学术投稿

亚洲带绦虫肌动相关蛋白2/3复合体结构与功能的生物信息学分析

唐保东;黄江;胡旭初;黄艳;包怀恩;郎书源

关键词:亚洲带绦虫, Arp2/3, cDNA, 生物信息
摘要:目的 分析和预测亚洲带绦虫肌动相关蛋白2/3复合体亚单位4(Actin related protein 2/3 complex subunit 4,Atp2/3)基因及其编码蛋白的结构和特性.方法 利用美国国家生物技术信息中心(NCBI,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)和瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统(ExPASY,http://ca.expasy.org/)中有关基因和蛋白的序列和结构信息分析的各种工具,结合其它生物信息学分析软件包,如Pcgene和Vector NTI suite,从亚洲带绦虫全长cDNA质粒文库中识别Arp2/3基因及其编码区,分析、预测该基因编码蛋白质的理化特性、翻译后的修饰位点、功能域、亚细胞定位、拓扑结构、二级结构、三维空间构象等.结果 该基因全长718 bp,编码区为30-530,编码167个氨基酸,为全长基因.GenBank中与日本血吸虫Arp2/3氨基酸序列一致性达78%,相似性达90%.理论分子量为19533.9.没有跨膜区和各种亚细胞序列.预测3个主要的抗原表位为53~58,74~82,138~143均在Arp2/3空间结构的分子表面.结论 应用生物信息方法从亚洲带绦虫成虫cDNA文库中筛选出Arp2/3基因.
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    作者:王永智;任浩;丁惠;赵平;薛利军;潘卫;戚中田 刊期: 2007年第11期

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    作者:张旭;乔继英;张荣;魏志超;蔡娟 刊期: 2007年第11期

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    作者:邱灿华;陈健文;蓝秀健;马仁强;王家伟;张天举;林明栋;周璇和 刊期: 2007年第11期

  • HBV基因型对慢性乙型肝炎临床的影响

    目的 了解HBV基因型对乙型肝炎病毒慢性感染者临床影响.方法 采用限制性片段长度多态性(RFLP)及序列测定法检测广东地区27例HBV携带者和173例慢性乙肝患者的HBV基因型.结果 B基因型105例(52.5%),C型94例(47%),D型1例,未发现其它基因型.B型中乙型肝炎表面抗原携带者(ASC)所占比例(18.1%)显著高于C型中ASC所占比例(8.5%).C型中肝硬化所占比例(23.4%)显著高于B型中肝硬化所占比例(7.6%).C型在ASC、慢性乙肝轻度、中度、重度及重型肝炎、肝硬化的比例依次增高.C型较B型年龄大,但二者间性别差异无统计学意义.结论 广州地区HBV基因型由B、C、D型构成,以B型为主.C型较B型年龄大.C型与较重肝病有关.B、C型间性别差异无统计学意义.

    作者:冼建中;关玉娟;唐小平 刊期: 2007年第11期

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    作者:宝福凯;柳爱华 刊期: 2007年第11期

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    目的 检测Lox-1501G>C和3'UTR*188C>T多态性在中国汉族人群中的分布及其与急性心肌梗死(acute myocardial infarction,AMI)发病的相关性.方法 利用荧光染料SYBR Green Ⅰ标记定量PCR产物,通过PCR生长曲线和融解曲线分析结果进行多态位点的基因分型.分别检测汉族202名AMI患者及161名健康人群Lox-1 501G>C和3'UTR*188C>T多态性.随机选取30份经荧光定量PCR分型的标本进行DNA测序鉴定.结果 AMI患者和健康人群的Lox-1 501G等位基因频率分别为0.834和0.798,Lox-1 501C等位基因频率分别为0.166和0.202,Lox 1 501G>C基因型频率在AMI组和对照组间差异无统计学意义[OR 0.687,95%CI(0.226~2.093);P=0.507].AMI患者和健康人群的Lox-1 3'UTR*188C等位基因频率分别为0.681和0.674,Lox-13'UTR*188T等位基因频率分别为0.319和0.326,Lox-1 3'UTR*188C>T基因型频率在AMI组和对照组亦无统计学意义[OR 0.947,95%CI(0.623~1.439);P=0.80].结论 中国汉族Lox-1基因501G>C和3'UTR*188C>T多态性与AMI发病无关.

    作者:单志新;符永恒;周志凌;谭虹虹;林秋雄;邝素娟;余细勇 刊期: 2007年第11期

  • 孕产妇乙型肝炎病毒对子代性别比例失调的影响

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    作者:何宗忠;王强;任均田;宋梅;裘宇容 刊期: 2007年第11期

  • 亚洲带绦虫肌动相关蛋白2/3复合体结构与功能的生物信息学分析

    目的 分析和预测亚洲带绦虫肌动相关蛋白2/3复合体亚单位4(Actin related protein 2/3 complex subunit 4,Atp2/3)基因及其编码蛋白的结构和特性.方法 利用美国国家生物技术信息中心(NCBI,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)和瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统(ExPASY,http://ca.expasy.org/)中有关基因和蛋白的序列和结构信息分析的各种工具,结合其它生物信息学分析软件包,如Pcgene和Vector NTI suite,从亚洲带绦虫全长cDNA质粒文库中识别Arp2/3基因及其编码区,分析、预测该基因编码蛋白质的理化特性、翻译后的修饰位点、功能域、亚细胞定位、拓扑结构、二级结构、三维空间构象等.结果 该基因全长718 bp,编码区为30-530,编码167个氨基酸,为全长基因.GenBank中与日本血吸虫Arp2/3氨基酸序列一致性达78%,相似性达90%.理论分子量为19533.9.没有跨膜区和各种亚细胞序列.预测3个主要的抗原表位为53~58,74~82,138~143均在Arp2/3空间结构的分子表面.结论 应用生物信息方法从亚洲带绦虫成虫cDNA文库中筛选出Arp2/3基因.

    作者:唐保东;黄江;胡旭初;黄艳;包怀恩;郎书源 刊期: 2007年第11期

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    作者:周豪杰;聂咏梅;付涌水;汪传喜;郑优荣 刊期: 2007年第11期

  • PCR-反向斑点杂交法检测HBV YMDD模序混合感染

    目的 为HBV感染临床个体化治疗、指导临床用药寻找一种能更好地检测HBV YMDD模序混合感染的方法.方法 28份已知乙肝病人血清,其中10份为HBV YMDD模序感染,5份为HBV YIDD模序感染,5份为HBV YVDD模序感染,2份为HBV YMDD和YIDD模序混合感染,2份为HBV YMDD和YVDD模序混合感染,2份为HBV YIDD和YVDD模序混合感染,2份为HBV YMDD、YIDD和YVDD模序混合感染,都用PCR产物直接测序和PCR-流过式反向斑点杂交(Flowthrough-RDB)方法检测.结果 HBV YMDD模序单一感染标本用两种方法检测准确性都达到100%,对混合感染标本PCR-流过式反向斑点杂交方法检测准确性也可达100%,然而用PCR产物直接测序方法只能检测其中一种或两种型别.结论 PCR-流过式反向斑点杂交方法是一种敏感、特异和快速的检测HBV YMDD野生型及其突变型模序单一感染和混合感染的有效方法,比PCR产物直接测序更优越,更有利于实现临床个体化治疗和指导临床用药.

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    作者:杜莲芳 刊期: 2007年第11期

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