学术投稿

H3N2亚型人甲型流感病毒HA1序列进化正向选择位点研究

许慧琳;张文彤;赵耐青;姜庆五

关键词:甲型流感病毒, 亚型, H3N2, 正向选择位点
摘要:目的 筛选H3N2亚型人甲型流感病毒红细胞凝聚素(HA1)序列中的正向选择位点,为进一步揭示流感病毒的变异规律.方法 从NCBI GenBank和流感数据库中下载甲型流感病毒H3亚型RNA4节段序列,用两步聚类法将全部序列分为6个年代类别,使用固定效应似然比检验模型分别筛选每一类中的正向选择位点,并使用两步聚类法归纳所筛选出位点的正向选择压力变化模式.结果 各年代类别筛选出的正向选择位点不完全相同,共有50个位点在进化过程中经历过正向选择,其中有42个位点属于5个抗原决定簇之一,A、B抗原决定簇在各年代均有较多的位点入选,且承受较大的免疫选择压力.50个位点可被归纳为7种变化模式,前6种模式的位点依次在某一个时间段存在正向选择,第7种模式则在多个年代中均存在正向选择.结论 分析结果提示流感病毒HA1序列在进化过程中的正向选择位点并非恒定,而是在不同年代中存在更替趋势.抗原决定簇A、B的变异在流感进化过程中起关键作用,8个位于非抗原决定簇正向选择位点有可能是未被识别的抗原决定簇位点.
中华流行病学杂志相关文献
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    宁波市江东区自1989年开始在新生儿中推广接种乙型肝炎(乙肝)疫苗,1990年起乙肝疫苗接种纳入儿童计划免疫管理.本文对江东区满周岁流动儿童的分布状况及乙肝疫苗接种情况进行了分析.

    作者:孙灵英 刊期: 2007年第04期

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    作者:高俊薇;李雅娟;庄辉;李杰;王佳;董庆鸣;陈雅洁;牛俊奇;马为民;赵伟;赵保安;钟金群 刊期: 2007年第04期

  • 三峡库区蓄水后重庆段钩端螺旋体病流行动态监测

    目的 分析三峡库区重庆段二期蓄水前后钩端螺旋体病(钩体病)的流行病学特征变化,了解钩体菌型谱和优势菌型,防止钩体病疫源地向三峡库区和长江下游地区扩散.方法 选择长寿区和丰都县为监测点,开展钩体病传染源监测,用显微镜凝集试验(MAT)检测患者、健康人群及耕牛血清抗体.结果 三峡库区蓄水前后均有散发钩体病例.2001-2005年总蓄水前和蓄水后鼠密度的差异无统计学意义(χ2=1.00,P>0.05).蓄水前优势鼠种为褐家鼠,蓄水后为鼩鼱.鼠带菌率为1.72%(10/583),与PCR检测阳性率(16.51%)差异有统计学意义(χ2=51.80,P<0.01).患者血清钩体抗体阳性率为73.33%(33/45),血清群以澳洲群为主.健康人群钩体抗体阳性率为26.84%(233/868),流行前期阳性率(23.85%)与流行后期(29.86%)比较,差异有统计学意义(χ2=3.99,P<0.05).牛血清钩体抗体GMRT为1∶29.97,优势菌群为拜伦群.结论 三峡库区二期蓄水后未出现钩体病流行,蓄水前后鼠密度无明显变化,但优势鼠种发生了变化,主要流行菌群为澳洲群,人群自然感染免疫水平较低,是钩体病潜在的流行地区.

