学术投稿

生物信息学常用方法及其应用软件概述

牛钦王

关键词:生物信息学, DNA, 蛋白质, 数据库
摘要:随着基因组研究的进展,生物信息学得到大力发展.为了更有效地利用生物信息学分析生物信息,现对生物信息学常用功能及其应用软件从DNA分析、蛋白质分析及主要数据库三个方面进行概述.
热带医学杂志相关文献
  • 广州市吸毒强戒人员HIV-1基因亚型分布的初步研究

    目的 分析吸毒人群HIV感染者中HIV-1的基因序列特征,初步确定其感染的基因亚型和各亚型的流行趋势.方法 在Genbank中查找HIV gag基因的序列,设计巢式PCR引物.从全血中提取样本的基因组DNA,进行巢式PCR,对PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳和测序,所获序列与国际参考株序列进行比对,确定基因型或亚型.结果 对36例HIV-1感染者样本进行扩增,PCR共检测出29例阳性样本,27例测序成功,其中16例为CRF 08-BC重组亚型、7例为CRF 07-BC重组亚型、4例为CRF 01-AE重组亚型,15例阴性对照均无目的条带.结论 在广州吸毒强戒人员HIV-1型中以CRF BC亚型为主,其次为CRF 01-AE亚型.应加强对HIV-1毒株亚型的监测,以制定更好的防治策略.

    作者:石泽林;韩慧;吴炳义 刊期: 2012年第07期

  • 1.8%AVM乳油对小鼠肝微粒体CYP450酶系与GST影响的初探

    目的 观察1.8%阿维菌素(AVM)乳油对小鼠肝微粒体细胞色素P450 (CYP450)酶系与谷胱甘肽S-转移酶(GST)的影响,初步探讨1.8%AVM在肝脏的可能的代谢过程和毒性机理.方法 40只清洁级昆明种小鼠(雌雄各半)灌胃给予1.8%AVM乳油(70、35、17.5 mg/kg),连续7d,以0.9%氯化钠溶液作对照.末次给药后处死小鼠,采用差速离心法制备大鼠肝微粒体,Brandford法测定微粒体蛋白浓度,CO还原差示光谱法检测肝微粒体CYP450含量,差示光谱法则定肝微粒体b5 (Cyt-b5)含量,紫外分光光度法则定肝微粒红霉素N-脱甲基酶活性(ERD)和氨基比林-N-脱甲基酶(ADM)和GST的活性.结果 各1.8%AVM乳油染毒剂量组ERD、ADM活性均低于对照组,差异有统计学意义(P<0.05);各剂量组小鼠肝脏指数、CYP450与b5的含量及GST的活性与对照组比较差异均无统计学意义(P>0.05),且不同剂量组间差异亦无统计学意义(P>0.05).结论 1.8%AVM乳油可抑制小鼠肝微粒体ERD(主要反映CYP3A活性)和ADM(主要反映CYP2E1)的活力,而对CYP450和b5含量及GST活性影响小,未观察到1.8%AVM乳油对小鼠肝微粒体重要的Ⅰ相酶CYP450和Ⅱ相酶GST的诱导或抑制作用.

    作者:喻馨兰;张华;韦艳 刊期: 2012年第07期

  • 疤痕子宫孕妇晚期妊娠阴道分娩临床结局分析

    目的 探讨孕晚期疤痕子宫孕妇经阴道分娩的影响因素并分析其可行性.方法 回顾性分析80例孕晚期疤痕子宫孕妇经阴道分娩的临床资料,将其分为疤痕子宫自然临产组(n=38)、疤痕子宫计划分娩组(n=42),并设定对照组(n=50).比较3组间的分娩结局如产后出血量、胎盘胎膜滞留率、是否存在子宫破裂、急产率及钳产率等情况.结果 自然临产组有9例(23.68%)孕妇以钳产术缩短第二产程终止妊娠,而计划分娩组则有8例(19.05%),均高于对照组3例(6.00%),两两比较差异有统计学意义(P<0.01).自然临产组孕妇钳产率又稍高于计划分娩组,但两组比较差异无统计学意义(P>0.05).自然临产组总产程<3 h者有9人(23.68%),急产率高于计划分娩组(2.38%)及对照组(10.00%),差异有统计学意义(P<0.01).3组孕妇产后出血量、胎盘胎膜滞留率以及非计生引产胎儿评分比较,差异均无统计学意义(P>0.05).3组均无子宫破裂及新生儿重度窒息等不良事件发生.结论 疤痕子宫并非阴道试产的绝对禁忌,产前超声检查子宫下段疤痕区域的良好连续性及低位钳产术是其阴道试产的有利因素.

