学术投稿

汉族人群caspase10基因中存在一个新的微卫星位点

叶月芳;周韧;毛峥嵘;张伟

关键词:caspase10基因, 单核苷酸多态性, 微卫星
摘要:目的检测汉族人群caspase10基因(CASP10)编码区外显子及剪接区域的多态性位点,研究CASP10基因与多基因复杂疾病的关联性.方法采用聚合酶链反应(polymerase chain reaction, PCR)、变性高效液相色谱技术(denaturing high-performance liquid chromatography, DHPLC)、直接测序及克隆测序技术检测CASP10基因第9外显子及其部分侧翼序列.结果 CASP10基因第9外显子在本人群70例血样本中未检测到存在于其他人群中已知的单核苷酸多态(single nucleotide polymorphism, SNP),但初步发现在第8内含子中靠近第9外显子处存在连续重复的单核苷酸T,且T的数目在不同的个体中存在差异.测序分析显示该处为一单核苷酸重复序列,提示该位点为一单核苷酸重复微卫星位点.经比较现存的基因组数据库,先前未有类似报道.进一步采用高保真酶扩增及测序都证实同样结果.用DHPLC法检测了70例浙江汉族人群血样本,结果均呈杂合状态,暂命名为IVS8-13(T)n.结论我们的结果提示汉族人群中该位点为一杂合度较高的单核苷酸重复的微卫星位点.这一结果与NCBI的dbSNP数据库中公布的该位点为一缺失型的SNP不同,提示这一位点的遗传差异可能与种族相关.汉族人群CASP10基因中存在的这个微卫星的意义还有待于深入研究.
中华医学遗传学杂志相关文献
  • 兰州地区汉族人群HLA-A、B和DRB1等位基因多态性分析

    目的分析兰州地区汉族人群HLA-A、B和DRB1位点等位基因多态性特点.方法采用序列特异性引物聚合酶链反应技术对兰州地区200名健康无血缘关系的汉族个体HLA-A、B和DRB1基因座进行分型,并与西北、北方和南方汉族、西北回族、维吾尔族和藏族人群进行比较.结果兰州汉族人群中HLA-A基因座共检出14个等位基因,以A*02,A*11,A*24,A*33,A*30,A*01和A*31基因常见;HLA-B基因座共检出32个等位基因,以B*40,B*15,B*46,B*13,B*51,B*60,B*58和B*44基因为常见;HLA-DRB1基因座共检出13个等位基因,多见的基因依次为DRB1*09,DRB1*15,DRB1*12,DRB1*04, DRB1*11,DRB1*07,DRB1*08和DRB1*14,接近北方汉族而与南方汉族有差异,与西北回族无明显差异,但与西北维吾尔族和藏族差异有统计学意义.结论兰州地区汉族人群HLA-A、B和DRB1位点等位基因多态性与南、北汉族人群存在不同程度的差异,与西北维吾尔族和藏族差异显著.

    作者:李彩丽;唐朝晖;方丽华;李元荣;苏海翔;魏虎来 刊期: 2006年第01期

  • 常染色体显性视网膜色素变性一大家系

    先证者(Ⅴ6) 女,32岁.3岁开始发现夜晚不能辨别物体,渐进性视力下降20多年,自述生第2个孩子后发现视力严重下降.1年前入院检查,发现双眼视力均为0.06,不能矫正,视野缩小.

    作者:王旭;崔欣;郭建立;刘静宇;王擎 刊期: 2006年第01期

  • 染色体异常核型二个家系四例

    家系1 先证者,男,32岁,结婚8年,因其儿子染色体核型异常来院检查.平素体健,表型、智力均正常,无吸烟、饮酒等不良嗜好,否认有家族性遗传病史,夫妇非近亲婚配,妻子无流产史,孕期无患病及有害物质接触史.常规外周血染色体G带检查, 其核型为46,XY,dup(9)(pter→ p11∷q13→q10→qter).妻子染色体核型正常.