    作者:龙江;汪新丽;贾庆良;李勤;毛德强;吴国辉;韩力苏;季恒清 刊期: 2007年第04期

  • 国家监测点2005年志贺菌菌型分布和药敏结果分析

    目的 分析2005年国家监测点志贺菌菌型分布和药敏结果.方法 用WHONET 5.4软件对国家监测点的志贺菌药敏试验结果(K-B纸片扩散法)进行统计分析.结果 ①福氏志贺菌为常见,占75.5%;其次为宋内志贺菌,占24.4%.②志贺菌分离株对四环素和氨苄西林的耐药率均超过90.0%;对头孢噻肟的耐药率低,为6.1%.③志贺菌分离株的多重耐药情况较为严重,五重及其以上的多重耐药率占54.9%.④不同省份志贺菌优势菌型和耐药谱有差异.结论 志贺菌的耐药现状不容乐观,三代头孢菌素仍是治疗志贺菌感染的较好选择.志贺菌优势菌型和药敏特征需要连续监测,才能及时了解病原特点.

    作者:余华丽;常昭瑞;张立实;张静;李振军;徐建国;冉陆 刊期: 2007年第04期

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    目的 对住院缺血型脑卒中患者进行随访,描述患者病后生存状况,并分析影响死亡的危险因素.方法 回顾性收集2002年1月至2005年6月第四军医大学西京医院神经内科确诊的617例连续性缺血型脑卒中病例,采用电话、信访等方式随访患者的生存状况及死亡原因,2006年1月完成随访工作.应用Kaplan-Meier法进行生存率分析,采用Cox比例风险回归模型对影响患者死亡的危险因素进行单因素和多因素分析.结果 随访时间长47个月,失访59例(9.5%).随访期间死亡80例,其中缺血型脑卒中60例,脑出血3例,心脏病10例,其他死因7例,中位生存时间42.16月.患者1、2、3年生存率分别为91.9%、89.4%、85.3%.单因素及多因素Cox比例风险模型显示,影响缺血型脑卒中患者死亡的主要危险因素有:高龄(RR=1.043,95% CI:1.013~1.074),Glasgow评分低(RR=0.855,95% CI:0.742~0.985),意识水平差(RR=4.085,95% CI:2.128~7.844)和存在并发症(RR=1.765,95% CI:1.108~2.812).结论 高龄、Glasgow评分低、意识水平差和存在并发症是缺血型脑卒中患者死亡的主要危险因素.

    作者:刘学东;龙泳;段利平;曹卫东;吕亚丽;王波;阎永平;徐德忠 刊期: 2007年第04期

  • G蛋白β3亚单位825C/T多态性与原发性高血压关系的多因素分析

    近年来,关于GNB3基因825C/T单核苷酸多态性(SNP)与原发性高血压(EHT)关系研究所得到的结论不一[1,2],因此两者的关系尚未确定;已进行的研究多局限于单纯地分析SNP与高血压的关系方面,没有考虑到其他因素的影响及混杂因素的控制.本研究从遗传学和流行病学两方面入手,在考虑多因素共同作用的基础上来分析GNB3基因825C/T SNP与EHT的发生是否有关.

    作者:盖小群;时景璞;赵彦艳;戴书萍;付凌雨;李辉;赵峰;王文利 刊期: 2007年第04期

  • 83例黑热病临床特征及流行病学分析

    黑热病是由杜氏利什曼原虫引起、经白蛉传播的慢性地方性传染病.目前该病内陆地区已经少见,新疆喀什地区特别是疏附县佰什克拉木乡近年仍高发,严重威胁着当地人民的健康.

    作者:李民;王文靓;阿不力克木;苏桂华;海仁姑;冯春红 刊期: 2007年第04期

  • 居室内毒素含量与儿童过敏性哮喘相关性调查

    目的 了解居室内毒素含量对儿童过敏性哮喘患病率的影响.方法 向安徽省安庆、淮南地区2986名8或12岁在校儿童父母发放哮喘标准调查表,动态浊度法检测儿童床铺尘内毒素含量,放射性变应原荧光酶免疫吸附实验(RAST-FEIA)检测其血清中特异性IgE(sIgE)含量.结果 终具有完整资料儿童为904人,居室内毒素含量与儿童过敏性哮喘患病率呈负相关(OR=0.48,95% CI:0.32~0.72,P<0.05),与过敏性致敏呈负相关(OR=0.65,95% CI:0.49~0.94,P<0.05),与非过敏性哮喘及哮鸣无显著相关.与正常人群相比,过敏性致敏、哮鸣、哮喘者的内毒素水平显著升高(M-W U 15 138.0,P<0.01;M-W U 4858.0,P<0.01;M-W U 4041.0,P<0.01).结论 居室内毒素的早期暴露可能是预防儿童过敏性哮喘及致敏产生的保护因素之一.