    作者:郭芳;何平 刊期: 2012年第07期

  • 以视力障碍为首发症状的线粒体脑肌病2例暨文献复习

    目的 探讨线粒体脑肌病(MELAS综合征型)的临床、影像及病理特点.方法 回顾性分析2例MELAS综合征患者的临床资料及复习相关文献.结果 2例患者均以视力障碍为首发症状伴头痛、呕吐,发育延迟,血乳酸增高,影像以枕叶皮层受累为主,基底节钙化.肌肉病理发现破碎样红纤维,电镜可见肌膜下异常线粒体增多.结论 以视力障碍为首发症状的青少年患者应考虑到MELAS综合征的可能,以免误诊.

    作者:成秋生;李蒙燕;杨勇;郭爱华;潘小平 刊期: 2012年第07期

  • 2006-2010年广州市甲乙类传染病流行特征分析

    目的 分析广州市2006-2010年甲乙类传染病流行特征,为今后制定防治措施提供依据.方法 利用“疾病监测信息报告管理系统”对广州市2006-2010年报告的甲乙类传染病进行描述性流行病学分析.结果 2006-2010年广州市甲乙类传染病共报告发病181 927例,年均发病率为334.03/10万,高于广东省及全国平均发病水平,总体呈下降趋势.发病率居前4位的甲乙类传染病为肺结核、病毒性肝炎、梅毒和淋病,占每年甲乙类报告总数的90%.麻疹发病率显著下降.中心商业区与城乡结合部为高发地区,发病率较高的职业为家务待业、民工、工人和农民.结论 广州市传染病防控工作的重点是降低肺结核、病毒性肝炎、梅毒、淋病的流行强度,同时应防范部分输入性传染病引起本地流行的潜在危险.

    作者:胡文穗;肖新才;董智强;李美霞;傅传喜 刊期: 2012年第07期

  • 荧光探针结合区序列突变对HBV DNA检测的影响

    目的 探讨标本荧光探针结合区序列突变对荧光定量PCR检测HBV DNA的影响.方法 采用3种国产荧光定量PCR试剂对200例标本进行平行检测HBV DNA,分析3种试剂检测结果的差异,并对6例3种试剂检测结果无差异的标本和6例达安试剂检测结果明显降低或漏检标本进行测序.结果 3种试剂检测结果相差30倍以上的标本47例,且3种试剂均有不同程度的漏检;6例3种试剂检测结果无差异的标本荧光探针结合区序列无突变,6例达安试剂检测结果明显降低或漏检的标本荧光探针结合区序列均有突变.结论 标本荧光探针结合区序列突变是造成达安试剂检测HBV DNA结果明显降低或漏检的原因.

    作者:郑有为;梁敏文;钱靖琳;方伟 刊期: 2012年第07期

  • 2001-2010年广州市流行性腮腺炎流行病学分析及防控措施探讨

    目的 分析近10年广州市流行性腮腺炎流行病学特征,为制定有效防控措施提供科学依据.方法 对广州市2001-2010年流行性腮腺炎发病资料进行描述性流行病学方法分析.结果 广州市10年来共报告流行性腮腺炎41 885例,平均发病率为53.51/10万.全年发病高峰为5-7月,占病例总数38.02%.发病年龄以0~14岁为主(83.94%),学生、幼托儿童和散居儿童发病超过86%.发病地区集中在流动人口较多区县.结论 广州市腮腺炎发病水平较高,应提高疫苗免疫覆盖率、加强流动人口儿童免疫管理、进一步落实入学查验预防接种证制度.

