学术投稿

基于胎儿游离DNA特异性位点的无创产前检测数据的分析

宣黎明;孔令印;夏滢颖;冒燕;申静静;祝轶君;薛永峰;孙丹凤;刘慧敏;梁波

关键词:无创产前检测, 数据分析, 染色体特异位点, 高通量测序
摘要:目的 对基于胎儿游离DNA特异性位点的无创产前检测数据进行分析.方法 对需要分析的染色体进行特异性位点的序列捕获测序,同时选取其他染色体上的600个位点进行胎儿游离DNA的浓度分析.结果 在21和18号染色体上共捕获到768个特异性位点,可用于判断二者是否存在异常.当低检测的胎儿DNA浓度设定为3%、Z值阈值设定为[-6,6]时,分析结果的特异性为99.37%,敏感性为100%.讨论 开发了一种可靠、便利及成本较低的分析方法.利用较少的测序数据进行无创产前检测,可以准确地检测胎儿的21和18号染色体是否存在异常,并同步分析胎儿DNA的浓度.
中华医学遗传学杂志相关文献
  • 一个Waardenburg综合征Ⅱ型家系SOX10基因的突变分析

    目的 对1例Waardenburg综合征Ⅱ型先证者及其家系成员进行SOX10基因的突变分析,探讨其可能的分子生物学致病原因.方法 抽提先证者及其家系成员的外周血基因组DNA,芯片捕获高通量测序方法对MITF、PAX3、SOX10、SNA12、END3和ENDRB基因的全部外显子及其侧翼序列进行检测.根据高通量测序结果,对先证者及其父母进行突变位点的Sanger测序验证分析.结果 Sanger测序结果显示先证者存在SOX10 c.127 C>T(p.R43X)杂合突变,导致SOX10基因第43位编码精氨酸的密码子(CGA)突变为终止密码子(UGA),产生截短蛋白,影响蛋白质功能的正常发挥.经检索人类基因突变数据库,该突变为未报道过的新突变.患儿父母未检测到该突变.结论 先证者SOX10基因c.127C>T(p.R43X)杂合突变可能是其分子生物学致病原因.

    作者:郑雷;闫有圣;陈雪;张钏;张庆华;冯暄;郝胜菊 刊期: 2018年第01期

  • 10172例不良生育史男性的染色体核型分析

    目的 对有不良生育史的男性进行染色体核型分析,探讨染色体异常及多态性与不良生育的关系.方法 对10 172例男性进行常规外周血淋巴细胞培养,染色体制备以及G显带核型分析.结果 共检出染色体异常核型268例,检出率为2.63%,其中包括染色体结构异常205例,数目异常55例,46,XX性发育睾丸疾病8例(2.99%,8/268).染色体多态性748例,检出率7.36%.结论 男性染色体异常和多态性可导致不良生育的发生.在进行遗传咨询时,必须重视男性染色体核型分析.

    作者:王游声;黄演林;陈汉彪;郭莉;钟银环;尹爱华 刊期: 2018年第01期

  • 五例戊二酸血症Ⅰ型患者GCDH基因突变的分子诊断

    目的 探讨5例戊二酸血症Ⅰ型(glutaric acidemia type Ⅰ,GA-Ⅰ)患者的GCDH基因突变情况,为临床诊治提供参考依据.方法 应用Sanger测序法对泉州地区5例GA-Ⅰ患者GCDH基因的所有外显子及侧翼内含子进行测序,并对测得序列进行分析,以寻找可能的致病突变位点.结果 5例患者均检测到GCDH基因突变,共检测到4种突变位点,包括2种错义突变[c.532G>A (p.G178R)、c.533G>A(p.G178E)]和2种移码突变[c.106_107delAC(p.Q37fs*5)、c.1244-2A>C].其中,c.1244-2A>C突变频率高,c.106_ 107delAC为未见报道的新突变,MutationTaster软件预测其为致病性突变.结论 本研究分析了5例戊二酸血症Ⅰ型患者的GCDH基因突变情况,从基因水平上证实了临床诊断,发现1个新的GCDH基因突变位点,丰富了GCDH基因的突变谱.