    作者:胡东;张荣波;吴静 刊期: 2007年第04期

  • H3N2亚型人甲型流感病毒HA1序列进化正向选择位点研究

    目的 筛选H3N2亚型人甲型流感病毒红细胞凝聚素(HA1)序列中的正向选择位点,为进一步揭示流感病毒的变异规律.方法 从NCBI GenBank和流感数据库中下载甲型流感病毒H3亚型RNA4节段序列,用两步聚类法将全部序列分为6个年代类别,使用固定效应似然比检验模型分别筛选每一类中的正向选择位点,并使用两步聚类法归纳所筛选出位点的正向选择压力变化模式.结果 各年代类别筛选出的正向选择位点不完全相同,共有50个位点在进化过程中经历过正向选择,其中有42个位点属于5个抗原决定簇之一,A、B抗原决定簇在各年代均有较多的位点入选,且承受较大的免疫选择压力.50个位点可被归纳为7种变化模式,前6种模式的位点依次在某一个时间段存在正向选择,第7种模式则在多个年代中均存在正向选择.结论 分析结果提示流感病毒HA1序列在进化过程中的正向选择位点并非恒定,而是在不同年代中存在更替趋势.抗原决定簇A、B的变异在流感进化过程中起关键作用,8个位于非抗原决定簇正向选择位点有可能是未被识别的抗原决定簇位点.

    作者:许慧琳;张文彤;赵耐青;姜庆五 刊期: 2007年第04期

  • 严重急性呼吸综合征康复病例血清中和抗体三年追踪观察

    目的 了解严重急性呼吸综合征(SARS)康复病例病后3年血清中和抗体水平及其变化规律,为SARS疫苗的研制和使用决策提供理论依据.方法 对SARS康复病例进行随访,分别采集病后第5个月、第20个月和第35个月的血清,每份血清标本均采用间接酶联免疫吸附试验(ELISA)和微量中和试验二种方法进行血清SARS-CoV特异性抗体的检测.中和抗体效价采用Reed-Muench方法计算.3个时间点中和抗体效价的趋势分析采用对数转换后的数据进行重复测量方差分析.结果 分别采集到病后第5个月、第20个月和第35个月的血清标本13份、17份和13份,采用ELISA法检测的抗体阳性率分别为100%、82.4%和84.6%,而采用中和试验法检测的中和抗体阳性率均为100%,中和抗体效价依次为1∶43(1∶16~1∶203)、1∶36(1∶17~1∶59)和1∶21(1∶10~1∶39),其差异具有统计学意义(F=60.419,P<0.001).病后第35个月时有30.8%(4/13)的病例血清中和抗体效价高于1∶36,但另有30.8%(4/13)的病例血清中和抗体效价等于或略高于1∶10(临界水平1∶8).结论 SARS病例血清中和抗体至少可持续3年,但中和抗体效价随康复时间延长呈逐渐下降趋势;血清中和抗体效价个体差异较大,病后第35个月时部分病例的血清中和抗体效价已降至较低水平,何时完全消失尚需进一步追踪观察.

    作者:谢淑云;曾光;夏时畅;张泮河;尹卫东;刘碧瑶;杨仕贵;曹务春 刊期: 2007年第04期

  • 宁夏固原市原州区部分健康人群流行性脑脊髓膜炎抗体水平检测分析

    为及时掌握宁夏回族自治区固原市原州区人群脑膜炎奈瑟菌抗体水平,预防流行性脑脊髓膜炎(流脑)发生和流行,用整群抽样方法对固原市原州区健康人群分年龄组进行抽样检测;于2006年4月分别在原州区三营镇、张易镇、头营镇、河川乡、开城镇、中河乡按照0~、5~、10~、15~、25~、35~、45~岁7个年龄组随机采集血标本,每个年龄组抽检30人,共210人,分离血清,-20℃保存待检.

