学术投稿

临床基因检测报告规范与基因检测行业共识探讨

黄辉;沈亦平;顾卫红;王伟;王一鸣;祁鸣;沈珺;邱正庆;于世辉;周在威;陈白雪;陈蕾;陈云弟;崔欢欢;杜娟;高勇;郭一然;胡婵娟;胡亮;黄颐;李培培;李厦戎;李秀蓉;刘雅萍;卢洁;马端;马永毅;彭嵋;宋昉;孙洪业;汪亮;王大伟;王静敏;王玲;王正远;王志农;吴继红;吴静;伍建;许怡民;姚宏;杨东声;杨旭;杨艳玲;张颖;周裕林;朱宝生;曾思聪;彭智宇;黄尚志

关键词:基因检测, 二代测序, 报告规范, 行业共识
摘要:二代测序技术(next generation sequencing,NGS)在临床的应用为广泛开展遗传病的基因检测、病因诊断、治疗及预防奠定了基础,但同时也伴随着一系列的问题,其中很重要的一个环节就是基因检测报告缺乏统一或基本的标准.首届“临床基因检测标准与规范专题研讨会”于2017年10月28日在深圳召开,来自全国138家机构的250多位遗传学专家、临床专家及第三方检测机构的代表共同探讨了遗传病基因检测报告的标准和规范问题.本文根据此次研讨会专家的意见和建议,就遗传病基因检测报告的原则、规范以及基因检测行业的发展进行了讨论,并发布了临床基因检测报告规范共识,以促进检测报告的规范化和标准化,推进我国基因检测行业的健康有序地发展.
中华医学遗传学杂志相关文献
  • 五例戊二酸血症Ⅰ型患者GCDH基因突变的分子诊断

    目的 探讨5例戊二酸血症Ⅰ型(glutaric acidemia type Ⅰ,GA-Ⅰ)患者的GCDH基因突变情况,为临床诊治提供参考依据.方法 应用Sanger测序法对泉州地区5例GA-Ⅰ患者GCDH基因的所有外显子及侧翼内含子进行测序,并对测得序列进行分析,以寻找可能的致病突变位点.结果 5例患者均检测到GCDH基因突变,共检测到4种突变位点,包括2种错义突变[c.532G>A (p.G178R)、c.533G>A(p.G178E)]和2种移码突变[c.106_107delAC(p.Q37fs*5)、c.1244-2A>C].其中,c.1244-2A>C突变频率高,c.106_ 107delAC为未见报道的新突变,MutationTaster软件预测其为致病性突变.结论 本研究分析了5例戊二酸血症Ⅰ型患者的GCDH基因突变情况,从基因水平上证实了临床诊断,发现1个新的GCDH基因突变位点,丰富了GCDH基因的突变谱.

    作者:林壹明;韩明亚;郑珍珠;林卫华;余科;傅清流 刊期: 2018年第01期

  • 46,XX,t(1;10)一例

    患者女,39岁,G3 P0,因习惯性流产就诊.夫妇身体健康,非近亲结婚,否认遗传病家族史,否认有毒有害物质接触史.细胞遗传学检查:在签署知情同意书后,抽取外周血0.5mL接种至RPMI 1640培养基中,在37℃下培养72 h,在终止培养前60 min加入秋水仙素.常规收获中期分裂相细胞,制片,75℃烤片24 h,胰酶消化,G显带处理并染色.结合Ikaros图像分析软件(德国Zeiss公司)分析染色体核型,计数100个细胞,分析10个核型.根据国际人类染色体命名系统(ISCN2013),患者的染色体核型为46,XX,t(1;10)(10pter→10p13∷1p32→ 1qter;1 pter→1p32∷10p13→ 10qter)(图1),其丈夫染色体核型未见异常,拒绝接受家系调查.

    作者:孙媛;王桂林;邓胜;张玉洁;梁超;王绪华;刘建勇 刊期: 2018年第01期

  • 46,XY,t(1;9)(p13;p22)致男性不育一例

    患者男,30岁.因曾于其他医院诊断为染色体平衡易位携带者,且配偶“流产4次,且孕期均小于8周”来我院复查.患者表型无明显异常,自述存在性功能障碍.精液检查示精子活力差,数量少,且存在形态异常,激素检查未见明显异常,Y染色体微缺失检测未发现缺失.患者配偶体格检查及实验室检查均未见明显异常.患者夫妻为非近亲结婚,否认家族遗传病史,无手术外伤史.在征得其知情同意后,抽取外周静脉血,常规培养染色体,G显带分析,患者核型为46,XY,t(1;9)(9pter→9p22∷1p13→ 1qter;1pter→ 1p13∷ 9p22→ 9qter)(图1).患者妻子核型为46,XX.

