学术投稿

组织特异性表达基因PLUNC调控元件的生物信息学分析

关键词:组织特异性, PLUNC基因, 生物信息学
摘要:目的 分析组织特异性表达基因PLUNC的调控元件.方法 采用进化足迹法,结合生物信息学工具,预测PLUNC基因的顺式作用元件和反式作用因子.结果 预测的PLUNC基因的转录起始位点位于-1~+10 bp区域间、-29 bp存在TATA盒子,启动子集中在-490 bp~+89 bp内,在人和小鼠PLUNC基因的启动子保守区内存在29个共同的转录因子结合部位及5个增强子.结论 PLUNC基因调控元件的分析可为探讨上呼吸道特异性表达基因的调控机制提供模型.生物信息学技术结合进化足迹法,在基因表达调控机制的研究中具有重要的应用价值.
热带医学杂志相关文献
  • 广州市甲型H1N1流感病例密切接触者调查及医学观察结果分析

    目的 对广州市甲型H1N1流感病例密切接触者进行调查,并对隔离医学观察情况进行分析,为制定甲型H1N1流感防控措施提供科学依据.方法 对确诊病例进行流行病学调查.确定密切接触者名单并对其进行追踪调查,采取定点医院和定点宾馆集中隔离医学观察的方法对密切接触者进行隔离观察,出现症状者采集咽拭子用real-time RT-PCR方法检测甲型H1N1流感病毒核酸.结果 对223例密切接触者进行调查和观察.对其中23例出现症状者进行排查,及时发现3例甲型H1N1流感病例,其余220例均顺利解除隔离.在入境检疫时发现4例输入病例,其密切接触者104人,未发现甲型H1N1流感病例;在自行前往医院就诊时发现2例输入病例,其密切接触者共60人,发现了3例病例.密切接触者追踪凋查与集中隔离时发现的3例病例,其密切接触者59人未发现甲型H1N1流感病例.结论 对密切接触者进行调查和隔离医学观察是及时发现续发病例,防止疫情进一步传播和扩散的有效措施,病例不同发现方式影响密切接触者的转归.

    作者: 刊期: 2009年第10期

  • RNA干扰在吸血媒介研究中的应用

    吸血媒介不仅危害动物健康,而且还能传播各种虫媒疾病,从而严重危害人类健康.因此,研究吸血媒介在公共卫生方面具有十分重要的意义,如研究如何控制吸血媒介以及其对病原体的传播具有极其重要的意义.本文概要介绍RNA干扰(RNAi)的基本原理,并对其在吸血媒介基因功能研究、保护性抗原筛选及鉴定、抑制病原体感染吸血媒介及其在吸血媒介中的繁殖等方面的研究进展进行综述.

    作者: 刊期: 2009年第10期

  • 用Roc曲线评价血清a-L-岩藻糖苷酶在原发性肝癌中的诊断价值

    目的 运用Roc曲线通过与AFP比较评价a-L-岩藻糖苷酶(AFU)在原发性肝癌中的诊断价值,确定本实验室条件下的血清AFU用于诊断原发性肝癌的临界值.并比较AFU和AFP的筛查价值.为原发性肝癌的实验室诊断提供依据.方法 对89例原发性肝癌,120例其他肝病及202名健康体检者.联合检测AFP和AFU,利用SPSS11.5统计软件绘制ROC曲线.通过比较这两种诊断试验的ROC曲线下面积来比较其诊断价值.结果 ROC曲线下面积AFU为0.869,AFP为0.896,两者间差异有统计学意义.结论 AFP的筛查价值略高于AFU,根据ROC曲线确定本实验室AFU临界值为32 U/L.