    作者:张志军;王东辉;陈学军 刊期: 2007年第04期

  • 云南省1997-2000年及2004年非脊髓灰质炎肠道病毒分子生物学及流行特征分析

    目的 描述云南省1997-2000年及2004年5年的肠道病毒(EV)分离状况及型别特征.方法 5年在急性迟缓性麻痹病例中共检测到210株非脊髓灰质炎(脊灰)肠道病毒(NPEVs),其中12株经血清学鉴定为腺病毒.剩余198株经基因测序定型,即病毒VP1区基因序列转变为氨基酸序列后与标准株进行比较.结果 经分子生物学定型:人类EV-A组5株(5个血清型)、EV-B组158株(34个血清型)、EV-C组32株(6个血清型)、未分离到EV-D组病毒.在急性迟缓性麻痹病例监测中,210个分离株,EV-B组病毒占75.2%,为主要型别;EV-C组占12.2%,腺病毒占5.7%,EV-A组占2.4%.结论 云南省EV的流行中,以EV-B组较多.

    作者:田炳均;吴燕;张东华;何丽芳;丁峥嵘;陆林 刊期: 2007年第04期

  • 如何撰写高质量的流行病学研究论文第六讲非随机对照试验研究报告规范——TREND介绍

    循证公共卫生决策不仅要采用随机对照试验的结果,也经常用到非随机对照研究的数据.严格评价非随机对照设计同样有赖于充分、准确的研究报告.本文介绍非随机对照设计报告规范(transparent reporting of evaluations with nonrandomized designs,TREND)清单的内容,并对一些重要条目进行详细说明.

    作者:罗晓敏;詹思延 刊期: 2007年第04期

  • 鲍曼不动杆菌碳青霉烯酶基因型及分子流行病学研究

    目的 研究宁波地区3家综合性医院临床分离亚胺培南耐药鲍曼不动杆菌的耐药性、同源性及碳青霉烯酶基因型.方法 收集宁波市李惠利医院、宁波市第一人民医院、宁波市第二人民医院碳青霉烯类抗生素耐药鲍曼不动杆菌28株.琼脂稀释法和E-test法测定14种抗菌药物的小抑菌浓度值;脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析菌株同源性;PCR及克隆测序分析碳青霉烯酶基因型.结果 28株鲍曼不动杆菌对多粘菌素E耐药率低为4.7%,头孢哌酮/舒巴坦为87%,其余抗菌药物耐药率均高于90%耐药.PFGE分型共分为4型,以A、B两型为主.28株鲍曼不动杆菌中均产OXA-23碳青霉烯酶基因,未检测到VIM、IMP型金属酶基因.结论 宁波地区碳青霉烯抗生素耐药鲍曼不动杆菌均产OXA-23型碳青霉烯酶,3家医院均有克隆播散流行.

    作者:裘莉佩;潘登;徐炜烽;周华;魏泽庆;俞云松 刊期: 2007年第04期

  • 广西壮族自治区吸毒人群血清抗-HIV阳性及其与ABO血型关系分析

    ABO血型反映不同个体不同内在遗传特性,可影响某些疾病的易感性.为探索抗-HIV与ABO血型分布关系,对2005年广西壮族自治区(广西区)某2所劳教所广西籍在押吸毒人员进行了相关调查.2所劳教所广西籍吸毒人员抗-HIV阳性273例,男性225例,女性48例.血清抗-HIV阴性对照人群与血清抗-HIV阳性者源于同一人群.血检证实抗-HIV阴性共1841人,其中男性1104人,女性737人.抗-HIV检测为ELISA法,初筛阳性送广西区疾病预防控制中心HIV确证实验室确证.ABO血型常规鉴定.