    作者:宋欣;金志刚 刊期: 2006年第01期

  • 46,XX,t(3;6)(q23;p24)伴习惯性流产一例

    患者女,26岁,结婚4年,怀孕3胎,均于孕1~2月自然流产.妇科检查正常,夫妻双方体健,无药物及毒物接触史,表型、智力正常,非近亲结婚.细胞遗传学检查:外周血培养、制片、G显带分析,患者核型为46,XX,t(3;6)(3pter→3q23∷6p24∷→6pter;6qter→6p24∷3q23→3qter).丈夫染色体核型正常.患者父母非近亲结婚,无不良生育史.有兄长2人均已婚,并生育正常子女.

    作者:何吉娟 刊期: 2006年第01期

  • 提高窖蛋白基因扩增特异性的逆转录聚合酶链方法

    目的建立一种可消除逆转录聚合酶链反应(reverse transcriptase-polymerase chain reaction, RT-PCR)中非特异条带生成,提高逆转录聚合酶链反应精确度的PCR体系.方法近作者报道了硫化修饰的引物结合具有校正活性聚合酶可提高PCR反应特异性,但其抑制非特异性扩增的效率有待进一步验证和精确测定.用小鼠窖蛋白1(caveolin-1,Cav 1)中1对引物,ECV304细胞、HepG2细胞、小鼠肝、主动脉血管组织逆转录cDNA以及含人窖蛋白基因的倍比稀释质粒为模板,比较普通RT-PCR反应与硫化修饰引物结合不同校正活性聚合酶对非特异性扩增的抑制效率.结果引物3′末端硫化修饰结合具有校正活性的聚合酶可特异性关闭PCR反应中引物3′末端与模板非特异结合而引起的非特异性扩增,只允许引物3′末端与模板完全匹配的延伸反应得以进行.与普通PCR反应相比,能有效抑制50 μL体系中,50 ng约含2×104不匹配模板拷贝数的非特异扩增.结论引物3′端引入抗酶切的硫化修饰后,引物与模板非特异结合将由于校正活性聚合酶长期停留在试图纠正引物与模板不一致状态而得不到有效延伸,提高了PCR反应的特异性.

    作者:徐阳炎;杨慧龄;游咏;覃丽;涂剑 刊期: 2006年第01期

  • 血红蛋白H病合并遗传性椭圆形红细胞增多症一例

    患者女,26岁,未婚.因反复头昏、乏力,巩膜黄染20余年入院.查体:体温36.4℃,脉搏84次/分钟,呼吸21次/分钟,BP 105/70 mmHg,神志清楚,发育正常,营养较差,慢性贫血面容.皮肤未见出血点、皮疹,巩膜黄染.浅表淋巴结无肿大,双肺无口罗音.腹软,肝肋下未触及,脾肋下1.5 cm.无传染病、放射线密切接触史.

    作者:张水生;刘秋莲;陈世林;王晓莉;胡友长;刘光金;程怿 刊期: 2006年第01期

  • A2M基因多态性与帕金森病和特发性震颤的关联

    目的探讨α2-巨球蛋白基因(α2-macroglobulin gene, A2M)第24外显子1000G/A及第18外显子5′端剪接点5个碱基插入/缺失(insertion/deletion, I/D)多态与中国北方帕金森病(Parkinson's disease,PD)和特发性震颤(essential tremor,ET)的关联. 方法应用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性方法,对87例PD、73例ET和100名健康对照者 A2M G/A和I/D两个位点的基因型和等位基因分布频率进行检测. 结果 (1) A2M基因G/A位点基因型和等位基因分布,在PD与ET、对照组间差异有统计学意义 (P<0.05),PD组的G等位基因和GA基因型明显高于ET、对照组(P<0.05);而ET与对照组间相比,差异无统计学意义 (P>0.05).(2) A2M基因I/D位点基因型和等位基因分布, 在PD、ET、对照组间差异无统计学意义 (P>0.05). 结论 (1) G/A位点多态与PD的发病有关联,G/A位点多态与ET无关. (2)I/D位点多态与中国北方PD、ET无关.