    作者:许建雄;陈健;吴德平;傅传喜;云雪霞;张春焕;谭慧峰 刊期: 2012年第07期

  • 肾损伤分子1在药物相关性急性肾损伤早期诊断中的意义

    目的 观察肾损伤分子1(KIM-1)在药物相关性急性肾损伤(AKI)患者尿液中的变化,探讨KIM-1在药物相关性AKI早期诊断中的意义.方法 将108例药物相关性AKI患者分为轻度AKI组(28例)、中度AKI组(51例)、重度AKI组(29例),终末期肾脏病(ESRD)患者30例和健康对照组30例作为观察对照.采用ELISA方法检测尿液中KIM-1的水平,比色法检测尿N-乙酰-β-D-氨基葡萄糖苷酶(NAG)的水平,颗粒免疫比浊法检测血液胱抑素C(CysC)的浓度.并对尿KIM-1与NAG、血清肌酐及血清Cys C进行相关性分析.结果 轻度、中度和重度AKI患者尿液KIM-1显著升高,与健康对照组和ESRD组比较差异均有统计学意义(P<0.05),而ESRD组与健康对照组比较差异无统计学意义(P>0.05).尿KIM-1升高程度与NAG、血清肌酐和Cys C均呈正相关(P<0.05).结论 检测尿液中KIM-1水平,有助于药物相关性AKI的早期临床诊断.

    作者:廖纯兴;潘巧玲;杨建泉;杨碧君;黄贵阳;何楠;张军 刊期: 2012年第07期

  • Bif-1对前列腺癌LNCap细胞生物学行为的影响

    目的 研究Bif-1基因的过表达对前列腺癌细胞凋亡、增殖以及迁移过程的影响.方法 构建Bif-1基因全克隆并转染LNCap细胞,上调细胞中Bif-1基因的表达水平,通过流式细胞术检测细胞转染前后的细胞凋亡情况;通过MTT法检测细胞的增殖能力变化;通过划痕试验检测细胞迁移能力的变化.结果 转染Bif-1基因后,Real-time PCR检测发现LNCap细胞中Bif-1基因mRNA水平△△CT高于对照组10倍以上;Western blotting条带光密度值提高2倍以上.实验组细胞凋亡比例升高至31.90%,细胞增殖能力减弱.实验组和对照组中LNCap细胞划痕愈合速度基本相同,差异无统计意义(P>0.05).结论 Bif-1基因在LNCap细胞中的过表达促进了细胞凋亡,抑制细胞的增殖能力,而对前列腺癌细胞的迁移能力无显著影响.基因有可能作为一个潜在的前列腺癌治疗靶点.

    作者:王铸;何霞;冯发深;关琳琳;汪杨;罗燕芬;黄斌;徐霖;曹开源 刊期: 2012年第07期

  • 深圳市手足口病重症感染性克隆的构建和分析

    目的 构建肠道病毒71型(EV71)的感染性克隆,为EV71致病机理的研究和药物的开发建立技术平台.方法 选取临床手足口重症儿童粪便样品,经荧光定量PCR检测为阳性,RT-PCR方法扩增出EV71全基因组,通过TA克隆的方法连接到TOPO-XL-PCR载体中,应用T7聚合酶系统将线性化的EV71 DNA序列体外转录成RNA,转染人横纹肌肉瘤细胞系RD-A细胞,病毒传代并观察病变,通过间接免疫荧光实验进一步鉴定,获得的感染性克隆进行全基因组测序和序列比对分析.结果 RT-PCR可以获得EV71全长约7.5 kb的DNA片段,体外转录并转染后3~5 d可观察到典型的肠道病毒致细胞病变,免疫荧光可看到特异标记,序列比对为C4a亚型的EV71病毒.结论 构建出具有感染性的EV71全长cDNA克隆,在分子生物学水平上有利于深入研究EV71的致病机制和毒力基因、患者抗体的中和特性、疫苗和药物的效力评估与开发等.