    作者:刘海燕;栾苑;覃巍巍;卢毅;张明德 刊期: 2007年第04期

  • 成人接种乙型肝炎疫苗后细胞免疫应答的动态变化

    目的 探讨人体接种乙型肝炎(乙肝)疫苗后细胞免疫的动态变化,了解疫苗介导的细胞免疫应答与体液免疫应答的关联.方法 8例成人按0、1、2月程序接种乙肝疫苗,于首针免疫后3、8、21、34和65 d采静脉血,分离外周血单个核细胞(PBMC),对PBMC进行细胞分选,获得纯度95%以上的CD4+和CD8+ T淋巴细胞,应用酶联免疫斑点法(ELISPOT)测定PBMC、CD4+和CD8+ T淋巴细胞体外刺激后所产生的细胞因子IFN-γ、IL-2和IL-4的斑点数(SFC),并收集乙肝疫苗免疫前(0 d)和免疫后3、8、21、30、34、60、65和150 d血样,测定乙肝表面抗体(抗-HBs).同时设立阴、阳性对照各2例.结果 人接种乙肝疫苗后,CD4+、CD8+ T淋巴细胞产生不同细胞因子趋势和强度不同:IFN-γ(由CD8+、CD4+ T淋巴细胞产生)出现较早,且较为稳定,而CD4+ T淋巴细胞产生的IL-2和IL-4出现较晚,但其升高与第2、3针乙肝疫苗免疫有关;免疫后IL-4阳转率与抗-HBs阳转率呈显著正相关,IL-2、IL-4的SFC与抗-HBs滴度也呈显著正相关.结论 成人接种乙肝疫苗后可早期检测出以IFN-γ为主的细胞免疫,IL-4和IL-2阳转与抗-HBs升高有关.

    作者:胡忠玉;朱凤才;何鹏;刘社兰;张瑞;方鑫;翟祥军;邱少辉;梁争论;汪华;李河民;庄辉 刊期: 2007年第04期

  • 江苏省农村地区儿童乙型肝炎疫苗免疫效果及其影响因素研究

    目的 探讨江苏省农村地区儿童接种乙型肝炎(乙肝)疫苗后免疫效果及其影响因素.方法 采用多阶段分层随机整群抽样方法,抽取江苏省农村地区在实施乙肝疫苗计划免疫后出生的农村儿童为研究对象,检测HBsAg、抗-HBs标志,对抗-HBs阴转儿童进行不同种类疫苗的加强免疫,并分析HBsAg阳性儿童乙肝病毒(HBV)感染的危险因素.结果 2522名1~7岁儿童中HBsAg阳性率在0.28%~1.28%之间,抗-HBs随年龄增加而逐渐下降,由1岁时的76.7%降至7岁时的45.5%;出生时未及时接种乙肝疫苗的儿童的HBV感染率显著高于及时接种儿童(1.4%∶0.5%,P=0.031);应用不同剂量疫苗加强免疫后,抗-HBs阳转率均为90%以上.结论 江苏省农村地区计划免疫适龄儿童人群的HBsAg阳性率为0.28%~1.28%,平均为0.8%,儿童中HBV感染主要为母婴传播,并与未及时接种乙肝疫苗有关.