    作者:林壹明;韩明亚;郑珍珠;林卫华;余科;傅清流 刊期: 2018年第01期

  • 棒状结构区基因缺失Becker型肌营养不良症的临床特征

    目的 探讨基因缺失发生于抗肌萎缩蛋白棒状结构区的Becker型肌营养不良症(Becker muscular dystrophy,BMD)的临床特征.方法 分析12例基因缺失发生于棒状结构区缺失热点的BMD患者的临床特征、生化检查及心脏功能评估.结果 大多数患者以双下肢无力为主诉,2例患者因双小腿痛、1例患者因显著增高的肌酸激酶(creatine kinase,CK)值就诊,还有1例以“发现心脏大”为主诉;所有患者CK值均有不同程度的升高,高峰值位于15~20岁的患者;7例患者(7/8)心电图提示左室高电位、异常Q波、窦性心动过速等异常;7例患者(7/9)的超声心动图结果提示就诊时已有房室增大的特点.结论 与DMD相比,BMD临床表现差异较大,基因突变发生于棒状结构区域时尤为显著.肌无力不是BMD患者就诊的唯一主诉.CK中等程度升高不能排除BMD的诊断.对于扩张性心肌病男性患者,应考虑BMD的可能性.

    作者:王艳云;朱瑜龄;杨娟;李亚勤;孙江文;詹益新;张成 刊期: 2018年第01期

  • 一个遗传性多发性骨软骨瘤家系EXT1基因的突变分析

    目的 对1个遗传性多发性骨软骨瘤(hereditary multiple exostosis,HME)家系的先证者进行候选致病基因EXT1和EXT2的所有外显子检测,以寻找该HEM家系的致病性突变.方法 应用PCR技术扩增EXT1、EXT2的全部外显子并进行直接Sanger测序分析.结果 测序结果显示先证者EXT1基因第4外显子存在c.1202delT(p.I401Tfs*2)杂合缺失突变,该突变导致401位后的编码氨基酸发生移码,并在第402位引入终止密码,使EXT1编码的全长746氨基酸组成的蛋白质缩减至由402个氨基酸组成的截短型蛋白.该家系的其他6例患者均存在EXT1 c.1202delT的杂合移码突变,而表型正常家系成员未检测到该突变,符合基因型-表型共分离.未检测到EXT2基因的可疑突变.结论 EXT1c.1202delT杂合移码突变是导致这个HME家系患者发病的分子机制.

    作者:娄桂予;杨科;秦立涛;张玉薇;王红丹;侯巧芳;何淼;廖世秀 刊期: 2018年第01期

  • 46,XX,t(2;7;4)复杂易位一例

    患者女,29岁,婚后5年未孕,表型及智力均正常,月经规律.其丈夫身体健康,夫妇为非近亲婚配,否认有毒物质和放射线接触史,妇科检查无异常发现?细胞遗传学检查:经知情同意,抽取患者外周血5 mL,常规培养淋巴细胞,收获染色体,G显带分析,计数30个中期分裂相,分析10个核型?患者核型为:46,XX,der(2)(4qter→4q35∷ 2p23→2q23∷ 7q32→7qter),der(4) (4pter→4q23∷ 2q23→2qter),der(7) (7pter→7q32∷ 4q23→4q35∷2p23→ 2pter)(图1).患者丈夫核型未见异常,家族中无类似患者,其父母体健,弟弟已正常生育,未接受染色体检查.

    作者:秦正新;芦清霞;孙雪梅;李静;蒋露薇 刊期: 2018年第01期

  • 21-羟化酶缺陷症导致睾丸发育不良的病例分析

    目的 探讨21-羟化酶缺陷症与男性睾丸发育不良的关系.方法 回顾分析8例男性不育患者的临床资料及其21-羟化酶基因的检测结果,总结其临床特征及治疗经验.结果 8例患者均表现为小睾丸(单侧睾丸平均体积为6.1mL),精液分析提示为无精或严重少精症.性激素检测卵泡刺激素、黄体生成素明显低于正常,睾酮正常或偏高,孕酮明显升高,促肾上腺皮质激素正常或偏高,皮质醇正常或偏低.3例伴睾丸肾上腺残余肿瘤.CT检查提示肾上腺皮质增生,5例呈腺瘤改变,1例呈肾上腺髓脂肪瘤.所有患者均给予地塞米松替代治疗.治疗3~6个月后,6例出现精子或精子浓度升高,5例的配偶成功妊娠.在8例患者中,共发现7个已知致病突变.结论 21-羟化酶缺陷症可导致男性睾丸不发育并损害生精功能,通过手术和地塞米松替代治疗可以取得良好的疗效.8例患者均为21-羟化酶基因复合杂合突变,均携带导致男性化表型的p.Ile172Asn致病突变.