    作者:唐思诗;叶远馨;林立;周燕虹 刊期: 2018年第01期

  • 硫胺素转运和激活缺陷及其相关疾病

    硫胺素又称维生素B1,是体内重要的维生素.作为多种酶的辅酶,其活化形式硫胺素焦磷酸(thiamine pyrophosphate,TPP)参与细胞的新陈代谢.硫胺素转运和激活缺陷将导致细胞缺乏硫胺素,影响正常的代谢功能,导致多种疾病.本文就硫胺素转运和激活缺陷及其相关疾病做一综述.

    作者:冼肖英;林发全 刊期: 2018年第01期

  • 一个Waardenburg综合征Ⅱ型家系SOX10基因的突变分析

    目的 对1例Waardenburg综合征Ⅱ型先证者及其家系成员进行SOX10基因的突变分析,探讨其可能的分子生物学致病原因.方法 抽提先证者及其家系成员的外周血基因组DNA,芯片捕获高通量测序方法对MITF、PAX3、SOX10、SNA12、END3和ENDRB基因的全部外显子及其侧翼序列进行检测.根据高通量测序结果,对先证者及其父母进行突变位点的Sanger测序验证分析.结果 Sanger测序结果显示先证者存在SOX10 c.127 C>T(p.R43X)杂合突变,导致SOX10基因第43位编码精氨酸的密码子(CGA)突变为终止密码子(UGA),产生截短蛋白,影响蛋白质功能的正常发挥.经检索人类基因突变数据库,该突变为未报道过的新突变.患儿父母未检测到该突变.结论 先证者SOX10基因c.127C>T(p.R43X)杂合突变可能是其分子生物学致病原因.

    作者:郑雷;闫有圣;陈雪;张钏;张庆华;冯暄;郝胜菊 刊期: 2018年第01期

  • 基于胎儿游离DNA特异性位点的无创产前检测数据的分析

    目的 对基于胎儿游离DNA特异性位点的无创产前检测数据进行分析.方法 对需要分析的染色体进行特异性位点的序列捕获测序,同时选取其他染色体上的600个位点进行胎儿游离DNA的浓度分析.结果 在21和18号染色体上共捕获到768个特异性位点,可用于判断二者是否存在异常.当低检测的胎儿DNA浓度设定为3%、Z值阈值设定为[-6,6]时,分析结果的特异性为99.37%,敏感性为100%.讨论 开发了一种可靠、便利及成本较低的分析方法.利用较少的测序数据进行无创产前检测,可以准确地检测胎儿的21和18号染色体是否存在异常,并同步分析胎儿DNA的浓度.

    作者:宣黎明;孔令印;夏滢颖;冒燕;申静静;祝轶君;薛永峰;孙丹凤;刘慧敏;梁波 刊期: 2018年第01期

  • 46,XY,t(7;13)(q34;q22)一例

    先证者男,27岁,其妻孕2产0,两次均于孕50+天发生胚胎停育.细胞遗传学检查:在获得其知情同意后,抽取双方的外周血样,常规细胞培养,收获制片,G显带分析.先证者核型为46,XY,t(7;13) (7pter→7q34∷13q22→ 13qter;13pter→ 13q22∷7q34→7qter)(图1),其妻核型为46,XX.先证者父母拒绝接受染色体检查.

    作者:封纪珍;魏淑彦;杨会欣;李天洁 刊期: 2018年第01期

  • 应用全基因组测序鉴定一例新发的染色体结构异常

    目的 探讨全基因组测序在鉴定新发染色体结构异常方面的应用价值.方法 应用全基因组测序检测1例外周血染色体核型为46,XY,ins(3)(q21p13p21)的患儿,其异常表型包括眼裂小、睑下垂、鼻梁低平等.结果 全基因组测序提示患儿的染色体断裂发生于3号染色体的55 473 257~78 341 929位置,这段序列插入到了3号染色体136 876 730~138 643 831的位置,所涉及的4个染色体断裂点均发生于基因间区,此外患儿在138 643 831~138 694 476之间的序列发生了缺失,其间包含睑裂狭小-睑下垂倒向型内眦赘皮综合征(blepharophimosis-ptosis-epicanthus inversus syndrome)的重要致病基因FOXL2.结论 染色体结构异常有可能造成断裂处基因的破坏或者在断裂区域发生染色体微缺失.要准确判断其致病性,需要同时进行基因和基因组层面的检测,而全基因组测序已成为其可选的方案.