    作者:罗敏;陈惠玲;杨洪;张海龙;冼慧霞;张仁利 刊期: 2012年第07期

  • SRI对急性前壁STEMI患者心肌存活的早期预测价值

    目的 探讨应变率成像(SRI)对急性前壁ST段抬高心肌梗死(STEMI)患者心肌存活的早期预测价值.方法 行急诊经皮冠状动脉介入术(PCI)的前壁STEMI患者在术后测量室间隔心尖段的SRI指标,当收缩末期应变(SES)≥-7%时则纳入研究,并于6个月后复查,评价急性期SRI指标对心肌存活的预测价值.结果 46例前壁STEMI患者纳入研究,其中25例在6个月时SES<-7%,我们定义为存活心肌;21例随访时SES≥-7%,我们定义为失活心肌.存活心肌组SES、收缩后应变(SPS)、收缩期应变率(SRS)及舒张早期应变率(SRE)等指标明显优于失活心肌组(P<0.01),而收缩后应变率、舒张晚期应变率两组间无明显差异(P>0.05).SRS、SRE、SPS、SES均能预测心肌的存活,其中SRS曲线下面积大(0.803,P<0.01),当临界值取-0.31 s-1时,其预测存活心肌的敏感性、特异性、阳性预测值、阴性预测值分别为83%、68%、76%、71%.结论 在行急诊PCI的前壁STEMI患者中,SRI技术能早期预测受累心肌的存活性.

    作者:钟新波;赵有生;王小庆;王涓;陈文斌;李涯 刊期: 2012年第07期

  • 肝炎肝硬化患者合并败血症病原学及耐药分析

    目的 总结肝炎肝硬化患者合并败血症的病原菌分布及耐药情况.方法 回顾分析33例肝炎肝硬化合并败血症患者的肝功能指标、凝血指标、外周血象及血培养结果,分析导致败血症的原因.结果 33例患者合并败血症与其肝硬化严重程度相关,致病菌中革兰阳性菌7株(占21.0%),革兰阴性菌26株(占79.0%).革兰阳性菌株中肺炎链球菌和金黄色葡萄球菌对常用抗菌素普遍耐药,革兰阴性菌株中产酸克雷伯菌耐药率高,左氧氟沙星对主要革兰阳性菌普遍敏感,哌拉西林/他唑巴坦、头孢替坦对主要革兰阴性菌普遍敏感.结论 失代偿期肝硬化患者出现发热寒战首先应考虑败血症可能,致病菌以革兰阴性菌多见,主要为大肠埃希菌.经验性抗菌治疗可首选哌拉西林/他唑巴坦、头孢替坦或左氧氟沙星.

    作者:蒋俊民;赵朋涛;徐婵媛;池晓玲 刊期: 2012年第07期

  • H2O2通过ERK通路抑制绒毛外细胞滋养层细胞的侵袭能力

    目的 研究活性氧过氧化氢(H202)对绒毛外细胞滋养层细胞(EVCT)侵袭行为的影响及其信号传导机制.方法 建立EVCT体外培养模型,利用Transwell细胞侵入系统检测EVCT的体外侵袭作用,应用Western blot法评价细胞外信号调节蛋白激酶(ERK1/2)的活性变化,使用CCK-8测定细胞的生长状况.结果 与对照组比较,15 μmol/LH202和50 μmol/L PD98059均可显著抑制EVCT的侵入指数(分别为43.3±4.7,49.3±7.0)(P<0.01),同时降低EVCT的ERK1/2磷酸化水平(P<0.01),但并不影响EVCT的细胞活力(P>0.05).结论 H202可能通过抑制ERK1/2的激活,进而影响EVCT的侵袭行为,参与子痫前期的发病机制.