    作者:蒋波;马定远;陈欢欢;杨晓玉;崔毓桂;许争峰;刘嘉茵 刊期: 2018年第01期

  • 临床基因检测报告规范与基因检测行业共识探讨

    二代测序技术(next generation sequencing,NGS)在临床的应用为广泛开展遗传病的基因检测、病因诊断、治疗及预防奠定了基础,但同时也伴随着一系列的问题,其中很重要的一个环节就是基因检测报告缺乏统一或基本的标准.首届“临床基因检测标准与规范专题研讨会”于2017年10月28日在深圳召开,来自全国138家机构的250多位遗传学专家、临床专家及第三方检测机构的代表共同探讨了遗传病基因检测报告的标准和规范问题.本文根据此次研讨会专家的意见和建议,就遗传病基因检测报告的原则、规范以及基因检测行业的发展进行了讨论,并发布了临床基因检测报告规范共识,以促进检测报告的规范化和标准化,推进我国基因检测行业的健康有序地发展.

    作者:黄辉;沈亦平;顾卫红;王伟;王一鸣;祁鸣;沈珺;邱正庆;于世辉;周在威;陈白雪;陈蕾;陈云弟;崔欢欢;杜娟;高勇;郭一然;胡婵娟;胡亮;黄颐;李培培;李厦戎;李秀蓉;刘雅萍;卢洁;马端;马永毅;彭嵋;宋昉;孙洪业;汪亮;王大伟;王静敏;王玲;王正远;王志农;吴继红;吴静;伍建;许怡民;姚宏;杨东声;杨旭;杨艳玲;张颖;周裕林;朱宝生;曾思聪;彭智宇;黄尚志 刊期: 2018年第01期

  • 46,XY,t(7;13)(q34;q22)一例

    先证者男,27岁,其妻孕2产0,两次均于孕50+天发生胚胎停育.细胞遗传学检查:在获得其知情同意后,抽取双方的外周血样,常规细胞培养,收获制片,G显带分析.先证者核型为46,XY,t(7;13) (7pter→7q34∷13q22→ 13qter;13pter→ 13q22∷7q34→7qter)(图1),其妻核型为46,XX.先证者父母拒绝接受染色体检查.

    作者:封纪珍;魏淑彦;杨会欣;李天洁 刊期: 2018年第01期

  • 982例精神发育迟滞患儿的核型分析

    目的 了解精神发育迟滞患儿异常染色体核型分布及病因学分析.方法 常规外周血淋巴细胞培养,制备染色体,G显带进行核型分析.结果 在982例精神发育迟滞患儿中,共发现异常染色体401例,检出率为40.8%.其中21三体综合征(包括标准三体型、嵌合型和易位型)共326例,占异常核型的81.3%.除21三体核型外,其余异常核型75例,包括染色体易位、缺失及多态等异常.结论 染色体异常是引起儿童精神发育迟滞的晕要原因.应开展相关的遗传咨询及产前诊断,以减少缺陷患儿的出生率.

    作者:李瑞;谢博;王美烨;许召杰 刊期: 2018年第01期

  • 家族遗传性Peutz-Jeghers综合征STK11基因新发突变一例

    目的 探讨1个Peutz Jeghers综合征家系的遗传学病因.方法 收集先证者及其7位3代以内亲属的外周血样或口腔拭子,提取基因组DNA,采用二代测序技术对先证者106个目标基因的外显子以及邻近的内含子区域进行测序,并通过二代测序验证STK11的疑似致病突变.结果 在先证者的STK11基因内检测到一处既往未见报道的杂合突变NM_000455.4:c.419T>C(RefSeq编号Human GRCh37/hg19),该突变导致STK11基因编码蛋白的第140位氨基酸由亮氨酸转变为脯氨酸.先证者母亲的二代测序验证结果为阳性,其余亲属该位点则未发现突变.结论 STK11基因的NM_000455.4:c.419T>C突变可能是先证者发病的原因.

