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基于EV71交叉保护抗原P1的前体蛋白B细胞抗原位点的预测

叶鹏凌;江丽凤;高风华;冯谦谨;郭中敏;陆家海

关键词:COBRA EV71 P1, 多序列比对, 前体蛋白, B细胞线性抗原表位
摘要:目的 获得EV71 P1保守氨基酸序列COBRA EV71 P1和基于此序列的B细胞抗原表位预测信息.方法 从NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)上下载获取1970-2010年间世界各地暴发流行的包含P1或VP1基因片段的EV71源序列和对应的氨基酸序列,根据VP1基因片段信息构建系统进化树,对源序列进行基因分组;对多基因型的EV71 P1氨基酸源序列采用多序列比对,以优势氨基酸位点代替差异氨基酸位点的方法,获得EV71 P1保守序列(COBRA EV71 P1),并运用IEDB Analysis Resource(http://tools.immuneepitope.org/main/)在线预测工具和DNASTAR软件里的Protean模块,运用单参数和二级结构预测综合考虑的方法,对COBRA EV71 P1前体蛋白的B细胞抗原表位进行预测.结果 成功比对出COBRA EV71 P1氨基酸序列,预测结果发现在COBRA EV71 P1前体蛋白的第10-24,41-60,68-82,208-225,328-345,498-514,592-609,664-678,772-786和841-855位点均具有较好的亲水性、表面可及性、柔韧性和抗原指数,并且在二级结构上含有易形成抗原表位的无规则卷曲和β-转角,有可能是COBRA EV71 P1前体蛋白的优势表位.结论 经生物信息学分析,推测COBRA EV71 P1可能具有三个基因型EV71 P1前体蛋白的候选B细胞线性抗原表位,为EV71重组多表位疫苗设计和多基因型病毒样颗粒疫苗实验提供了理论基础.
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    作者:叶鹏凌;江丽凤;高风华;冯谦谨;郭中敏;陆家海 刊期: 2012年第10期

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    蚊类是多种疾病的传播媒介,是重要的医学昆虫之一,我国蚊媒病主要有疟疾、登革热、乙型脑炎和淋巴丝虫病,均为我国法定传染病.其中淋巴丝虫病已经得到很好的控制,疟疾和乙型脑炎流行相对稳定,登革热流行区扩大,呈上升趋势,近来又新出现基孔肯雅热的流行.本文就近年来我国蚊媒病流行现状和防治进展作一综述.

    作者:王梦蕾;苏昊;吴焜;陈晓光 刊期: 2012年第10期

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    作者:贾强;夏中元;詹丽英 刊期: 2012年第10期

  • 胃癌根治术后早期肠内、外营养的对比研究

    目的 观察胃癌根治术后早期肠内、外营养的疗效比较.方法 选取复旦大学附属中山医院青浦分院2009年1月至2011年12月胃癌术后患者90例,随机分为观察组(n=45)和对照组(n=45),对照组予以肠外营养(PN),观察组予以早期肠内营养(EEN).观察两组术后肛门排气时间、住院时间、体重下降、上臂肌围、血红蛋白、白蛋白(ALB)、转铁蛋白(TF)、前白蛋白(PA)、高敏C反应蛋白(hs-CRP)和并发症发生率的情况.结果 EEN组的术后肛门排气时间、住院时间和体重下降均较PN组出现明显缩短或减少(P<0.05或<0.01);治疗后PN组的ALB和TF的水平较治疗前和EEN组出现明显降低(P<0.01),两组的AP和hs-CRP水平较治疗前明显降低或者升高(P<0.01),PN组的降低或者升高水平更为明显,差异均有统计学意义(P<0.01).两组的上臂肌围、血红蛋白水平和术后并发症发生率差异无统计学意义(P>0.05).结论 EEN改善胃癌根治术后患者的营养状况,降低炎症反应,是理想的营养支持方式.

    作者:俞伟君;王永锋 刊期: 2012年第10期

  • rpoB作为蜡样芽胞杆菌群快速检测的标志基因的实验研究

    目的 探讨常规PCR和实时荧光定量PCR(Q-PCR)方法检测蜡样芽胞杆菌群rpoB基因的特异性和敏感性.方法 提取蜡样芽胞杆菌群和其他各种对照细菌的基因组DNA,合成蜡样芽胞杆菌群rpoB基因扩增引物,采用常规PCR和SYBR green实时定量PCR两种方法扩增rpoB基因片段,并将PCR产物克隆到pMD18-T载体后进行DNA测序.结果 常规PCR和Q-PCR均能扩增出蜡样芽胞杆菌群rpoB基因的174 bp DNA片段,而各种对照菌株均未见扩增.序列比对发现蜡样芽胞杆菌群细菌在该片段中存在5处核苷酸的不同,差异率为2.88%.以炭疽芽胞杆菌基因组DNA系列稀释作为扩增模板显示常规PCR小检出量为3.42 pg,Q-PCR的敏感性达到171 fg,3次重复实验显示Q-PCR检测rpoB基因的灵敏度为(3.32×101±7.45×100)拷贝.结论 以rpoB基因为检测靶基因的Q-PCR方法具有高度的特异性和良好的敏感性,能实现对蜡样芽胞杆菌群快速而准确的检测.