    作者:张芹;偶健;王玮;冯涛;段程颖;李培培;林春花;李红 刊期: 2018年第01期

  • 不同指征的孕妇外周血胎儿游离DNA产前筛查效力的比较

    目的 比较外周血胎儿游离DNA无创产前检测(non-invasive prenatal testing,NIPT)对于不同指征的孕妇的临床检测效能.方法 选择接受NIPT检测的孕妇10 275例,对胎儿的染色体非整倍体进行全基因组低覆盖检测,对高风险者进一步进行产前诊断,对所有孕妇的妊娠结局进行随访.结果 NIPT检测提示72例胎儿为常染色体非整倍体高风险(21三体57例、18三体14例、13三体1例).经羊水染色体检查,确诊21三体56例,18三体13例,13三体1例.NIPT对于21三体和18三体的阳性预测值分别为98.25%和91.67%,对于高龄、血清学筛查高风险、临界风险以及自愿要求进行检查者的阳性预测值分别为100%、95%、90%和50%.随访发现1例血清学筛查提示21三体为高风险者为假阴性.在确诊的56例21三体中,血清学筛查高风险占55%,高龄占29%,临界风险者占l4%,自愿要求者占2%.结论 NIPT对21三体、18三体和13三体的筛查效果较为理想,可以有效监管高龄孕妇人群,对血清学筛查高风险和临界风险人群取得了很好的二级筛查效果,能够大限度地降低出生缺陷的发生率.

    作者:张玢;潘凌燕;王慧艳;刘建兵;陆蓓亦;陈英苹;龙伟;虞斌 刊期: 2018年第01期

  • 一例皮肤松弛症患儿的临床与遗传学分析

    目的 采用遗传病相关基因外显子测序的方法确定1例皮肤松弛症患儿的致病基因,并对其相关的临床表型及基因型进行总结.方法 收集先证者及其父母的临床资料,首先对先证者进行遗传病相关基因的外显子测序,确定了可能的致病突变,对先证者及其父母进行Sanger测序验证,确定基因突变位点.结果 先证者存在A TP6V0A2基因c.187C>T(p.R63X)杂合突变和c.1189G>C(p.A397P)杂合突变,先证者父母分别携带ATP6V0A2基因c.1189G>C(p.A397P)杂合突变和c.187C>T(p.R63X)杂合突变.结合患儿临床表型,诊断为常染色体隐性遗传皮肤松弛症2A型(autosomal recessive cutis laxa type 2A,ARCL2A).结论 通过遗传学方法确诊了ARCL2A型患儿,总结了ARCL2A患儿的典型临床特征,新突变的发现扩大了ATP6V0A2基因的突变谱.外显子测序可作为诊断复杂遗传病致病基因的重要工具.

    作者:张平平;王昕;高志杰;刘晓雁;陈倩 刊期: 2018年第01期

  • 10例伴15q11q13拷贝数重复的自闭症患者的临床及遗传学研究

    目的 分析伴15q11q13拷贝数重复的自闭症患儿的遗传学特点及基因型-表型对应关系.方法 应用染色体核型分析、染色体微阵列(chromosomal microarray analysis,CMA)和荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)技术联合对患儿及父母进行检测和验证.结果 核型分析提示8例患儿核型均携带标记染色体(supernumerary marker chromosome,SMC),2例患儿核型正常,但CMA结果显示其均在15q11q13区的拷贝数重复(前者为4个重复,后者为3个重复),且均覆盖Prader Willi/Angelman综合征关键区(Prader-Willi/Angelman syndrome critical region,PWACR).通过对其父母进行CMA检测,证实患儿在该区域重复均为新生突变,并应用Chromosome Analysis Suite Software软件对患儿及父母该区域单核苷酸多态性位点进行比对,证实患儿该拷贝数重复片段为母源性,诊断为15q11q13重复综合征.应用该区域特异位点FISH探针对核型分析显示携带SMC的患儿样本进行检测,证实了该SMC即为15q11q13拷贝数重复片段,且为两个拷贝,与CMA检测结果相吻合.结论 联合应用核型分析、CMA和FISH技术对临床10例自闭症患儿做出了诊断,并建立了临床表型与基因型之间的联系.