    作者:许翠洋;马悦;曹非;赵赫;王永洁;肖泽文;唐洁冰;燕飞虎;孙鹏;张娜;陶冀 刊期: 2018年第01期

  • 无临床症状的极长链酰基辅酶A脱氢酶缺乏症一例

    患者男,51天.发现血遗传代谢异常1月余,新生儿血遗传代谢病筛查结果示肉豆蔻烯酰肉碱(C14∶1)3.30 μmol/L(正常参考值:0.02~0.4 μmol/L),今来我院寻求诊治.查体及血液生化内分泌检查无阳性发现.血糖监测均正常.心电图示窦性心动过速.彩超示卵圆孔未闭.纳食夜眠可,精神佳,大小便正常.入院再次行血遗传代谢病筛查结果示肉豆蔻烯酰肉碱(C14∶1)2.20 μmol/L,仍明显偏高.经家属签署知情同意书后,抽取患儿及父母外周血2 mL,用乙二胺四乙酸(EDTA)抗凝,送至郑州金域临床检验中心,应用QIAampDNA提取试剂盒(德国QIAGEN公司)抽提基因组DNA,通过PCR扩增并Sanger测序技术对受检者ACADVL(NM_000018.3)基因的外显子编码区进行直接测序.

    作者:李林飞;刘洋利;赵鼎;陈重芬 刊期: 2018年第01期

  • 微滴数字PCR技术检测先天性心脏病患儿染色体22q11.2区段微缺失

    目的 探索一种检测22q11.2微缺失综合征的新方法.方法 针对22q11.2微缺失综合征特异缺失区内的TBX1基因和内参基因RPP30设计引物和探针,采用微滴数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)的方法计算TBX1/RPP30的比值,检测22q11.2区段微缺失.结果 通过数字PCR方法计算TBX1/RPP30的比值检测22q11.2微缺失综合征,检出3例微阵列比较基因组杂交检测结果为22q11.2微缺失综合征阳性的样本.在14例临床诊断为先天性心脏病的患儿中检测出2例22q11.2微缺失阳性样本.结论 微滴数字PCR可以准确检测出22q11.2区段微缺失,可提供一种快速、经济的检测先天性心脏病相关染色体22q11.2微缺失综合征的方法.

    作者:周香城;张翠翠;李泌;马健;陈秋平;孙善权;张亮 刊期: 2018年第01期

  • BoBs技术在690例孕妇的产前诊断中的应用

    目的 探讨BoBs技术联合传统的染色体核型分析对于减少出生缺陷的价值.方法 对690例具有产前诊断指征的单胎孕妇的羊水标本,用BoBs技术检测13、18、21、X、Y染色体的非整倍体异常和9种微缺失/微重复,并与羊水染色体核型分析的结果进行对比.结果 染色体核型分析的异常检出率为6.08%(42/690),其中包括数目异常36例、结构异常6例.BoBs检测的阳性率为5.95%(41/689),除常规羊水核型分析检出的染色体非整倍体外,另检出3例Xp22区微缺失、1例22qll区微重复、1例5p15区微重复,未检出染色体的平衡易位和正常多态性.结论 BoBs技术结合传统的核型分析适用于对大量的产前病例进行快速诊断,提高胎儿染色体异常的检出率.

    作者:张健;张燕 刊期: 2018年第01期

  • 胎儿t(2;5)(q11.2;p15)平衡易位一例

    孕妇38岁,因高龄妊娠未进行中孕期血清学筛查,常规超声检查未见胎儿异常.在签署知情同意书后,于孕21周在B超引导下进行羊水穿刺,抽取羊水20 mL,常规进行细胞培养,收获,制片,G显带染色体分析,油镜下计数30个细胞,分析5个核型,胎儿核型为46,XY,t(2;5)(q11.2;p15)(图1).该孕妇孕5产1,第1胎为男性,现已12岁,健康.之后胚胎停育1次,人流2次.夫妻双方染色体核型分析均未见明显异常.