    作者: 刊期: 2009年第10期

  • 炎琥宁治疗小儿手足口病的临床疗效

    目的 观察炎琥宁治疗小儿手足口病的临床疗效.方法 将141例手足口病患儿随机分为治疗组(72例)和对照组(69例).对照组给予以利巴韦林10~15 mg/kg·d,每日1次静脉输入,疗程7 d;治疗组给予炎琥宁10 mg/kg·d,每日1次静脉输入,疗程7 d,并对临床有效率及有效时间进行比较分析.结果 治疗组72例,治愈42例,好转20例,总有效率为91.6%;对照组69例,治愈32例,好转9例,总有效率为59.4%,两组总有效率比较差异有统计学意义(P<0.01).两组发热、皮疹及口腔疱疹消退时间比较,治疗组热退时间为(2.23+1.22)d,皮疹消退时间为(3.31±1.35)d;对照组热退时间为(4.98±1.82)d,皮疹消退时间为(5.84±1.93)d,经统计学处理热退时间、皮疹消退时间比较差异有统计学意义(P<0.01).结论 本组炎琥宁治疗小儿手足口病疗程短、见效快、未见不良反应发生.但应用时需注意炎琥宁注射液本身所存在的不良反应,如过敏、发热、血细胞减少、胃肠道反应、神经精神症状等,一般疗程应<1周,每1 ml溶媒中使用炎琥宁≤1 mg,连续使用>1周的患者,应注意密切观察加强监测,避免超剂量及高浓度静脉滴注给药.

    作者: 刊期: 2009年第10期

  • 粉尘螨第五组主要变应原(Der f5)的克隆表达、纯化及免疫原性鉴定

    目的 克隆表达粉尘螨第五组变应原(Dermatophagoides farinae,Der f5)基因,并鉴定纯化蛋白免疫原性.方法 提取活粉尘螨总RNA,扩增Der f5片段.PCR产物与克隆载体pMD18-T连接,转化入大肠埃希菌JM109,经酶切及测序鉴定获得pMD18-Der f5阳性菌株,再提取质粒进行双酶切,与表达载体pET-30a(+)连接,转化人大肠埃希菌BL21,异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(IPTG)诱导表达.SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)和蛋白质印迹法(Western blotting)鉴定其表达效果.Ni-IDA亲和层析柱纯化蛋白,利用尘螨病人血清鉴定其免疫原性.结果 构建了重组质粒pMD18-Der f5和pET30a-Der f5,SDS-PAGE结果表明Der f5基因在BL21中获得良好的可溶性表达,蛋白质分子量与理论值相符.纯化的蛋白与病人血清有良好的IgE结合活性.结论 获得广州地区Der f5的原核表达载体,高效表达纯化重组蛋白.初步鉴定了该蛋白的免疫原性.

    作者: 刊期: 2009年第10期

  • 河南省林州地区儿童肠道寄生虫感染情况调查

    目的 为了解林州地区儿童肠道寄生虫的感染情况,尤其是机会性致病原虫和人兽共患寄生虫的流行情况.方法 2007年10月至2008年5月,对林州地区8个乡镇进行了调查.采用卢戈氏碘液染色法、饱和蔗糖溶液漂浮法、改良抗酸染色法和分子生物学方法对林州地区23个调查点的1949名15岁以下儿童进行了检测.结果 寄生虫总感染率为1.33%(26/1949).共查出6种肠道寄生虫,其中原虫和蠕虫均为3种,感染率分别为0.72%和0.62%.男女寄生虫感染率分别为1.27%(14/1103)和1.42%(12/846),差异无统计学意义(P<0.05).姚村镇、城郊乡、茶店乡、临淇镇、五龙镇、东姚镇、横水镇和采桑镇儿童感染率分别为1.76%、1.42%、0.83%、2.71%、0.00%、0.74%、1.45%、0.75%和1.33%,各个乡镇之间感染率差异无统计学意义(P>0.05).首次摸清了林州地区儿童隐孢子虫感染的流行状况.感染率为0.15%.对分离到的1例等孢球虫进行了分子鉴定,序列分析结果显示与雀类的一种球虫Atoxoplasma sp.(AY331571)为接近,同源性达99.4%,表明可能为鸟类粪便污染所致.结论 林州地区儿童肠道寄生虫感染率较低,但仍应进一步开展健康教育,普及卫生知识,提高自我保健意识和自我保健能力,预防寄生虫病的发生和流行.