    作者:翟祥军;汪华;朱凤才;余家席;陈胤忠;邱祥鹏;顾善坤;刘社兰;秦黎明;梁争论;庄辉 刊期: 2007年第04期

  • 广西壮族自治区133例艾滋病患者抗病毒治疗效果评价

    目的 了解广西壮族自治区部分艾滋病感染者抗病毒治疗后免疫功能恢复与病毒抑制效果.方法 2004年7月至2005年10月在广西南宁与柳州地区招募接受抗病毒治疗时间>3个月的艾滋病患者133例,并在同一地区选择感染时间接近、尚未接受抗病毒治疗感染者58例作为对照.通过专业问卷,了解抗病毒治疗患者服药依从性;采集患者的EDTA抗凝静脉血,通过CD4+ T淋巴细胞计数与病毒载量测定,了解免疫重建与病毒抑制情况;通过基因型耐药性检测分析抗病毒治疗人群与未治疗人群中HIV-1耐药性毒株的发生情况.结果 在接受抗病毒治疗人群中,约有70.69%患者的CD4+ T淋巴细胞明显回升,23.28%患者CD4+ T细胞未有明显变化,6.03%的患者CD4 T细胞计数明显下降;比较治疗与未治疗人群病毒载量水平,接受治疗人群载量对数均值(1.834±0.853)显著低于未治疗人群(3.621±1.121)(P<0.05),治疗人群中67.91%的患者病毒载量水平低于检测限;治疗人群中耐药性发生率(11.90%)与未治疗组(11.63%)无明显差异.结论 广西地区实施的抗病毒治疗对免疫系统重建、体内病毒的抑制具有明显作用;耐药性流行情况在治疗与未治疗人群中无明显差异.

    作者:李韩平;刘伟;刘海霞;梁淑家;鲍作义;刘永建;庄道民;刘思扬;李林;李敬云 刊期: 2007年第04期

  • 某部队军营内一起肺炎支原体感染暴发调查

    2006年6月,驻上海某部队军营内发生一起肺炎支原体呼吸道感染暴发,13例患者均为男性战士,年龄18~21岁,病例居住在同一幢四层楼内,一至四层楼各有9、2、1和1例,该楼共住442人.一和二、三和四层楼的战士生活起居与训练都在一起,均无野外居住或禽类接触史.2006年6月9和12日分别有8例和5例因发热入院.入院后即进行血清冷凝集试验、上呼吸道常见病原体IgM抗体检测(西班牙Bircell公司试剂盒);咽漱液进行PCR常规检测上呼吸道病原体核酸(上海宝生生物技术有限公司试剂盒);检测均由上海市疾病预防控制中心完成.入院时和治疗中对全部病例进行胸部X线和螺旋CT扫描检查.应用SPSS 13.0统计软件进行分析.

    作者:陆月明;韩易;秦玉波;丁小丽 刊期: 2007年第04期

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    目的 建立空肠弯曲菌、结肠弯曲菌多重聚合酶链反应(m-PCR)鉴定方法,并对菌株毒力相关基因cadF、virB11、flaA、cdtA、cdtB、cdtC的分布进行初步分析.方法 利用m-PCR的方法对经过传统生物化学方法鉴定的65株弯曲菌进行鉴定,并通过空肠弯曲菌特异基因hipO、结肠弯曲菌glyA基因特异片段的PCR扩增对鉴定的结果进一步验证;利用特异引物PCR方法初步分析其毒力、毒素相关基因cadF、virB11、flaA、cdtA、cdtB和cdtC的分布.结果 m-PCR扩增结果发现65株不同来源的弯曲菌,42株为空肠弯曲菌,23株为结肠弯曲菌.hipO、glyA基因PCR扩增结果与m-PCR扩增结果一致.16.9%菌株PCR鉴定结果与传统的生物化学鉴定结果不一致.100%(65/65)菌株cadF、flaA基因阳性,并且PCR扩增片段大小一致.virB的阳性率为10.8%(7/65),其中空肠弯曲菌阳性率11.9%(5/42),结肠弯曲菌阳性率为8.7%(2/23).空肠弯曲菌、结肠弯曲菌cdtA的阳性率分别为100%(42/42)和78%(18/23);空肠弯曲菌cdtB扩增的的阳性率为97.6%(41/42),而23株结肠弯曲菌扩增结果均为阴性;空肠弯曲菌、结肠弯曲菌cdtC的阳性率皆为100%,但PCR扩增产物大小不一致,空肠弯曲菌为555 bp,结肠弯曲菌约为465 bp.结论 m-PCR的方法可以有效的对空肠弯曲菌和结肠弯曲菌进行属内分型.中国菌株细胞溶涨毒素基因簇cdt基因的特征与文献报道国外菌株存在差异.

    作者:张茂俊;顾一心;冉陆;张建中 刊期: 2007年第04期

中华流行病学杂志

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