    作者:王维鹏;胡昌明;毕欣;袁海明 刊期: 2018年第01期

  • Turner综合征患儿额外小标记染色体的来源及形态学特点

    目的 分析Turner综合征患儿额外小标记染色体的来源与形态.方法 对于经过G显带染色体核型分析发现的5例带有额外小标记染色体的Turner综合征患儿,用双色荧光原位杂交技术进一步明确其额外小标记染色体的来源与形态.结果 5例患儿中有3例的额外小标记染色体来源于X染色体,2例患儿的额外小标记染色体来源于Y染色体.其中3例为X染色体来源的额外小标记染色体,2例为环状染色体,1例为染色体小片段状.标记染色体2例Y染色体来源的额外小标记染色体中,1例以环状染色体和带有双着丝粒的染色体两种形态存在,另1例为双着丝粒染色体.结论 存在额外小标记染色体的Turner综合征患儿,其标记染色体多数来源于性染色体,来源于X染色体的额外小标记染色体主要以环状形式存在,其次为染色体小片段;来源于Y染色体的额外小标记染色体主要以双着丝粒染色体形式存在,其次为环状染色体.对于带有额外小标记染色体的Turner综合征患儿,应进一步采用双色荧光原位杂交技术鉴定额外小标记染色体的来源,以指导遗传咨询及临床诊治方案的制定.

    作者:刘楠;佟彤;陈悦;陈艳玲;蔡春泉 刊期: 2018年第01期

  • 无临床症状的极长链酰基辅酶A脱氢酶缺乏症一例

    患者男,51天.发现血遗传代谢异常1月余,新生儿血遗传代谢病筛查结果示肉豆蔻烯酰肉碱(C14∶1)3.30 μmol/L(正常参考值:0.02~0.4 μmol/L),今来我院寻求诊治.查体及血液生化内分泌检查无阳性发现.血糖监测均正常.心电图示窦性心动过速.彩超示卵圆孔未闭.纳食夜眠可,精神佳,大小便正常.入院再次行血遗传代谢病筛查结果示肉豆蔻烯酰肉碱(C14∶1)2.20 μmol/L,仍明显偏高.经家属签署知情同意书后,抽取患儿及父母外周血2 mL,用乙二胺四乙酸(EDTA)抗凝,送至郑州金域临床检验中心,应用QIAampDNA提取试剂盒(德国QIAGEN公司)抽提基因组DNA,通过PCR扩增并Sanger测序技术对受检者ACADVL(NM_000018.3)基因的外显子编码区进行直接测序.

    作者:李林飞;刘洋利;赵鼎;陈重芬 刊期: 2018年第01期

  • 荧光原位杂交技术鉴定一例嵌合型Y染色体结构异常

    目的 探讨荧光原位杂交技术(fluorescence in situ hybridization,FISH)在诊断培养后的羊水细胞Y染色体结构异常中的应用价值.方法 采用羊水细胞培养和G、C显带技术制备染色体,应用FISH技术进一步分析确定其核型.结果 G显带结果显示胎儿染色体核型为45,X[45]/46,X,dic(Y;Y)(p11.3;p11.2)[56]/46,XY[2],FISH检测结果与羊水染色体核型分析结果一致.结论 FISH技术结合传统细胞遗传学核型分析,对于诊断Y染色体结构异常非常重要.

    作者:戴美珍;郑瑞琳;何哲航;潘一红;郑瑞 刊期: 2018年第01期

  • 21-羟化酶缺陷症导致睾丸发育不良的病例分析

    目的 探讨21-羟化酶缺陷症与男性睾丸发育不良的关系.方法 回顾分析8例男性不育患者的临床资料及其21-羟化酶基因的检测结果,总结其临床特征及治疗经验.结果 8例患者均表现为小睾丸(单侧睾丸平均体积为6.1mL),精液分析提示为无精或严重少精症.性激素检测卵泡刺激素、黄体生成素明显低于正常,睾酮正常或偏高,孕酮明显升高,促肾上腺皮质激素正常或偏高,皮质醇正常或偏低.3例伴睾丸肾上腺残余肿瘤.CT检查提示肾上腺皮质增生,5例呈腺瘤改变,1例呈肾上腺髓脂肪瘤.所有患者均给予地塞米松替代治疗.治疗3~6个月后,6例出现精子或精子浓度升高,5例的配偶成功妊娠.在8例患者中,共发现7个已知致病突变.结论 21-羟化酶缺陷症可导致男性睾丸不发育并损害生精功能,通过手术和地塞米松替代治疗可以取得良好的疗效.8例患者均为21-羟化酶基因复合杂合突变,均携带导致男性化表型的p.Ile172Asn致病突变.