    作者:黄莉萍;余艳红 刊期: 2012年第07期

  • 结直肠癌合并肠梗阻的临床病理学研究

    目的 探讨结直肠癌合并肠梗阻的相关影响因素.方法 收集466例结直肠癌患者的临床病理资料,分析肠梗阻与患者临床病理因素的关系.结果 全组病例肠梗阻发生率为8.2%(38/466).单因素分析显示,肠梗阻与性别、肿瘤大小、大体类型、淋巴结转移、远处转移、TNM分期、术前血清癌胚抗原水平以及手术方式相关;Logistic回归分析显示,影响肠梗阻发生的因素为大体类型、年龄、TNM分期和肿瘤大小;其危险程度大小为大体类型>年龄>TNM分期>肿瘤大小.结论 结直肠癌合并肠梗阻的特征是好发于中老年人,病程晚,生物行为恶及根治率低.

    作者:许慕明;庄业忠;王伟峰;林佳锐 刊期: 2012年第07期

  • 超敏C反应蛋白和尿路感染信息在尿路感染诊断中的应用

    目的 探讨超敏C反应蛋白(hs-CRP)及尿路感染信息(UTI-Info)对尿路感染(UTI)的诊断价值.方法 对380例疑似UTI患者的尿标本进行尿培养,用UF-1000i全自动尿液有形成分分析仪测定白细胞数(WBC)及细菌数(BACT),得到UTI-Info;用AU2700全自动生化分析仪测定静脉血hs-CRP含量;以细菌定量培养结果为标准对照,评估hs-CRP、UTI-Info、hs-CRP+ UTI-Info诊断UTI的灵敏度、特异性、诊断符合率等.结果 除污染标本外,余下360份标本中,细菌培养结果阳性有102份,阳性率为28.3%.以细菌培养为参考方法,hs-CRP诊断UTI的灵敏度、特异性、诊断符合率分别为85.3%、70.9%、75.0%;UTI-Info诊断UTI的灵敏度、特异性、诊断符合率分别为76.5%、84.5%、82.2%;hs-CRP+UTI-Info诊断UTI的灵敏度、特异性、诊断符合率分别为70.6%、97.3%、89.7%.结论 hs-CRP联合UTI-Info能快速诊断UTI并能提高特异性及诊断的准确性.

    作者:梁兴东;蒋洪昆;马丽梅;容亓 刊期: 2012年第07期

  • 十二指肠钩虫谷胱甘肽转移酶AduGST-1基因的克隆和重组表达

    目的 克隆十二指肠钩虫谷胱甘肽转移酶(GST) AduGST-1基因,并在大肠埃希菌中表达获得重组AduGST-1.方法 设计特异引物,以十二肠钩虫成虫cDNA为模板,通过PCR扩增AduGST-1基因.将获得的AduGST-1编码序列克隆至原核表达载体pETHF,构建重组表达质粒pETHF/AduGST-1.重组质粒转化至大肠埃希菌BL21 (DE3),用IPTG诱导表达、Ni亲和层析分离纯化重组AduGST-1,SDS-PAGE分析重组蛋白表达及纯化情况.结果 成功扩增到AduGST-1全长编码序列,并登记到GenBank (accession no.JQ812812).AduGST-1编码序列长度为624 bp,编码307个氨基酸残基.成功构建了重组表达质粒pETHF/AduGST-1,在BL21(DE3)中表达并纯化了重组AduGST-1.结论 首次报道从十二指肠钩虫中分离到GST基因,该基因可在大肠埃希菌中高效表达,并分离纯化了重组GST蛋白,为进一步研究AduGST-1功能与应用奠定了基础.

    作者:邵正;何庆丰;邓莉;彭礼飞 刊期: 2012年第07期

  • 淡水螺与寄生虫幼虫的相容性研究进展

    淡水螺类是多种吸虫幼以及一些线虫幼虫的中间宿主,它们之间的相容性可以从感染率、感染度等多方面作为评价指标.本文对多种淡水螺类与吸虫幼虫或线虫幼虫相容性研究进行综述,进一步深入对寄生虫幼虫与淡水螺类之间基因相容性的研究,更有助于全面揭示寄生虫与宿主之间的相互关系.