    作者:肖颖;张本恕 刊期: 2006年第01期

  • 新的HLA-DRB1等位基因DRB1*1212的核苷酸序列分析

    目的验证一个新的HLA等位基因HLA-DRB1*1212的序列. 方法采用盐析法抽提样本基因组DNA,利用HLA-DRB1组特异性引物PCR扩增先证者HLA-DRB1等位基因的第2外显子,PCR产物经割胶回收后进行测序分析,通过聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针方法验证测序发现突变点.结果先证者有两个HLA-DRB1等位基因,其中一个为HLA-DRB1*090102,另一个HLA-DRB1等位基因,经BLAST验证为新的等位基因,新的等位基因序列已递交GenBank(AY899825).与接近的DRB1*120101等位基因序列相比,新的等位基因仅在第2外显子上有1个核苷酸不同,即第199位A→C,导致第67位氨基酸Ile→Leu. 结论该等位基因为新的HLA-DRB1等位基因,被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-DRB1*1212.

    作者:朱发明;章伟;吕沁风;何吉;王炜;韩浙东;严力行 刊期: 2006年第01期

  • 绒毛培养法检出20三体一例

    患者女,37岁,平素月经规律,末次月经2005年5月14日,曾于2005年6月25日、7月13日及7月21日先后3次行超声检查显示:宫内妊娠,未见明显胎心搏动.胚胎未随停经时间的增长而相应发育,考虑胚胎已停止发育,来我院遗传门诊就诊,要求查明自然流产原因.

    作者:潘敏;胡舜妍;易翠兴;廖灿 刊期: 2006年第01期

  • 广东汉族人群HLA-B基因多态性研究

    目的调查广东汉族人群HLA-B位点基因多态性,比较不同人群HLA-B等位基因频率分布特征. 方法应用测序技术测定562名广东汉族人HLA-B位点第2、3、4外显子序列,比对数据库得到分型结果,计算HLA-B等位基因频率并与不同人群进行比较. 结果共检测到59种HLA-B等位基因,其中6种等位基因频率≥5%,分别是HLA-B*4601(14.5%),HLA-B*400101(14.4%),HLA-B*1502(11.5%),HLA-B*1301(8.6%),HLA-B*5801(8.1%)和HLA-B*380201(6.4%).这6种等位基因的等位基因频率合计为63.5%.同时,检测到30种等位基因频率<0.5%的HLA-B等位基因,这30种等位基因的等位基因频率合计为4.9%.广东汉族人群HLA-B等位基因频率总体分布与中国香港华人、新加坡华人比较差异无统计学意义(P>0.05),但与日本人比较差异有统计学意义.结论分析了HLA-B基因在广东汉族人群中的分布特征,提供了较完整的HLA-B等位基因频率分布资料,为遗传学及疾病相关性等研究提供了重要的参考数据.