    作者:杨会欣;魏淑彦;封纪珍;贾立云 刊期: 2018年第01期

  • 10例伴15q11q13拷贝数重复的自闭症患者的临床及遗传学研究

    目的 分析伴15q11q13拷贝数重复的自闭症患儿的遗传学特点及基因型-表型对应关系.方法 应用染色体核型分析、染色体微阵列(chromosomal microarray analysis,CMA)和荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)技术联合对患儿及父母进行检测和验证.结果 核型分析提示8例患儿核型均携带标记染色体(supernumerary marker chromosome,SMC),2例患儿核型正常,但CMA结果显示其均在15q11q13区的拷贝数重复(前者为4个重复,后者为3个重复),且均覆盖Prader Willi/Angelman综合征关键区(Prader-Willi/Angelman syndrome critical region,PWACR).通过对其父母进行CMA检测,证实患儿在该区域重复均为新生突变,并应用Chromosome Analysis Suite Software软件对患儿及父母该区域单核苷酸多态性位点进行比对,证实患儿该拷贝数重复片段为母源性,诊断为15q11q13重复综合征.应用该区域特异位点FISH探针对核型分析显示携带SMC的患儿样本进行检测,证实了该SMC即为15q11q13拷贝数重复片段,且为两个拷贝,与CMA检测结果相吻合.结论 联合应用核型分析、CMA和FISH技术对临床10例自闭症患儿做出了诊断,并建立了临床表型与基因型之间的联系.

    作者:王维鹏;胡昌明;毕欣;袁海明 刊期: 2018年第01期

  • 46,XX,inv(9)(q12q21.2)伴新生儿窒息一例

    患儿1天,因“早产,新生儿窒息”入院.患儿系第3胎,孕36+2周因母体“妊娠期糖尿病合并甲状腺功能减低”经剖宫产术娩出,出生体重3050 g,身长46 cm,出生时无呼吸,心率慢,全身皮肤青紫,无肌张力,立即给予“气管内吸痰,面罩加压给氧”,出生后1分钟Apgar评分为4,5分钟Apgar评分为9,无特殊面容及明显畸形.其父母为非近亲婚配,智力、表型均无异常.母亲孕3产2,育有1子,体健;第二胎自然流产;此次怀孕期间否认有毒物质、药物及射线接触史,B超无异常发现.

    作者:陈璐;金一帮;施建有;童郁;蔡晓晓;杨君瑞 刊期: 2018年第01期

  • 新发胎儿8号染色体短臂部分重复伴多发畸形一例

    孕妇 35岁,孕5产1.胚停2次,药流1次,剖宫产分娩一男婴,现10岁,智力稍低下,生长发育稍落后.本次妊娠无病毒感染,无有毒、有害物质及放射线接触史.孕妇及其父母均非近亲婚配,否认家族遗传病或先天畸形史.孕妇因高龄及不良孕产史,经知情同意后于孕18周行羊膜腔穿刺术,经羊水细胞培养,染色体G显带分析结果显示胎儿核型为46,XN,21q?(图1).进一步行羊水细胞微阵列比较基因组杂交检测,结果显示8p23.3p23.1区存在11.7 Mb的重复,孕妇及其配偶外周血染色体核型分析未见异常.

    作者:史青杨;姜雨婷;罗丽丽;刘彦红;李琳琳;靖吉丽 刊期: 2018年第01期

  • 硫胺素转运和激活缺陷及其相关疾病

    硫胺素又称维生素B1,是体内重要的维生素.作为多种酶的辅酶,其活化形式硫胺素焦磷酸(thiamine pyrophosphate,TPP)参与细胞的新陈代谢.硫胺素转运和激活缺陷将导致细胞缺乏硫胺素,影响正常的代谢功能,导致多种疾病.本文就硫胺素转运和激活缺陷及其相关疾病做一综述.

    作者:冼肖英;林发全 刊期: 2018年第01期

  • 一例不典型新生儿猫叫综合征的遗传学分析

    目的 对1例仅表现为哭声无力,声音嘶哑,无特殊面容,不伴有先天性心脏病等其他症状或体征的不典型新生儿猫叫综合征患儿的临床及遗传学特点进行分析.方法 对患儿及其父母外周血淋巴细胞G显带染色体核型分析,对患儿用应荧光原位杂交技术(fluorescence in situ hybridization,FISH)进行验证,之后用染色体微阵列法(chromosome microarray analysis,CMA)进一步精确遗传学分析.结果 患儿染色体核型分析结果为46,XX,del(5)(p14p15),其父母外周血染色体核型分析未见异常.FISH结果证实了此缺失的存在.染色体微阵列检测结果显示患儿chr5p15.33p14.1区域存在25.7 Mb片段缺失.结论 猫叫综合征患者个体表型可存在较大差异,尤其是对于新生儿易导致漏诊、误诊.应用细胞遗传学与分子遗传学技术相结合的综合分析有利于弥补单一方法的不足,更加精确地对缺失片段进行定位.

    作者:贺文凤;陈贺;牟海燕;李洁 刊期: 2018年第01期

中华医学遗传学杂志

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