    作者: 刊期: 2009年第10期

  • 我国首起甲型H1N1流感本地感染疫情感染环境的调查

    目的 了解引起我国首起甲型H1N1流感本地感染病例感染的环境危险因素.方法对感染的环境进行实地现场勘察.结果感染的环境主要为通风换气不良,无新风补给.为一个相对密闭的环境.结论与传染源在同一个相对密闭、空气流通不畅的环境内密切接触是引起此起甲型H1N1流感本地感染疫情的主要原因.公共场所的通风设施不健全应纳入公共场所管理的卫生问题范围中,并应引起卫生监管部门重视.

    作者: 刊期: 2009年第10期

  • 广州市35间公共场所集中空调通风系统卫生质量调查

    目的 通过对广州市各类公共场所使用中的集中空调通风系统进行卫生检测,了解广州市公共场所集中空调通风系统的卫生情况.方法 抽取广州市35间公共场所进行集中空调通风系统卫生监测,检测空调送风中可吸入颗粒物(PM10)、微生物指标和风管内表面积尘量、微生物指标.结果 集中空调通风系统均未检出β-溶血性链球菌,空调送风中可吸人颗粒物、细菌总数超标率高达54.6%和37.5%,而送风中真菌总数超标率为7.3%;风管内表面积尘量全部合格,真菌总数超标率只有1.9%,只有细菌总数超标率较高,为7.7%;各类公共场所中医院和图书馆卫生状况较好,商场、宾馆酒店和餐厅较差.结论 广州市集中空调通风系统风管内表面卫生状况较好,空调送风可吸人颗粒物浓度较高,且存在微生物污染,而医院集中空调通风系统卫生状况较好可能与其使用了中效过滤器有关.

    作者: 刊期: 2009年第10期

  • 反向斑点杂交检测甲/乙型流感病毒及其基因分型的方法研究

    目的 建立一种特异、灵敏的检测甲/乙型流感病毒并对其进行基因分型的反向斑点杂交方法.方法 应用生物软件针对甲/乙型流感病毒的膜蛋白(Matrix Protein)基因和血凝素(Hemagglutinin,HA)基因的保守区域设计引物及探针,通过优化PCR和杂交的反应条件.建立检测甲/乙型流感病毒并对其进行基因分型的反向斑点杂交方法.验证方法的特异性和敏感性,并与直接免疫荧光法分别对相同的临床咽拭子标本进行检测,比较两者的检测结果,以评价该方法的临床应用价值.结果 该方法对甲/乙型流感病毒的检测具有特异性,对呼吸道合胞病毒、柯萨奇病毒A型、副流感病毒3型、鼻病毒和腺病毒3型均无交叉反应,检测灵敏度为102~103 copies/μL.在111例发热门诊病人的咽试子标本中.免疫荧光检测出3例甲型流感病毒、0例乙型流感病毒,阳性率为2.7%;反向斑点杂交检测出3例甲型流感病毒,其中1例H1、2例H3、0例H5、0例H9,4例乙型流感病毒,阳性率为6.3%.结论 初步应用结果表明,本研究建立的检测甲/乙型流感病毒并对其进行基因分型的反向斑点杂交方法具有特异、灵敏的特点,为该方法的后续临床应用奠定基础.

    作者: 刊期: 2009年第10期

  • 转基因苜蓿的研究进展

    苜蓿(Medicago sativa)是一种优良的豆科牧草,应用基因工程技术对苜蓿进行开发和改造已成为国内外研究的热点.本文综述了病毒、细菌、寄生虫、抗逆基因、品质改良基因、抗除草剂基因、单克隆抗体和工业原料等转基因苜蓿的研究进展.

    作者: 刊期: 2009年第10期

  • 2007-2008年广州市鼠疫宿主动物及媒介监测结果分析

    目的 了解广州市鼠疫宿主动物及媒介的种群构成及数量分布情况,为鼠疫防治工作积累基础资料.方法 采用夜笼法.对捕获鼠类及捡获蚤类进行鉴定,并计算鼠密度、鼠带(染)蚤率和蚤指数;用鼠疫IHA法检测鼠疫F1抗体.结果 捕获鼠形动物1601只,分属2目2科4属7种.其中啮齿目动物1451只,食虫目动物150只,总鼠密度(捕获率)为12.09%,鼠密度(捕获率)为11.50%;在242只鼠形动物中发现染蚤鼠46只,捡获蚤92匹,鼠体表蚤经鉴定为印鼠客蚤、猫栉首蚤、缓慢细蚤、适存病蚤;鼠染蚤率为19.01%,总蚤指数为0.38;黄胸鼠蚤指数为0.63;未查出鼠疫F1抗体.结论 褐家鼠仍是广州市主要鼠种.主要蚤种是印鼠客蚤.未发现鼠间鼠疫流行迹象.