    作者:李焱;汤雪薇;吴洁莹;袁思敏;杨昕;黄以宁;廖灿 刊期: 2006年第01期

  • 湖北汉族人群TIM-3基因多态性与变应性哮喘的相关性

    目的分析湖北地区汉族人群T细胞免疫球蛋白域粘蛋白域蛋白-3(T cells immunoglobulin domain and mucin domain protein-3,TIM-3)启动子区-1541 C/T和-574 G/T单核苷酸多态性,探讨其与支气管哮喘易感性之间的关系.方法分别采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性和等位基因特异性聚合酶链反应检测湖北地区153例哮喘患者和130名健康者TIM-3启动子区-1541 C/T和-574 G/T的单核苷酸多态性,计算基因型和等位基因频率.结果 (1)湖北地区健康人群TIM-3启动子区-1541位CC、CT和TT基因型频率分别是0.961、0.039和0,而哮喘人群其频率分别为0.935、0.065、0,其基因型和等位基因频率均与对照组差异无统计学意义(P=0.314,P=0.321);(2)湖北地区健康人群TIM-3启动子区-574位GG、GT和TT基因型频率分别是0.992、0.008和0,而哮喘人群频率分别为0.941、0.059、0,其基因型和等位基因频率均与对照组差异有统计学意义(P=0.046,P=0.048).结论湖北汉族人群TIM-3启动子区存在多态性变异,其中-574 G/T单核苷酸多态性可能与湖北地区汉族成人变应性哮喘易感性有关.

    作者:张才成;吴健民;崔天盆;王平;潘世秀 刊期: 2006年第01期

  • 北京地区人群HLA-A、B、DRB1的聚合酶链反应-直接测序分型研究

    目的调查北京人群人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA) -A、B、DRB1的基因多态性,获得完整准确的遗传学数据.方法应用聚合酶链反应-直接测序分型(polymerase chain reaction sequence-based typing,PCR-SBT)法对北京地区人群中618名健康无关个体进行HLA-A、B、DRB1基因座高分辨分型.结果检出HLA-A、B、DRB1的基因型数和等位基因数分别为199和84、366和143、286和122,这3个基因座分布均符合Hardy-Weinberg平衡定律(P>0.05).结论从基因水平分析了北京地区HLA-A、B、DRB1基因座的群体分布特征,提供了一套比较完整准确的HLA-A、B、DRB1等位基因频率、基因型频率, 为器官移植的供体选择、法医学个体认定、HLA与疾病相关性及人类学等研究提供了重要的参考数据.

    作者:邓亚军;杨光;吴东颖;胡松年;李生斌;朱军;朱波峰;刘耀 刊期: 2006年第01期

  • 12q部分三体综合征二例

    患儿女,新生儿.系第1胎,孕42周顺产,Apgar评分8分-9分-9分(1 min-5 min-10 min),羊水混浊Ⅲ°.查体:出生体重2315 g.身长45 cm,头围32 cm,胸围31 cm.前额凸,眼距宽,眼裂小,鼻梁扁,小颌,后颈赘皮,躯体前屈,不能仰卧,双上肢、双下肢屈曲,被动活动不能完全伸展,双下肢交叉呈剪刀步态状,双手通贯手.

    作者:李红妩 刊期: 2006年第01期

  • 江西地区1090例先天愚型的染色体分析

    唐氏综合征(Down's syndrome)又称先天愚型,是小儿智能发育不全常见的一种临床类型,也是儿童常见的一种染色体异常综合征.我们对1090例经染色体分析确诊的先天愚型进行核型及相关因素分析.

    作者:张晓珍;霍晓春;余继英;钟立群;饶兆英 刊期: 2006年第01期

  • 46,XY,t(13;20) 伴自然流产

    患者男,26岁.其妻自然流产3次,现怀孕80多天阴道流血,B超显示胚胎停止发育而就诊.查体:身高168 cm,体重59 kg.表型及智力正常.细胞遗传学检查,分别抽取患者夫妇外周血进行细胞培养,G显带分析.患者核型为46,XY,t(13;20) (13pter→13q22∷20q13→20pter;20pter→20q13∷13q22→13pter).其妻核型正常.

    作者:张万兴;李玲;胡少华;罗文华 刊期: 2006年第01期

  • 马凡氏综合征并主动脉夹层动脉瘤破裂一例

    患者男,37岁,因活动突发剧烈胸、背、腹、腰部疼痛10天入院.疼痛自胸部开始,逐渐延伸至下腹部,伴呼吸困难.其母年轻时猝死,死因不详.查体:脉搏128次/分,呼吸24次/分,血压128/23 mmHg,瘦长体形,身高1.80 m,端坐呼吸,视力正常,口唇发绀,颈动脉搏动明显,双肺散在干罗音,双肺底湿罗音.

