范围在 pI 5.1~5.8,等电聚焦获得的等电点值(pI)约为 pI 4.9;紫外光谱呈现典型蛋白质光谱特征;原料药中的细菌内毒素、宿主蛋白质、外源性 DNA的残留量均符合药物原料药的要求。免疫学鉴别为阳性;小鼠体内生物比活性测定结果值为0.9×105 IU/mg;体外 UT7细胞法与小鼠体内生物活性测定较大差异,但体内与体外生物活性测定方法可用于不同试验目的,且相互间也具有一定的相关系数。结论理化特性研究获得较为全面的药学数据,其结果可作为指导“注射用重组人血清白蛋白/促红素融合蛋白(CHO细胞)”原料药的质量标准和制造检定规程的基础,并显示出原创的 rHSA/EPO(之间无连接肽)具有创新性,符合作为药物的更优分子结构要求。

    作者:富岩;杨小楠;魏开华;富俞淞;云文琦;郑博崴;刘丹;于在林 刊期: 2017年第01期

  • 新年寄语

    元旦前因为工作需要,我仔细回顾了2000年以来我国药物基础研究领域所取得的主要进展,一是想比较我国与西方国家之间原创研究的特点,二是了解这些基础研究对后来中国新药研究的实践影响。阅读之间,感触变化。正值2017新年,我借《中国医药生物技术》卷首,与大家分享我国药学前沿的灿烂星光。

    作者:蒋建东 刊期: 2017年第01期

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主办:中国医药生物技术协会