    作者:周燕蓉;吴忠道 刊期: 2012年第07期

  • SARS S603-620表位核酸疫苗诱导BLAB/c小鼠产生特异性体液免疫应答

    目的 构建SARSS抗原的B细胞表位核酸疫苗并观察其免疫效果.方法 将已经鉴定的SARS S抗原的B细胞表位S603-620的编码DNA序列插入真核表达载体PCI中,构建核酸疫苗(PCI-S603-620).使用EcoR Ⅰ和Xba Ⅰ酶切,电泳及DNA测序鉴定.使用脂质体将PCI-S603-620转入293A细胞,使用ELISA检测其在真核细胞中的表达.使用PCI-S60-620免疫小鼠,ELISA检测其诱导的抗体情况.结果 对PCI-S603-620进行酶切鉴定,电泳结果表明目的基因片段分子量为100 bp左右.PCI-S603-620的DNA测序结果表明其序列与设计序列吻合.PCI-S603-620能在转染的293A细胞中表达.PCI-S603-620免疫小鼠可以诱导特异性抗体产生,效价为1∶400.该抗体可以特异性识别SARS S抗原.结论 成功构建SARS S抗原的B细胞表位核酸疫苗(PCI-S603-620).

    作者:朱郇悯;谢红艳;陈殿慧;罗雪平;黄俊 刊期: 2012年第07期

  • 糖皮质激素对结核性胸膜炎胸液吸收及防止胸膜肥厚的影响

    目的 观察糖皮质激素对结核性胸膜炎胸液吸收及防止胸膜肥厚的影响.方法 将148例结核性胸膜炎合并胸腔积液患者,随机分为糖皮质激素观察组和对照组,每组74例.两组在给予规律抗结核治疗基础上,观察组每日加用糖皮质激素药物醋酸氢化可的松片,口服每次1片(含药20 mg),1~2次/d,对照组不加用任何药物.结果 观察组胸腔抽液总量为(2 759.4±492.7)ml,对照组胸腔抽液总量为(3412.4±512.7)ml,两组比较差异有统计学意义(P<0.01);观察组胸膜厚度为( 1.04±0.18)mm,对照组胸膜厚度为(1.37±0.28)mm,两组比较差异有统计学意义(P<0.05).两组患者均无明显不良反应.结论 糖皮质激素对结核性胸膜炎合并胸腔积液患者积液的渗出起到抑制作用,并能促进积液的吸收,抑制或降低胸膜粘连厚度.

    作者:陈永浩;陈志成;徐建辉;林庆裕 刊期: 2012年第07期

  • Caspase-1抑制剂对重症急性胰腺炎大鼠肺IL-18表达的影响

    目的 观察Caspase-1抑制剂对重症急性胰腺炎(SAP)大鼠肺组织及肺内IL-18表达的影响.方法 将42只SD大鼠随机分为对照组(n=6)、SAP-S组(n=18)和SAP造模+Caspase-1抑制剂组(SAP-ICE-Ⅰ组)(n=18).SAP-S组与SAP-ICE-Ⅰ组于造模后6、12、18h心脏穿刺抽血,动态监测血清淀粉酶、肺湿干重比率,光镜下观察胰腺及肺组织病理学改变,采用免疫组化和Western blotting方法检测肺内IL-18的表达情况.结果 SAP-ICE-Ⅰ各组血清淀粉酶、肺湿干重比率较SAP-S组有显著下降(P<0.01).光镜下,SAP-ICE-Ⅰ组对应时间点胰腺和肺组织病理损害程度较SAP-S组明显减轻.免疫组化和Western blotting结果显示,SAP-ICE-Ⅰ组各时间点IL-18较SAP-S组显著减少(P<0.01),但均显著高于对照组(P<0.01).结论 Caspase-1抑制剂可以抑制成熟的IL-18蛋白表达,有效改善SAP时的肺损伤.

    作者:史薇;辜金莲;曾峥;黎钟燕;朱人敏;张晓华;袁柏思;李敏利 刊期: 2012年第07期

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主管:广东省科学技术协会

主办:广东省寄生虫学会 中华预防医学会