    作者:蒋波;马定远;陈欢欢;杨晓玉;崔毓桂;许争峰;刘嘉茵 刊期: 2018年第01期

  • CDH13基因多态性与中国人群代谢综合征的相关性

    目的 探讨钙黏蛋白-13 (T cadherin,CDH13)基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点与中国人群代谢综合征(metabolic syndrome,MS)的相关性.方法 应用TaqMan方法对453例MS患者和526名正常对照的6个CDH13基因的多态性位点(rs11646213、rs12596316、rs3865188、rs12444338、rs12051272以及rs7195409)进行基因分型.评估以上6个多态性位点与MS的相关性.结果 CDH 13基因rs11646213、rs3865188、rs12444338、rs12051272和rs7195409多态性位点的基因型频率及等位基因频率在MS患者和对照者的差异无统计学意义.校正年龄和性别后,CDH13基因rs12596316AG基因型发生MS的风险为rs12596316 AA+GG基因型的1.38倍(P=0.01,95%CI:1.07~1.78);CDH13基因rs12596316等位基因频率在MS和对照组间差异无统计学意义.rs11646213 rs12596316-rs3865188-rs12444338-rs12051272单倍型频率在MS组和对照组的差异无统计学意义.结论 CDH13基因rs11646213、rs3865188、rs12444338、rs12051272和rs7195409位点多态性可能与中国人群MS无相关;CDH13基因rs12596316AG基因型可能增加中国人群MS发病风险.

    作者:李奕平;杨莹;鲁帅尧;李显丽;杨曼;熊煜欣;陶文玉;王晓苓;姚宇峰;肖春杰 刊期: 2018年第01期

  • 46,XX,inv(9)(q12q21.2)伴新生儿窒息一例

    患儿1天,因“早产,新生儿窒息”入院.患儿系第3胎,孕36+2周因母体“妊娠期糖尿病合并甲状腺功能减低”经剖宫产术娩出,出生体重3050 g,身长46 cm,出生时无呼吸,心率慢,全身皮肤青紫,无肌张力,立即给予“气管内吸痰,面罩加压给氧”,出生后1分钟Apgar评分为4,5分钟Apgar评分为9,无特殊面容及明显畸形.其父母为非近亲婚配,智力、表型均无异常.母亲孕3产2,育有1子,体健;第二胎自然流产;此次怀孕期间否认有毒物质、药物及射线接触史,B超无异常发现.

    作者:陈璐;金一帮;施建有;童郁;蔡晓晓;杨君瑞 刊期: 2018年第01期

  • 羊水染色体倒位家系四例

    例1 女,38岁,孕2产1,孕15+6周产前筛查结果提示21三体高风险(1/64),18三体高风险(1/10),胎儿超声未见异常.孕18周在超声引导下抽取羊水进行染色体培养,常规制片及G显带,计数20个分裂相,分析5个核型,胎儿核型为46,XN,inv(22)(? p11p12),见图1A.孕妇核型为46,XN,inv(22)(?p11p12),其丈夫核型未见异常.孕妇选择继续妊娠,剖宫产一表型正常儿.

    作者:邓舒;姜雨婷;潘袁;张馨月;李德军;陈爽;刘睿智 刊期: 2018年第01期

  • 新发胎儿8号染色体短臂部分重复伴多发畸形一例

    孕妇 35岁,孕5产1.胚停2次,药流1次,剖宫产分娩一男婴,现10岁,智力稍低下,生长发育稍落后.本次妊娠无病毒感染,无有毒、有害物质及放射线接触史.孕妇及其父母均非近亲婚配,否认家族遗传病或先天畸形史.孕妇因高龄及不良孕产史,经知情同意后于孕18周行羊膜腔穿刺术,经羊水细胞培养,染色体G显带分析结果显示胎儿核型为46,XN,21q?(图1).进一步行羊水细胞微阵列比较基因组杂交检测,结果显示8p23.3p23.1区存在11.7 Mb的重复,孕妇及其配偶外周血染色体核型分析未见异常.

    作者:史青杨;姜雨婷;罗丽丽;刘彦红;李琳琳;靖吉丽 刊期: 2018年第01期

  • 额外小标记染色体一家两例

    先证者男,27岁,婚后7年未育.身高180 cm,智力发育、表型及外生殖器均无明显异常.精液常规检查提示严重少精,否认腮腺炎病史.Y染色体AZF区及SRY基因检测未见异常.细胞遗传学检查:在征得其知情同意后抽取外周血样,常规进行淋巴细胞培养,制备染色体,G显带分析,计数50个分裂相,镜下分析5个核型,患者核型为47,XY,+mar(图1),其母亲核型为46,XX[33]/47,XX,+mar[7](图2).其父亲和妻子核型未见异常.夫妻二人于2015年8月借助卵胞浆内单精子显微注射技术成功怀孕,孕中期羊水穿刺检查未见胎儿染色体异常,于2016年5月剖宫产一健康女婴.

    作者:王娜;刘丽丽;盛晴;许蓬 刊期: 2018年第01期

中华医学遗传学杂志

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