    作者: 刊期: 2009年第10期

  • 粤籍汉族多囊卵巢综合征遗传流行病学研究

    目的 分析多囊卵巢综合征(PCOS)的遗传流行病学特征.方法 采用调查表的方式对324例PCOS患者及其家系进行调查,同时结合临床检查.应用SPSS 13.0软件、Falconer公式对资料进行统计学处理和分析.结果 PCOS患者的月经稀发发生率为74.23%,高雄激素血症者占52.71%,卵巢多囊样改变者占93.27%;PCOS组及对照组一级亲属女性月经稀发发生率分别为17.81%和7.70%.男性早秃发生率为别为11.15%和5.33%,先证者家系的月经稀发和男性早秃患病率高于对照者家系:先证者一级亲属遗传度为44.91%.结论 遗传因素在PCOS的发病中起着重要作用,但环境因素可能也起着重要的作用.

    作者: 刊期: 2009年第10期

  • 无花果叶乙醇、水提取物抑菌作用的比较研究

    目的 研究无花果叶乙醇提取物和水提取物的抑菌作用.方法 采用纸片法抑菌实验观察比较无花果叶乙醇提取物和水提取物对金黄色葡萄球菌、大肠杆菌和枯草杆菌的作用.结果 生药含量为100 mg/mL的无花果叶乙醇提取物对金黄色葡萄球菌、大肠杆菌、枯草杆菌3种抑菌环的直径均大于8 mm,生药含量为144 mg/mL的无花果叶水提取物对金黄色葡萄球菌、大肠杆菌、枯草杆菌3种抑菌环的直径均小于8 mm.结论 无花果叶乙醇提取物具有明显的抑菌作用,无花果叶水提取物无抑菌作用.

    作者: 刊期: 2009年第10期

  • 新型的抗线粒体抗体M2亚型抗体的检测方法在原发性胆汁性肝硬化诊断中的可靠性分析

    目的 研究以天然M2抗原和BPO融合蛋白M2-3E(BPO)为靶抗原的ELISA法(抗-M2-3EELISA)检测抗线粒体抗体M2亚型(AMA-M2)抗体在原发性胆汁化肝硬化(PBC)诊断中的可靠性.方法 分别用间接免疫荧光法(IFL)、以丙酮酸脱氢酶复合体(PDC)为靶抗原的ELISA法(抗-PDC ELISA)、以三联体(BPO)为靶抗原的ELISA法(抗-3E ELISA)、以天然M2抗原和BPO融合蛋白M2-3E(BPO)为靶抗原的ELISA法(抗-M2-3E ELISA)检测107例PBC、167例疾病对照和30例正常对照血清中的AMA-M2抗体.结果 107例PBC患者用抗-M2-3E ELISA、抗-3E ELISA、抗-PDC ELISA和IFL 4种方法检测AMA-M2的检出率(敏感性)分别为99/107(92.5%)、94/107(87.9%)、78/107(72.9%)、87/107(81.3%),特异性分别为97.3%、98.5%、98.5%、97.3%.抗-M2-3E EUSA法AMA-M2的检出率(92.5%)显著高于抗-PDC ELISA法(72.9%)(P<0.001)、IFL法(81.3%,P<0.001),高于抗-3E ELISA(87.9%).在20例IFL检测AMA-M2为阴性的PBC患者中,用抗-M2-3E ELISA法AMA-M2的检出率为11/20(55%).抗-M2-3E ELISA和IFL的重叠度为85.0%(91/107).结论 抗-M2-3E ELISA法具有比IFL、抗-PDC ELISA法和抗-3E ELISA更高的敏感性,特异性达97.3%.因此.抗-M2-3E ELISA法可作为第一轮AMA-M2的筛查,但不可以单独用于诊断PBC的标记.