    作者:朱诗应;何胜菲;王文博;赵平;任浩;戚中田 刊期: 2012年第10期

  • 广州市6例克雅氏病病例特征分析

    目的 探讨克雅氏病(CJD)的临床表现,提高对该病的诊治能力.方法 收集广州市报告的CJD患者共6例,均行磁共振成像(MRI)和脑电图检查,14-3-3蛋白及PRNP基因检测.结果 多为急性亚急性起病,首发症状以进行性痴呆(2例)和椎体外系症状(2例)为主.病例均无痴呆类疾病家族史和手术、脑垂体生长激素使用史.MRI检查显示,无特异性异常信号.脑电图检查结果,均出现弥漫性慢波,4例出现特征性的周期性三相波.3例14-3-3蛋白阳性,而PRNP基因序列分析均为无突变型.1例进行脑组织活检,蛋白酶K抗性朊蛋白(PK抗性PrP)阳性.结论 CJD早期临床表现不典型,脑脊液14-3-3蛋白检测和持续动态的脑电图检查可能是CJD早期诊断的特异性方法.

    作者:丁鹏;肖新才;陈纯;罗雷;杨智聪 刊期: 2012年第10期

  • 孕激素诱导的封闭因子在先兆流产患者血清中的表达

    目的 通过检测先兆流产患者血清中孕酮及孕激素诱导的封闭因子(PIBF)的表达水平,探讨PIBF与先兆流产的关系及临床意义.方法 先兆流产患者72例为观察组,同期健康早孕妇女40例为对照组,采用酶联免疫吸附方法(ELISA)检测血清中孕酮及PIBF水平并进行对比分析.结果 两组孕妇的年龄、妊娠时间和血清孕酮水平比较差异无统计学意义(P>0.05);观察组PIBF水平为(103.91 ±25.12) ng/ml,明显低于对照组的(117.62±24.33)ng/ml,差异有统计学意义(P<0.05).观察组血清孕酮水平与PIBF之间不存在相关关系(P>0.05),对照组血清孕酮水平与PIBF之间存在相关关系(P<0.05).结论 PIBF表达降低与自然流产的发生有关系,妊娠早期血清PIBF水平降低是引起自然流产的原因之一.

    作者:张锦文;吴晓丽 刊期: 2012年第10期

  • 2型糖尿病患者D-二聚体、高敏C反应蛋白和胆红素与颈动脉粥样硬化的关系

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    作者:胡芳;汪玉芳;司平;程中应;李仲娟 刊期: 2012年第10期

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    作者:秦青;周冬生;梁志清 刊期: 2012年第10期

  • 8375例泌尿生殖道支原体感染状况及耐药性分析

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    作者:叶聪秀;尹颂超;易金玲;李美荣;余广超 刊期: 2012年第10期

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    目的 验证本实验室乙肝5项定性检测试剂盒的CUTOFF值是否适用于本实验室所属区域内的个体人群.方法 测定120份标本HBsAg、HBeAg、HBsAb、HBeAb、HBcAb-IgG,计算其检测结果OD值的均值(-x)和标准差s.夹心法试剂盒计算((-x)+3s)结果与试剂盒提供的CUTOFF值进行比较,竞争法计算((-x)-3s)结果与试剂盒提供的CUTOFF值进行比较.结果 各夹心法检测项目HBsAg、HBsAb、HBeAg其((-x)+3s)均小于相应CUTOFF值,各竞争法检测项目HBeAb、HBcAb-IgG其((-x)-3s)均大于其CUTOFF值.结论 本实验室所使用的乙肝5项ELISA试剂盒所选择的CUTOFF值适用于本实验室所属区域内的99%正常人群.

    作者:吴子安;王栋;徐宁;易四维;李涛 刊期: 2012年第10期

  • 大肠癌原发灶及淋巴结转移灶中TS和Topo-Ⅱ表达的对比分析

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    作者:罗枫;吴雪芳;刘坤平;彭辉;李素梅;叶勇;周艳;伍世钢 刊期: 2012年第10期

  • 广东省江门市2009-2011年手足口病流行特征分析

    目的 分析江门市2009-2011年手足口病流行特征,以了解流行现状和掌握流行规律,为制定有效的防控策略提供依据.方法 采用描述性流行病学方法对国家疾病监测信息报告管理系统中报告的江门市2009-2011年手足口病疫情资料进行统计分析.结果 2009-2011年江门市共报告手足口病24 080例,年发病率分别为88.90/10万、185.35/10万、263.66/10万;报告发病率较高的是蓬江区、鹤山市;2009-2011年共发生13起手足口病暴发疫情,主要由肠道病毒71型(EV71)引起;发病高峰为5-7月;报告5岁以下病例占总数的93.15%(22 430/24080),发病男女性别比为1.73:1.结论 江门市足口病的发生存在明显季节、性别、年龄差异,预防控制工作重点为托幼机构.

    作者:陈茂余;杨玉芳;洪海波;范湛丽;王立华;许坚锋;刘鹰航 刊期: 2012年第10期

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    目的 了解低年级大学生性态度、行为和性健康知识状况,为高校开展生殖健康教育与服务提供参考.方法 参考以往同类型调查和项目自行设计问卷,调查内容包括性态度、性行为、生殖健康知识、性病知识的知晓率和对性健康知识和服务需求状况.结果 低年级大学生性态度性别差异大,男生性态度较开放,有性经历的男生(13.9%)明显多于女生(6.4%),差异有统计学意义(x2=11.532,P<0.01);对于人流危害的认识女生优于男生(P<0.05);对AIDS知识的知晓情况男生优于女生(P<0.05),但两者对避孕知识及性健康知识掌握均有所不足;男女生性健康知识的获取途径主要为互联网、媒体和同伴;男女生希望提供的服务均依次为知识教育、生殖健康咨询及性病/艾滋病防治知识、避孕方法.结论 对大学生进行性健康咨询、性知识教育、性病/艾滋病防治知识及避孕方法知识的教育非常迫切.

    作者:吴晓丽;吴江平;王苏立;李红啸;杨莉;梅士娟;胡晨 刊期: 2012年第10期

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