    作者:赵玉娟;于汉力;王银燕 刊期: 2006年第01期

  • X染色体上六个短串联重复序列基因座遗传多态性研究

    目的研究陕西西安汉族人群6个位于X染色体上的短串联重复序列:DXS7130、DXS1214、DXS6799、DXS6804、DXS7424和DXS7133等位基因及基因型频率分布.方法随机抽取陕西西安汉族118名女性和90名男性无关个体静脉血,提取DNA,PCR扩增,变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,银染检测结果.结果在6个基因座中,DXS7130、DXS6799、DXS6804、DXS7424和DXS7133分别检出9个、6个、6个、7个和7个等位基因;分别检出21、14、15、17和12种基因型;基因频率分别分布在0.0112~0.4101、0.0160~0.4840、0.0050~0.3713、0.0053~0.3632和0.0059~0.5235之间,DXS1214检出8个等位基因,基因频率分布在0.0104~0.3161之间;此6个位点女性的基因型频率分布均符合Hardy-Weinberg平衡.结论此6个X染色体短串联重复序列位点有较高的个体识别率,在个体识别和女孩的亲权鉴定中有应用价值,对疾病相关研究有实际意义.

    作者:冯雪;王艳;樊瑛;余兵;李生斌 刊期: 2006年第01期

  • Hunter综合征患者IDS基因的一个新突变

    目的研究Hunter综合征患者的艾杜糖-2-硫酸酯酶(iduronate-2-sulfatase,IDS)基因的突变情况,为产前基因诊断等打下基础.方法应用尿粘多糖含量检测、聚合酶链反应-变性高效液相色谱(polymerase chain reaction-denaturing high-performance liquid chromatography,PCR-DHPLC)分析对1例Hunter综合征患者及其父母的IDS基因的突变热点第9、3、8外显子进行突变检测, 并对PCR-DHPLC检出的突变样品进行直接测序.结果经PCR-DHPLC分析发现该患者的IDS基因第9外显子有明显异常峰形;DNA序列分析进一步发现该外显子发生一新的移码突变,突变部位在第482位密码子(TTA)内,即cDNA第1569 bp的T后插入了2个T,致使新肽链提前在第483位遇上终止密码TAA,导致新肽链从原来的550个氨基酸缩短至482个.该患儿为这一突变的半合子,而其母为这一突变的杂合子.结论 PCR-DHPLC和DNA序列分析是诊断Hunter综合征的有效方法,发现的移码突变(1569+TT)导致肽链比正常的少了68个氨基酸,从而引起IDS酶活性明显降低,可能是该Hunter综合征患者的致病原因.

    作者:郭奕斌;林群娣;杜传书 刊期: 2006年第01期

  • 男性染色体核型异常三例

    例1 男,25岁,婚后2年妻子未孕.男性第2性征欠佳,无胡须及腋毛.细胞遗传学检查:取外周血常规制备染色体,G显带,观察20个中期分裂相,核型分析10个.染色体核型为:48,XXYY.

    作者:常东;曲颖波;张红秀 刊期: 2006年第01期

  • 家族性10号与21号染色体易位的细胞遗传学研究

    相互易位在各号染色体间均可发生,新生儿的发病频率约1‰~2‰,相互易位仅有位置的改变,没有可见的染色体片段的增减时称为平衡易位,它通常没有明显的遗传效应,然而平衡易位的携带者与正常人婚后生育的子女中,却有可能得到一条衍生的异常染色体,导致某一易位节段的增多(部分三体)或部分(部分单体)减少,并产生相应的临床效应.

    作者:王军荣;刘志婷;关宝杰 刊期: 2006年第01期

中华医学遗传学杂志

中华医学遗传学杂志

主管:中国科学技术协会

主办:中华医学会