    作者: 刊期: 2009年第10期

  • 组织特异性表达基因PLUNC调控元件的生物信息学分析

    目的 分析组织特异性表达基因PLUNC的调控元件.方法 采用进化足迹法,结合生物信息学工具,预测PLUNC基因的顺式作用元件和反式作用因子.结果 预测的PLUNC基因的转录起始位点位于-1~+10 bp区域间、-29 bp存在TATA盒子,启动子集中在-490 bp~+89 bp内,在人和小鼠PLUNC基因的启动子保守区内存在29个共同的转录因子结合部位及5个增强子.结论 PLUNC基因调控元件的分析可为探讨上呼吸道特异性表达基因的调控机制提供模型.生物信息学技术结合进化足迹法,在基因表达调控机制的研究中具有重要的应用价值.

    作者: 刊期: 2009年第10期

  • 原发性高血压患者血压晨峰的相关因素分析

    目的 研究原发性高血压患者血压晨峰(MBPS)的发生情况及相关因素.方法 采用24 h动态血压监测仪(ABPM)分析415例原发性高血压患者的血压,确认晨峰组与非晨峰组,对两组性别、年龄、动态血压、动态心电图及超声心动图、颈动脉彩色多普勒检查结果、血脂、空腹血糖、体重指数(BMI)进行比较分析.结果 ①有晨峰现象的129例(MBPS组),发生率为31.1%,与非MBPS组相比较.MBPS组24 h平均收缩压、脉压均显著高于非MBPS组(P<0.001).②凌晨血压增高与年龄相关(P<0.01),调整年龄后,男女MBPS发生率分别为28.5%,16.9%,男性明显高于女性(P=0.0105).③不论男女,MBPS组的左室肥厚发生率、左室重量指数(LVMI)、颈动脉内膜中层厚度(IMT)、24 h平均心率、房性早搏、室性早搏的发生率均高于非MBPS组,差别有统计学意义(P<0.001),MBPS与BMI、空腹血糖、血脂无显著关联.结论 原发性高血压患者MBPS与年龄、性别、心室重构、心律失常密切相关,MBPS患者有更明显的颈动脉粥样硬化.MBPS可能使清晨心血管事件的风险增加.

    作者: 刊期: 2009年第10期

  • 前S1蛋白(PreS1)在乙型肝炎诊断中的作用

    目的 探讨HBV感染者血清中PreS1与HBV-DNA、HBeAg三者间的关系,进而评估PreS1在HBV感染、复制、诊断中的作用.方法 收集1750例乙型肝炎患者血清.按不同HBV-M进行分组:HBsAg(+)、HBeAg(+)、HBcAb(+)为A组,HBsAg(+)、HBeAb(+)、HBcAb(+)为B组,HBsAg(+)、HBcAb(+)为C组,HBsAg(+)为D组,采用酶联免疫法(EUSA)检测乙肝病毒PreSl与HBV血清标志物,荧光定量PCR法检测HBV-DNA.结果 以HBV-DNA>5x102拷贝/mL为阳性诊断标准,不同HBV-M模式中,PreS1与HBV-DNA的检出率无显著差异(P>0.01).PreS1与HBV-DNA的总符合率高于HBeAg与HBV-DNA的符合率,在HBeAg(一)患者中仍可不同程度地检出PreS1与HBV-DNA.结论 PreS1可作为HBV感染、复制的一项新指标,在乙型肝炎诊断中具有很大的应用价值.

    作者: 刊期: 2009年第10期

  • 云南洱海周边地带社鼠体表寄生虫的群落组成

    目的 社鼠是东洋界种,不仅一直被认为是农林业有害动物.而且被怀疑为滇西北鼠疫疫源地的鼠疫、恙虫病和流行性出血热(汉坦病毒)等病原体的储存宿主.为了了解洱海周边地带社鼠体表寄生虫的多样性,我们研究了89只社鼠体表寄生虫的群落组成.方法 选取云南洱海周边的不同地理方位作为野外抽样调查地点,用鼠笼加食饵诱捕小兽并检获其体表寄生虫.体表寄生虫在显微镜下鉴定寄生虫的种类.用染虫率和虫指数反映体表寄生虫的流行和密度状况,用统计分析中的非参数检验(Non.parametric Mann.Whitney U)分析雌雄小兽宿主间寄生虫数量差异.用Spearman相关分析(Spearman correlation analysis)体表寄生虫数量与宿主身体参数的关系.结果 捕获89只社鼠.其中70只社鼠侵染体表寄生虫,总侵染率为79%.采集到体表寄生虫51种,包括31种恙螨、13种革螨、4种蚤及3种吸虱.攸氏无前恙螨为优势恙螨种,占恙螨总数的66.23%;土尔克厉螨为优势革螨种,占革螨总数的38.48%;绒鼠怪蚤为优势蚤种,占蚤总数的42.86%;太平洋甲胁虱为优势吸虱种,占吸虱总数的80.07%.这51种体表寄生虫中,有11种被证明是人类疾病的主要媒介.U检验表明,体表寄生虫、恙螨、吸虱、蚤类和革螨的个体数量和物种数在雌雄宿主体表间的差异无统计学意义.spearman相关分析表明,体表寄生虫、恙螨、吸虱、蚤类和革螨的个体数量与宿主身体参数(体重)之间无相关性.结论 社鼠的体表寄生虫群落结构复杂,物种多样性高,其中有11种曾经报道与人类疾病有关.社鼠主要的体表寄生虫为吸虱、蚤类、革螨和恙螨,社鼠很可能成为鼠疫、流行性出血热和灌丛斑疹伤寒等病原体的贮存宿主.

    作者: 刊期: 2009年第10期

  • 新型甲型H1N1流感的实验室检测特征及分析

    目的 比较新型甲型H1N1流感、季节性流感及普通上呼吸道感染的实验室检测特征.进一步认识新型甲型H1N1流感的特点并分析产生的可能机制.方法 对我院2009年5~7月收治的新型甲型H1N1流感、季节性流感及普通上呼吸道感染病例的人院实验室检测资料进行回顾性分析.结果 新型甲型H1N1流感患者入院时平均血钾为(3.43±0.33)mmol/L,低于季节性流感组和普通上呼吸道感染组,甲型H1N1流感中伴有低钾血症(血钾<3.5 mmol/L)者占60.22%,明显高于另外两组,但合并低钾血症者的血钾平均值在三组问并无明显差异;与另两组相比,新型甲型H1N1流感组外周血白细胞、中性粒细胞、CD4+T细胞计数降低;其他实验室检测指标包括血钠、血钙、血磷、LDH活性、CK活性等在三组间并无统计学差异.结论 新型甲型H1N1流感实验室检测特征包括血钾降低、白细胞、中性粒细胞、CD4+T细胞减少.其中低钾血症是新型甲型H1N1流感的一个显著实验室特征,其发生的具体机制尚待进一步研究.

    作者: 刊期: 2009年第10期

  • 中国首例甲型H1N1流感二代病例的临床特征

    目的 了解2009年我国首例甲型H1N1流感二代病例的流行病学、临床、病原学检查特点及预后转归.方法 对患者流行病学及临床资料进行回顾性分析.并采用实时荧光聚合酶链反应测定甲型H1Nl流感病毒核酸.结果 患者与甲型H1N1流感输入病例接触1天后发病.以发热、咽痛、咳嗽起病,白细胞及CD4+T淋巴细胞计数降低.无肺炎等并发症.多级机构检测咽拭子甲型H1N1流感病毒核酸阳性确诊甲型H1N1流感.RT-PCR测序证实其病毒核苷酸序列与一代输入病例的一致,同源性为100%.经奥司他韦抗病毒及对症治疗痊愈出院.结论 本病例的传染源明确,为我国首例报告的甲型H1N1流感二代确诊病例,其临床表现轻,病情恢复快.未发生院内感染,早隔离早诊断等防控措施有效.

    作者: 刊期: 2009年第10期

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主办:广东省寄生虫学会 中华预防医学会